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- EMDB-7969: 3D structure of the native alpha-crystallin from bovine eye lens. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7969
タイトル3D structure of the native alpha-crystallin from bovine eye lens.
マップデータNative alpha-crystallin from bovine eye lens.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Native alpha-crystallin from bovine eye lens.
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-crystallin A chain CRYAA
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-crystallin B chain CRYAB
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Ryazantsev SN / Poliansky NB / Chebotareva NA / Muranov KO
引用ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2018
タイトル: 3D structure of the native α-crystallin from bovine eye lens.
著者: Sergey N Ryazantsev / Nikolai B Poliansky / Natalia A Chebotareva / Konstantin O Muranov /
要旨: α-Crystallin is the major eye lens protein that has been shown to support lens transparency by preventing the aggregation of lens proteins. The 3D structure of α-crystallin is largely unknown. ...α-Crystallin is the major eye lens protein that has been shown to support lens transparency by preventing the aggregation of lens proteins. The 3D structure of α-crystallin is largely unknown. Electron microscopy, single-particle 3D reconstruction, size exclusion chromatography, dynamic light scattering, and analytical ultracentrifugation were used to study the structure of the native α-crystallin. Native α-crystallin has a wide distribution in size. The shape of mass distribution is temperature-dependent, but the oligomers with a sedimentation coefficient of ~22 S (750-830 kDa) strongly prevailed at all temperatures used. A 3D model of native α-crystallin with resolution of ~2 nm was created. The model is asymmetrical, has an elongated bean-like shape 13 × 19 nm with a dense core and filamentous "kernel". It does not contain a central cavity. The majority of α-crystallin particles regardless of experimental conditions are 13 × 19 nm, which corresponds to 22S sedimentation coefficient, hydrodynamic diameter 20 nm and mass of 750-830 kD. These particles are in dynamic equilibrium with particles of smaller and larger sizes.
履歴
登録2018年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年6月20日-
マップ公開2018年6月20日-
更新2018年7月4日-
現状2018年7月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7969.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7969.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Native alpha-crystallin from bovine eye lens.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.3 Å
密度
表面レベル登録者による: 1. / ムービー #1: 1
最小 - 最大-1.6346421 - 2.8797734
平均 (標準偏差)0.019830417 (±0.22397162)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-42-42-42
サイズ848484
Spacing848484
セルA=B=C: 361.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.34.34.3
M x/y/z848484
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z361.200361.200361.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-42-42-42
NC/NR/NS848484
D min/max/mean-1.6352.8800.020

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Native alpha-crystallin from bovine eye lens.

全体名称: Native alpha-crystallin from bovine eye lens.
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Native alpha-crystallin from bovine eye lens.
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-crystallin A chain CRYAA
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-crystallin B chain CRYAB

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超分子 #1: Native alpha-crystallin from bovine eye lens.

超分子名称: Native alpha-crystallin from bovine eye lens. / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: eye lens (cortex)
分子量実験値: 830 KDa

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分子 #1: Alpha-crystallin A chain CRYAA

分子名称: Alpha-crystallin A chain CRYAA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Alpha-crystallin A chain CRYAA / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: eye lens (cortex)
配列文字列:
MDIAIQHPWF KRTLGPFYP S RLFDQFFG EG LFEYDLL PFL SSTISP YYRQSLFRTV LDSG ISEVR SDRDK FVIF LDVKHF SPE DLTVKVQ ED FVEIHGKHNE RQDDHGYI S REFHRRYRL PSNVDQSALS CSLSADGML T FSGPKIPS GV DAGHSER AIP VSREEK PSSA PSS

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分子 #2: Alpha-crystallin B chain CRYAB

分子名称: Alpha-crystallin B chain CRYAB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Alpha-crystallin B chain CRYAB / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: eye lens (cortex)
配列文字列:
MDIAIHHPWI RRPFFPFHS P SRLFDQFF GE HLLESDL FPA STSLSP FYLRPPSFLR APSW IDTGL SEMRL EKDR FSVNLD VKH FSPEELK VK VLGDVIEVHG KHEERQDE H GFISREFHR KYRIPADVDP LAITSSLSS D GVLTVNGP RK QASGPER TIP ITREEK PAVT AAPKK

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-HCl pH7.5, 100 mM NaCl, 1 mM EDTA
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: urany acetate / 詳細: Valentine and double-carbon
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 150 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
詳細stored for 48 hr at 4oC prior usage

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1200EX
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.9 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

粒子像選択選択した数: 18000
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: featureless ellipsoid
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 10000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: EMAN2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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