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- EMDB-76656: Single particle cryo-EM structure of human MTCH2 (hyperactive mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-76656
タイトルSingle particle cryo-EM structure of human MTCH2 (hyperactive mutant F285N F286N)
マップデータ
試料
  • 複合体: MTCH2 (hyperactive mutant F285N F286N) complexed with UCP1 nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial carrier homolog 2,Mitochondrial brown fat uncoupling protein 1
    • タンパク質・ペプチド: UCP1 Nanobody
キーワードmitochondrial outer membrane insertase / SLC25 carrier fold / hydrophilic groove / membrane protein biogenesis / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitochondrial fusion / purine ribonucleotide binding / cellular response to dehydroepiandrosterone / Mitochondrial Uncoupling / The fatty acid cycling model / cellular response to radiation / oxidative phosphorylation uncoupler activity / : / mitochondrial transmembrane transport / hematopoietic stem cell migration ...regulation of mitochondrial fusion / purine ribonucleotide binding / cellular response to dehydroepiandrosterone / Mitochondrial Uncoupling / The fatty acid cycling model / cellular response to radiation / oxidative phosphorylation uncoupler activity / : / mitochondrial transmembrane transport / hematopoietic stem cell migration / membrane insertase activity / adaptive thermogenesis / protein insertion into mitochondrial outer membrane / hematopoietic stem cell homeostasis / positive regulation of stem cell differentiation / protein localization to mitochondrion / cardiolipin binding / lactate metabolic process / cellular response to fatty acid / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / long-chain fatty acid binding / response to temperature stimulus / diet induced thermogenesis / cellular response to cold / hepatocyte apoptotic process / proton transmembrane transporter activity / lipid homeostasis / negative regulation of mitochondrial membrane potential / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / transmembrane transporter activity / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cellular response to hormone stimulus / proton transmembrane transport / brown fat cell differentiation / response to cold / cellular response to reactive oxygen species / response to nutrient levels / GDP binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / positive regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / GTP binding / mitochondrion / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Mitochondrial carrier protein / Mitochondrial substrate/solute carrier / Mitochondrial carrier domain superfamily / Mitochondrial carrier protein / Solute carrier (Solcar) repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial brown fat uncoupling protein 1 / Mitochondrial carrier homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Luo Z / Stevens TA / Voorhees RM
資金援助 米国, 8件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1K99GM151478 米国
Nagendranath Reddy Graduate Fellowship 米国
Hevolution/AFAR new investigator award 米国
Caltech Center for Evolutionary Science Grant 米国
Caltech OTCCP Rothenberg Innovation Initiative Grant 米国
Merkin Institute Translational Research Grant 米国
Sontag Foundation 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Freeman Hrabowski Scholar 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural evolution of the MTCH family of mitochondrial insertases
著者: Luo Z / Stevens TA / Lee CA / Hazu M / Galatis EG / Inglis AJ / Guna A / Voorhees RM
履歴
登録2026年4月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年5月13日-
マップ公開2026年5月13日-
更新2026年5月13日-
現状2026年5月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_76656.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_76656.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 540 pix.
= 449.28 Å		0.83 Å/pix.
x 540 pix.
= 449.28 Å		0.83 Å/pix.
x 540 pix.
= 449.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.056
最小 - 最大-0.13269845 - 0.285385
平均 (標準偏差)-0.0001850652 (±0.0026973695)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 449.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_76656_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_76656_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_76656_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MTCH2 (hyperactive mutant F285N F286N) complexed with UCP1 nanobody

全体名称: MTCH2 (hyperactive mutant F285N F286N) complexed with UCP1 nanobody
要素
  • 複合体: MTCH2 (hyperactive mutant F285N F286N) complexed with UCP1 nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial carrier homolog 2,Mitochondrial brown fat uncoupling protein 1
    • タンパク質・ペプチド: UCP1 Nanobody

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超分子 #1: MTCH2 (hyperactive mutant F285N F286N) complexed with UCP1 nanobody

超分子名称: MTCH2 (hyperactive mutant F285N F286N) complexed with UCP1 nanobody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Human MTCH2 (hyperactive mutant F285N F286N) with the cytosolic loop between TM4 and TM5 replaced by the anti-UCP1 nanobody recognition epitope from UCP1in complex with the anti-UCP1 nanobody ...詳細: Human MTCH2 (hyperactive mutant F285N F286N) with the cytosolic loop between TM4 and TM5 replaced by the anti-UCP1 nanobody recognition epitope from UCP1in complex with the anti-UCP1 nanobody pMb65 (modified to permit NabFab binding)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / Organelle: Mitochondrion / 細胞中の位置: Mitochondrial outer membrane

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分子 #1: Mitochondrial carrier homolog 2,Mitochondrial brown fat uncouplin...

