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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8009 | |||||||||
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タイトル | Combined Body and arm regions of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP by masked classification and refinement-Class 2 | |||||||||
マップデータ | Combined body and arm regions of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP from masked classification and refinement-class2 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Nguyen THD / Galej WP / Bai X-C / Oubridge C / Newman AJ / Scheres SHW / Nagai K | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution. 著者: Thi Hoang Duong Nguyen / Wojciech P Galej / Xiao-Chen Bai / Chris Oubridge / Andrew J Newman / Sjors H W Scheres / Kiyoshi Nagai / 要旨: U4/U6.U5 tri-snRNP represents a substantial part of the spliceosome before activation. A cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution led ...U4/U6.U5 tri-snRNP represents a substantial part of the spliceosome before activation. A cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution led to an essentially complete atomic model comprising 30 proteins plus U4/U6 and U5 small nuclear RNAs (snRNAs). The structure reveals striking interweaving interactions of the protein and RNA components, including extended polypeptides penetrating into subunit interfaces. The invariant ACAGAGA sequence of U6 snRNA, which base-pairs with the 5'-splice site during catalytic activation, forms a hairpin stabilized by Dib1 and Prp8 while the adjacent nucleotides interact with the exon binding loop 1 of U5 snRNA. Snu114 harbours GTP, but its putative catalytic histidine is held away from the γ-phosphate by hydrogen bonding to a tyrosine in the amino-terminal domain of Prp8. Mutation of this histidine to alanine has no detectable effect on yeast growth. The structure provides important new insights into the spliceosome activation process leading to the formation of the catalytic centre. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8009.map.gz | 195.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8009-v30.xml emd-8009.xml | 46 KB 46 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8009_fsc.xml | 13.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8009.png | 72.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8009 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8009 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8009_validation.pdf.gz | 78.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8009_full_validation.pdf.gz | 77.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8009_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8009 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8009 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8009.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Combined body and arm regions of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP from masked classification and refinement-class2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.43 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : tri-snRNP complex with 30 proteins and 3 snRNA
+超分子 #1: tri-snRNP complex with 30 proteins and 3 snRNA
+分子 #1: U4 snRNA
+分子 #2: U6 snRNA
+分子 #21: U5 snRNA
+分子 #3: Prp8
+分子 #4: Prp4
+分子 #5: Prp6
+分子 #6: Dib1
+分子 #7: Prp31
+分子 #8: Prp3
+分子 #9: Brr2
+分子 #10: unknown proteins
+分子 #11: SmB
+分子 #12: U4 SmD1
+分子 #13: SmD2
+分子 #14: SmD3
+分子 #15: SmE
+分子 #16: SmF
+分子 #17: SmG
+分子 #18: Snu66
+分子 #19: U5 SmE
+分子 #20: U5 SmD1
+分子 #22: Snu13
+分子 #23: LSm2
+分子 #24: LSm3
+分子 #25: LSm4
+分子 #26: LSm5
+分子 #27: LSm6
+分子 #28: LSm7
+分子 #29: LSm8
+分子 #30: Snu114
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.9 / 構成要素 - 濃度: 1.0 mM / 構成要素 - 名称: DTT |
グリッド | モデル: Quantifoil R 1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 6.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 平均露光時間: 16.0 sec. / 平均電子線量: 38.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 35714 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |