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万見
- EMDB-7611: Intact Type IV Secretion Machine -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7611
タイトルIntact Type IV Secretion Machine
マップデータIntact machine structure
試料
  • 複合体: Type IV secretion machine
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 33.0 Å
データ登録者Liu J / Hu B
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: A unique cytoplasmic ATPase complex defines the Legionella pneumophila type IV secretion channel.
著者: David Chetrit / Bo Hu / Peter J Christie / Craig R Roy / Jun Liu /
要旨: Type IV secretion systems (T4SSs) are complex machines used by bacteria to deliver protein and DNA complexes into target host cells. Conserved ATPases are essential for T4SS function, but how they ...Type IV secretion systems (T4SSs) are complex machines used by bacteria to deliver protein and DNA complexes into target host cells. Conserved ATPases are essential for T4SS function, but how they coordinate their activities to promote substrate transfer remains poorly understood. Here, we show that the DotB ATPase associates with the Dot-Icm T4SS at the Legionella cell pole through interactions with the DotO ATPase. The structure of the Dot-Icm apparatus was solved in situ by cryo-electron tomography at 3.5 nm resolution and the cytoplasmic complex was solved at 3.0 nm resolution. These structures revealed a cell envelope-spanning channel that connects to the cytoplasmic complex. Further analysis revealed a hexameric assembly of DotO dimers associated with the inner membrane complex, and a DotB hexamer associated with the base of this cytoplasmic complex. The assembly of a DotB-DotO energy complex creates a cytoplasmic channel that directs the translocation of substrates through the T4SS. These data define distinct stages in Dot-Icm machine biogenesis, advance our understanding of channel activation, and identify an envelope-spanning T4SS channel.
履歴
登録2018年3月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月25日-
マップ公開2018年6月6日-
更新2018年6月6日-
現状2018年6月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7611.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7611.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Intact machine structure
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5 Å/pix.
x 144 pix.
= 720. Å		5 Å/pix.
x 144 pix.
= 720. Å		5 Å/pix.
x 144 pix.
= 720. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-6.888152 - 9.55031
平均 (標準偏差)0.001954145 (±0.95438164)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-72-72-72
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 720.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z555
M x/y/z144144144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z720.000720.000720.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-72-72-72
NC/NR/NS144144144
D min/max/mean-6.8889.5500.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type IV secretion machine

全体名称: Type IV secretion machine
要素
  • 複合体: Type IV secretion machine

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超分子 #1: Type IV secretion machine

超分子名称: Type IV secretion machine / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C13 (13回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 33.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 5000
抽出トモグラム数: 1000 / 使用した粒子像数: 5000 / 手法: manually / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9.6)
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9.6)
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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