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- EMDB-78438: Plasmodium falciparum 17-PF subpellicular microtubule associated ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-78438
タイトルPlasmodium falciparum 17-PF subpellicular microtubule associated with human hemoglobin
マップデータPlasmodium falciparum 17-PF subpellicular microtubule associated with human hemoglobin (composite map)
試料
  • 細胞: Plasmodium falciparum 17-PF subpellicular microtubule associated with human hemoglobin
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemoglobin subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Hemoglobin subunit beta
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOL
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
キーワードhuman hemoglobin / Tubulin / Microtubule / Microtubule-associated Protein / STRUCTURAL PROTEIN / OXYGEN TRANSPORT-Structural Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Cargo trafficking to the periciliary membrane / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Aggrephagy / Neutrophil degranulation / cellular oxidant detoxification / Heme assimilation / nitric oxide transport / carbon dioxide transport / hemoglobin alpha binding ...Cargo trafficking to the periciliary membrane / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Aggrephagy / Neutrophil degranulation / cellular oxidant detoxification / Heme assimilation / nitric oxide transport / carbon dioxide transport / hemoglobin alpha binding / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / erythrocyte development / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / oxygen carrier activity / microtubule-based process / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / microtubule cytoskeleton organization / oxygen binding / Late endosomal microautophagy / platelet aggregation / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / structural constituent of cytoskeleton / Chaperone Mediated Autophagy / tertiary granule lumen / mitotic cell cycle / microtubule / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTP binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Globin / Globin / Globin domain profile. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha / Tubulin alpha chain / Tubulin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Zeng J / Zhang R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM138854 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human hemoglobin protects the parasite cytoskeleton during Plasmodium falciparum gametocyte development
著者: Wang X / Zeng J / Qian P / Hasan M / Goldberg D / Zhang R
履歴
登録2026年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年10月14日-
マップ公開2026年10月14日-
更新2026年10月14日-
現状2026年10月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_78438.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_78438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Plasmodium falciparum 17-PF subpellicular microtubule associated with human hemoglobin (composite map)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 200 pix.
= 267.5 Å		1.34 Å/pix.
x 200 pix.
= 267.5 Å		1.34 Å/pix.
x 200 pix.
= 267.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3375 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大0.0 - 2.1220016
平均 (標準偏差)0.030980792 (±0.11367011)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 267.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Plasmodium falciparum 17-PF subpellicular microtubule associated ...

全体名称: Plasmodium falciparum 17-PF subpellicular microtubule associated with human hemoglobin
要素
  • 細胞: Plasmodium falciparum 17-PF subpellicular microtubule associated with human hemoglobin
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemoglobin subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Hemoglobin subunit beta
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOL
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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超分子 #1: Plasmodium falciparum 17-PF subpellicular microtubule associated ...

超分子名称: Plasmodium falciparum 17-PF subpellicular microtubule associated with human hemoglobin
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

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分子 #1: Tubulin alpha chain

分子名称: Tubulin alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量理論値: 49.741211 KDa
配列文字列: MREVISIHVG QAGIQIGNAC WELFCLEHGI QPDGQMPSDQ VVAGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRCVFVDL EPTVVDEVRT GTYRQLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDVCL DRVRKLADNC TGLQGFLMFN AVGGGTGSGL GCLLLERLAI D YGKKSKLN ...文字列:
MREVISIHVG QAGIQIGNAC WELFCLEHGI QPDGQMPSDQ VVAGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRCVFVDL EPTVVDEVRT GTYRQLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDVCL DRVRKLADNC TGLQGFLMFN AVGGGTGSGL GCLLLERLAI D YGKKSKLN FCSWPSPQVS TAVVEPYNSV LSTHSLLEHT DVAIMLDNEA IYDICKKNLD IERPTYTNLN RLIAQVISSL TA SLRFDGA LNVDVTEFQT NLVPYPRIHF MLSSYAPIIS AEKAYHEQLS VSEITNSAFE PASMMAKCDP RHGKYMACCL MYR GDVVPK DVNAAVATIK TKRSIQFVDW CPTGFKCGIN YQPPTVVPGG DLAKVMRAVC MISNSTAIAE VFSRMDQKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDL AALEKDYEEV GIESNDGEGE DEGYE

UniProtKB: Tubulin alpha chain

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分子 #2: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量理論値: 49.66659 KDa
配列文字列: REIVHIQAGQ CGNQIGAKFW EVISDEHGID PSGTYCGDSD LQLERVDVFY NEATGGRYVP RAILMDLEPG TMDSVRAGPF GQLFRPDNF VFGQTGAGNN WAKGHYTEGA ELIDAVLDVV RKEAEGCDCL QGFQITHSLG GGTGSGMGTL LISKIREEYP D RIMETFSV ...文字列:
REIVHIQAGQ CGNQIGAKFW EVISDEHGID PSGTYCGDSD LQLERVDVFY NEATGGRYVP RAILMDLEPG TMDSVRAGPF GQLFRPDNF VFGQTGAGNN WAKGHYTEGA ELIDAVLDVV RKEAEGCDCL QGFQITHSLG GGTGSGMGTL LISKIREEYP D RIMETFSV FPSPKVSDTV VEPYNATLSV HQLVENADEV QVIDNEALYD ICFRTLKLTT PTYGDLNHLV SAAMSGVTCS LR FPGQLNS DLRKLAVNLI PFPRLHFFMI GFAPLTSRGS QQYRALTVPE LTQQMFDAKN MMCASDPRHG RYLTACAMFR GRM STKEVD EQMLNVQNKN SSYFVEWIPH NTKSSVCDIP PKGLKMAVTF VGNSTAIQEM FKRVSDQFTA MFRRKAFLHW YTGE GMDEM EFTEAESNMN DLVSEYQQYQ DATAEEEGEF EEEEGDVEA

UniProtKB: Tubulin beta chain

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分子 #3: Hemoglobin subunit alpha

分子名称: Hemoglobin subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.28155 KDa
配列文字列:
MVLSPADKTN VKAAWGKVGA HAGEYGAEAL ERMFLSFPTT KTYFPHFDLS HGSAQVKGHG KKVADALTNA VAHVDDMPNA LSALSDLHA HKLRVDPVNF KLLSHCLLVT LAAHLPAEFT PAVHASLDKF LASVSTVLTS KYR

UniProtKB: Hemoglobin subunit alpha

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分子 #4: Hemoglobin subunit beta

分子名称: Hemoglobin subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.890198 KDa
配列文字列:
VHLTPEEKSA VTALWGKVNV DEVGGEALGR LLVVYPWTQR FFESFGDLST PDAVMGNPKV KAHGKKVLGA FSDGLAHLDN LKGTFATLS ELHCDKLHVD PENFRLLGNV LVCVLAHHFG KEFTPPVQAA YQKVVAGVAN ALAHKYH

UniProtKB: Hemoglobin subunit beta

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分子 #5: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #8: TAXOL

分子名称: TAXOL / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: TA1
分子量理論値: 853.906 Da
Chemical component information

ChemComp-TA1:
TAXOL / 薬剤, 化学療法薬, alkaloid*YM

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分子 #9: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 239215
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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