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- EMDB-7901: REGN3470 antibody Fab in complex with Ebola virus GP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7901
タイトルREGN3470 antibody Fab in complex with Ebola virus GP
マップデータREGN3470 antibody Fab in complex with Ebola virus GP
試料
  • 複合体: REGN3470 antibody Fab in complex with Ebola virus GP
生物種Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Turner H / Murin CD / Ward AB
引用ジャーナル: J Infect Dis / 年: 2018
タイトル: Development of Clinical-Stage Human Monoclonal Antibodies That Treat Advanced Ebola Virus Disease in Nonhuman Primates.
著者: Kristen E Pascal / Drew Dudgeon / John C Trefry / Manu Anantpadma / Yasuteru Sakurai / Charles D Murin / Hannah L Turner / Jeanette Fairhurst / Marcela Torres / Ashique Rafique / Ying Yan / ...著者: Kristen E Pascal / Drew Dudgeon / John C Trefry / Manu Anantpadma / Yasuteru Sakurai / Charles D Murin / Hannah L Turner / Jeanette Fairhurst / Marcela Torres / Ashique Rafique / Ying Yan / Ashok Badithe / Kevin Yu / Terra Potocky / Sandra L Bixler / Taylor B Chance / William D Pratt / Franco D Rossi / Joshua D Shamblin / Suzanne E Wollen / Justine M Zelko / Ricardo Carrion / Gabriella Worwa / Hilary M Staples / Darya Burakov / Robert Babb / Gang Chen / Joel Martin / Tammy T Huang / Karl Erlandson / Melissa S Willis / Kimberly Armstrong / Thomas M Dreier / Andrew B Ward / Robert A Davey / Margaret L M Pitt / Leah Lipsich / Peter Mason / William Olson / Neil Stahl / Christos A Kyratsous /
要旨: BACKGROUND: For most classes of drugs, rapid development of therapeutics to treat emerging infections is challenged by the timelines needed to identify compounds with the desired efficacy, safety, ...BACKGROUND: For most classes of drugs, rapid development of therapeutics to treat emerging infections is challenged by the timelines needed to identify compounds with the desired efficacy, safety, and pharmacokinetic profiles. Fully human monoclonal antibodies (mAbs) provide an attractive method to overcome many of these hurdles to rapidly produce therapeutics for emerging diseases.
手法: In this study, we deployed a platform to generate, test, and develop fully human antibodies to Zaire ebolavirus. We obtained specific anti-Ebola virus (EBOV) antibodies by immunizing ...手法: In this study, we deployed a platform to generate, test, and develop fully human antibodies to Zaire ebolavirus. We obtained specific anti-Ebola virus (EBOV) antibodies by immunizing VelocImmune mice that use human immunoglobulin variable regions in their humoral responses.
RESULTS: Of the antibody clones isolated, 3 were selected as best at neutralizing EBOV and triggering FcγRIIIa. Binding studies and negative-stain electron microscopy revealed that the 3 selected ...RESULTS: Of the antibody clones isolated, 3 were selected as best at neutralizing EBOV and triggering FcγRIIIa. Binding studies and negative-stain electron microscopy revealed that the 3 selected antibodies bind to non-overlapping epitopes, including a potentially new protective epitope not targeted by other antibody-based treatments. When combined, a single dose of a cocktail of the 3 antibodies protected nonhuman primates (NHPs) from EBOV disease even after disease symptoms were apparent.
CONCLUSIONS: This antibody cocktail provides complementary mechanisms of actions, incorporates novel specificities, and demonstrates high-level postexposure protection from lethal EBOV disease in ...CONCLUSIONS: This antibody cocktail provides complementary mechanisms of actions, incorporates novel specificities, and demonstrates high-level postexposure protection from lethal EBOV disease in NHPs. It is now undergoing testing in normal healthy volunteers in preparation for potential use in future Ebola epidemics.
履歴
登録2018年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年6月13日-
マップ公開2018年6月13日-
更新2018年12月12日-
現状2018年12月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.87
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.87
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7901.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7901.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈REGN3470 antibody Fab in complex with Ebola virus GP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å		4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å		4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.87 / ムービー #1: 2.87
最小 - 最大-3.053307 - 8.511587
平均 (標準偏差)0.0049662394 (±0.7027809)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.000328.000328.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-153-266-98
NX/NY/NZ528514389
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-3.0538.5120.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : REGN3470 antibody Fab in complex with Ebola virus GP

全体名称: REGN3470 antibody Fab in complex with Ebola virus GP
要素
  • 複合体: REGN3470 antibody Fab in complex with Ebola virus GP

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超分子 #1: REGN3470 antibody Fab in complex with Ebola virus GP

超分子名称: REGN3470 antibody Fab in complex with Ebola virus GP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody with papain.
由来(天然)生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組換細胞: S2 / 組換プラスミド: pMT-puro

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMC4H11NO3Tris

詳細: Solution was made from 10x concentration stock.
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
詳細: Stained using 2% uranyl formate on carbon-coated grids.
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 93 / 平均露光時間: 0.24 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Common lines model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 6017
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: EMAN2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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