+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7670 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Single-Molecule 3D Image of neurexin 1 alpha by Individual Particle Electron Tomography (No. 012) | ||||||||||||
![]() | neurexin 1 alpha | ||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.52 Å | ||||||||||||
![]() | Liu JF / Misra A / Reddy S / White MA / Ren G / Rudenko G | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Plasticity of Neurexin 1α: Implications for its Role as Synaptic Organizer. 著者: Jianfang Liu / Anurag Misra / M V V V Sekhar Reddy / Mark Andrew White / Gang Ren / Gabby Rudenko / ![]() 要旨: α-Neurexins are synaptic organizing molecules implicated in neuropsychiatric disorders. They bind and arrange an array of different partners in the synaptic cleft. The extracellular region of ...α-Neurexins are synaptic organizing molecules implicated in neuropsychiatric disorders. They bind and arrange an array of different partners in the synaptic cleft. The extracellular region of neurexin 1α (n1α) contains six LNS domains (L1-L6) interspersed by three Egf-like repeats. N1α must encode highly evolved structure-function relationships in order to fit into the narrow confines of the synaptic cleft, and also recruit its large, membrane-bound partners. Internal molecular flexibility could provide a solution; however, it is challenging to delineate because currently no structural methods permit high-resolution structure determination of large, flexible, multi-domain protein molecules. To investigate the structural plasticity of n1α, in particular the conformation of domains that carry validated binding sites for different protein partners, we used a panel of structural techniques. Individual particle electron tomography revealed that the N-terminally and C-terminally tethered domains, L1 and L6, have a surprisingly limited range of conformational freedom with respect to the linear central core containing L2 through L5. A 2.8-Å crystal structure revealed an unexpected arrangement of the L2 and L3 domains. Small-angle X-ray scattering and electron tomography indicated that incorporation of the alternative splice insert SS6 relieves the restricted conformational freedom between L5 and L6, suggesting that SS6 may work as a molecular toggle. The architecture of n1α thus encodes a combination of rigid and flexibly tethered domains that are uniquely poised to work together to promote its organizing function in the synaptic cleft, and may permit allosterically regulated and/or concerted protein partner binding. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 36.6 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 7.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 15.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7639C ![]() 7640C ![]() 7641C ![]() 7642C ![]() 7643C ![]() 7644C ![]() 7645C ![]() 7646C ![]() 7647C ![]() 7648C ![]() 7649C ![]() 7650C ![]() 7651C ![]() 7652C ![]() 7653C ![]() 7654C ![]() 7655C ![]() 7656C ![]() 7657C ![]() 7658C ![]() 7659C ![]() 7660C ![]() 7661C ![]() 7662C ![]() 7663C ![]() 7664C ![]() 7665C ![]() 7666C ![]() 7667C ![]() 7668C ![]() 7669C ![]() 7671C ![]() 7672C ![]() 7673C ![]() 7674C ![]() 7675C ![]() 7676C ![]() 7677C ![]() 7678C ![]() 7679C ![]() 7680C ![]() 7681C ![]() 7682C ![]() 7683C ![]() 7684C ![]() 7685C ![]() 7686C ![]() 7687C ![]() 7688C ![]() 7689C ![]() 7690C ![]() 7691C ![]() 7692C ![]() 7693C ![]() 7694C ![]() 7695C ![]() 7696C ![]() 7697C ![]() 7698C ![]() 7699C ![]() 7700C ![]() 7701C ![]() 7702C ![]() 7703C ![]() 7704C ![]() 7705C ![]() 7706C ![]() 7707C ![]() 7708C ![]() 7709C ![]() 7710C ![]() 7711C ![]() 7712C ![]() 7713C ![]() 7714C ![]() 7715C ![]() 7716C ![]() 7717C ![]() 7718C ![]() 7719C ![]() 7720C ![]() 7721C ![]() 7722C ![]() 7723C ![]() 7724C ![]() 7725C ![]() 7726C ![]() 7727C ![]() 7728C ![]() 7729C ![]() 7730C ![]() 7731C ![]() 7732C ![]() 7733C ![]() 7734C ![]() 7735C ![]() 7736C ![]() 7737C ![]() 7738C ![]() 7739C ![]() 7740C ![]() 7741C ![]() 7742C ![]() 7743C ![]() 7744C ![]() 7745C ![]() 7746C ![]() 7747C ![]() 7748C ![]() 7749C ![]() 7750C ![]() 7751C ![]() 7752C ![]() 7753C ![]() 7754C ![]() 7755C ![]() 7756C ![]() 7757C ![]() 7758C ![]() 7759C ![]() 7760C ![]() 7761C ![]() 7762C ![]() 7763C ![]() 7764C ![]() 7765C ![]() 7766C ![]() 7767C ![]() 7768C ![]() 6cw1C C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | neurexin 1 alpha | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.48 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : neurexin 1 alpha
全体 | 名称: neurexin 1 alpha |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: neurexin 1 alpha
超分子 | 名称: neurexin 1 alpha / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 137 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
![]() | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris pH 8, 100 mM NaCl, 3 mM CaCl2 |
---|---|
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate 詳細: The grid was stained for 15 s by sequential submersion in two drops of uranyl formate (UF). |
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa |
詳細 | The purified neurexin 1 alpha proteins were stored in 25 mM Tris pH 8, 100 mM NaCl in flash-frozen aliquots. |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | ZEISS LIBRA120PLUS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 81 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 15.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 倍率(公称値): 80000 |