分子名称: Mitochondrial carrier homolog 2,Mitochondrial brown fat uncoupling protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.491051 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MADAASQVLL GSGLTILSQP LMYVKVLIQV GYEPLPPTIG RNIFGRQVCQ LPGLFSYAQH IASIDGRRGL FTGLTPRLCS GVLGTVVHG KVLQHYQESD KGEELGPGNV QKEVSSSFDH VIKETTREMI ARSAATLITH PFHVITLRSM VQFIGRESKY C GLCDSIIT ...文字列:
MADAASQVLL GSGLTILSQP LMYVKVLIQV GYEPLPPTIG RNIFGRQVCQ LPGLFSYAQH IASIDGRRGL FTGLTPRLCS GVLGTVVHG KVLQHYQESD KGEELGPGNV QKEVSSSFDH VIKETTREMI ARSAATLITH PFHVITLRSM VQFIGRESKY C GLCDSIIT IYREEGILGF FAGLVPRLLG DILSLWLCNS VYYLMKEAFV KNNILADDVP CHLVSQAVAG FFASMLTYPF VL VSNLMAV NNCGLAGGCP PYSPIYTSWI DCWCMLQKEG NMSRGNSLNN RKVPFGKTYC CDLKMLI

UniProtKB: Mitochondrial carrier homolog 2, Mitochondrial brown fat uncoupling protein 1, Mitochondrial carrier homolog 2

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分子 #2: UCP1 Nanobody

分子名称: UCP1 Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.913538 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GQRQLVESGG GLVQPGGSLR LSCAASGRTS STYTMGWFRQ APGKEREFVA AISWTGTPYY ADSVKGRFTI SRDNAKNTVY LQMNSLEPE DTAVYYCAAA RPGLFIFVSD YARTAKYDYW GKGTPVTV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHEPES/KOH4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid/potassium hydroxide
2.0 mMMgOAcmagnesium acetate
0.07 %UDMn-Undecyl-beta-D-Maltopyranoside
200.0 mMNaClsodium chloride

詳細: 50 mM HEPES/KOH pH 7.5, 200 mM NaCl, 2 mM Mg Acetate, and 0.07% UDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 30 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.03 kPa
詳細: The grid was glow-discharged with a PELCO easiGlowTM (Ted Pella, Inc.) at 20 mA for 60 s.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
ソフトウェア名称: SerialEM
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10506 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2013310
詳細: 6,937 out of 10,506 micrographs were selected for downstream processing. A total of 2,013,310 particles from blob picker and template picker were obtained. After running 5 rounds of ...詳細: 6,937 out of 10,506 micrographs were selected for downstream processing. A total of 2,013,310 particles from blob picker and template picker were obtained. After running 5 rounds of heterogenous refinement, 321,419 particles were selected for further processing.
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0)
詳細: CTF parameters estimated using Patch CTF estimation in cryoSPARC. Global CTF correction for beam tilt was additionally performed.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 5 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0)
詳細: Final map generated by local refinement in cryoSPARC using a soft mask encompassing MTCH2 only
使用した粒子像数: 321419
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0) / 詳細: Ab initio reconstruction in cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0)
詳細: Local refinement in cryoSPARC with a soft mask around MTCH2 only
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0) / 詳細: Heterogeneous refinement in cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
ChainPDB ID
chain_id: A, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8hbv

ソフトウェア名称: Coot (ver. 0.9.8.95)
詳細Initial fitting was done using Coot and refined by Phenix cryo-EM real space refinement.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 177
当てはまり具合の基準: Real-space correlation coefficient
得られたモデル

PDB-12oz:
Single particle cryo-EM structure of human MTCH2 (hyperactive mutant F285N F286N)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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