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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7775 | |||||||||
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タイトル | Whole-population, triplet-microtubule map from a Chinese hamster ovary (CHO) centriole | |||||||||
マップデータ | primary map | |||||||||
試料 |
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生物種 | Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Agard DA / Greenan GA | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2018 タイトル: Insights into centriole geometry revealed by cryotomography of doublet and triplet centrioles. 著者: Garrett A Greenan / Bettina Keszthelyi / Ronald D Vale / David A Agard / 要旨: Centrioles are cylindrical assemblies comprised of 9 singlet, doublet, or triplet microtubules, essential for the formation of motile and sensory cilia. While the structure of the cilium is being ...Centrioles are cylindrical assemblies comprised of 9 singlet, doublet, or triplet microtubules, essential for the formation of motile and sensory cilia. While the structure of the cilium is being defined at increasing resolution, centriolar structure remains poorly understood. Here, we used electron cryo-tomography to determine the structure of mammalian (triplet) and (doublet) centrioles. Mammalian centrioles have two distinct domains: a 200 nm proximal core region connected by A-C linkers, and a distal domain where the C-tubule is incomplete and a pair of novel linkages stabilize the assembly producing a geometry more closely resembling the ciliary axoneme. centrioles resemble the mammalian core, but with their doublet microtubules linked through the A tubules. The commonality of core-region length, and the abrupt transition in mammalian centrioles, suggests a conserved length-setting mechanism. The unexpected linker diversity suggests how unique centriolar architectures arise in different tissues and organisms. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7775.map.gz | 1.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7775-v30.xml emd-7775.xml | 7.4 KB 7.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7775.png | 40.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7775 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7775 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7775_validation.pdf.gz | 77.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7775_full_validation.pdf.gz | 76.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7775_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7775 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7775 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7775.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | primary map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Triplet microtubule from a Chinese Hamster Ovary (CHO) centriole
全体 | 名称: Triplet microtubule from a Chinese Hamster Ovary (CHO) centriole |
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要素 |
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-超分子 #1: Triplet microtubule from a Chinese Hamster Ovary (CHO) centriole
超分子 | 名称: Triplet microtubule from a Chinese Hamster Ovary (CHO) centriole タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 8.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 2300 |
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抽出 | トモグラム数: 9 / 使用した粒子像数: 2300 |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |