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- EMDB-7568: Glutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7568
タイトルGlutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab
マップデータGlutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab
試料
  • 複合体: Glutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: PGV04 VH
    • タンパク質・ペプチド: PGV04 VL
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードglutaraldehyde / BG505 / SOSIP / PGV04 / HIV / HIV-1 / trimer / immmune complex / immunogen / Env / cross link / B cell activation / Th cell activation / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Pallesen J / de Val N / Ward AB
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
BMGFOPP1113647 米国
H2020 European AIDS Vaccine Initiative681137
International AIDS Vaccine InitiativeOPP1084519 米国
International AIDS Vaccine InitiativeOPP1115782 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2018
タイトル: Structural and immunologic correlates of chemically stabilized HIV-1 envelope glycoproteins.
著者: Torben Schiffner / Jesper Pallesen / Rebecca A Russell / Jonathan Dodd / Natalia de Val / Celia C LaBranche / David Montefiori / Georgia D Tomaras / Xiaoying Shen / Scarlett L Harris / Amin E ...著者: Torben Schiffner / Jesper Pallesen / Rebecca A Russell / Jonathan Dodd / Natalia de Val / Celia C LaBranche / David Montefiori / Georgia D Tomaras / Xiaoying Shen / Scarlett L Harris / Amin E Moghaddam / Oleksandr Kalyuzhniy / Rogier W Sanders / Laura E McCoy / John P Moore / Andrew B Ward / Quentin J Sattentau /
要旨: Inducing broad spectrum neutralizing antibodies against challenging pathogens such as HIV-1 is a major vaccine design goal, but may be hindered by conformational instability within viral envelope ...Inducing broad spectrum neutralizing antibodies against challenging pathogens such as HIV-1 is a major vaccine design goal, but may be hindered by conformational instability within viral envelope glycoproteins (Env). Chemical cross-linking is widely used for vaccine antigen stabilization, but how this process affects structure, antigenicity and immunogenicity is poorly understood and its use remains entirely empirical. We have solved the first cryo-EM structure of a cross-linked vaccine antigen. The 4.2 Å structure of HIV-1 BG505 SOSIP soluble recombinant Env in complex with a CD4 binding site-specific broadly neutralizing antibody (bNAb) Fab fragment reveals how cross-linking affects key properties of the trimer. We observed density corresponding to highly specific glutaraldehyde (GLA) cross-links between gp120 monomers at the trimer apex and between gp120 and gp41 at the trimer interface that had strikingly little impact on overall trimer conformation, but critically enhanced trimer stability and improved Env antigenicity. Cross-links were also observed within gp120 at sites associated with the N241/N289 glycan hole that locally modified trimer antigenicity. In immunogenicity studies, the neutralizing antibody response to cross-linked trimers showed modest but significantly greater breadth against a global panel of difficult-to-neutralize Tier-2 heterologous viruses. Moreover, the specificity of autologous Tier-2 neutralization was modified away from the N241/N289 glycan hole, implying a novel specificity. Finally, we have investigated for the first time T helper cell responses to next-generation soluble trimers, and report on vaccine-relevant immunodominant responses to epitopes within BG505 that are modified by cross-linking. Elucidation of the structural correlates of a cross-linked viral glycoprotein will allow more rational use of this methodology for vaccine design, and reveals a strategy with promise for eliciting neutralizing antibodies needed for an effective HIV-1 vaccine.
履歴
登録2018年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月18日-
マップ公開2018年4月18日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6crq
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6crq
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7568.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7568.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Glutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 300 pix.
= 306. Å		1.02 Å/pix.
x 300 pix.
= 306. Å		1.02 Å/pix.
x 300 pix.
= 306. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.027233493 - 0.052630827
平均 (標準偏差)0.00002297715 (±0.0022956221)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 306.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.021.021.02
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z306.000306.000306.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ242496
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0270.0530.000

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添付データ

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ハーフマップ: Glutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab

ファイルemd_7568_half_map_1.map
注釈Glutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Glutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab

ファイルemd_7568_half_map_2.map
注釈Glutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Glutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab

全体名称: Glutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab
要素
  • 複合体: Glutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: PGV04 VH
    • タンパク質・ペプチド: PGV04 VL
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Glutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab

超分子名称: Glutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 550 KDa

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 53.950172 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ENLWVTVYYG VPVWKDAETT LFCASDAKAY ETEKHNVWAT HACVPTDPNP QEIHLENVTE EFNMWKNNMV EQMHTDIISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLQ CTNVTNAITD DMRGELKNCS FNMTTELRDK KQKVYSLFYR LDVVQINENQ GNRSNNSNKE Y RLINCNTS ...文字列:
ENLWVTVYYG VPVWKDAETT LFCASDAKAY ETEKHNVWAT HACVPTDPNP QEIHLENVTE EFNMWKNNMV EQMHTDIISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLQ CTNVTNAITD DMRGELKNCS FNMTTELRDK KQKVYSLFYR LDVVQINENQ GNRSNNSNKE Y RLINCNTS AITQACPKVS FEPIPIHYCA PAGFAILKCK DKKFNGTGPC PSVSTVQCTH GIKPVVSTQL LLNGSLAEEE VM IRSENIT NNAKNILVQF NTPVQINCTR PNNNTRKSIR IGPGQAFYAT GDIIGDIRQA HCNVSKATWN ETLGKVVKQL RKH FGNNTI IRFANSSGGD LEVTTHSFNC GGEFFYCNTS GLFNSTWISN TSVQGSNSTG SNDSITLPCR IKQIINMWQR IGQA MYAPP IQGVIRCVSN ITGLILTRDG GSTNSTTETF RPGGGDMRDN WRSELYKYKV VKIEPLGVAP TRCKRRVVGR RRRRR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.146482 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: PGV04 VH

分子名称: PGV04 VH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.644771 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGSG VKKPGASVRV SCWTSEDIFE RTELIHWVRQ APGQGLEWIG WVKTVTGAVN FGSPDFRQRV SLTRDRDLFT AHMDIRGLT QGDTATYFCA RQKFYTGGQG WYFDLWGRGT LIVVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
QVQLVQSGSG VKKPGASVRV SCWTSEDIFE RTELIHWVRQ APGQGLEWIG WVKTVTGAVN FGSPDFRQRV SLTRDRDLFT AHMDIRGLT QGDTATYFCA RQKFYTGGQG WYFDLWGRGT LIVVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC

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分子 #4: PGV04 VL

分子名称: PGV04 VL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.073822 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGETAS LSCTAASYGH MTWYQKKPGQ PPKLLIFATS KRASGIPDRF SGSQFGKQYT LTITRMEPED FARYYCQQL EFFGQGTRLE IRRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ SGNSQESVTE Q DSKDSTYS ...文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGETAS LSCTAASYGH MTWYQKKPGQ PPKLLIFATS KRASGIPDRF SGSQFGKQYT LTITRMEPED FARYYCQQL EFFGQGTRLE IRRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ SGNSQESVTE Q DSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 18 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.67 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: TBS / 詳細: 50 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.3 mM DDM.
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-35 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1329 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 55563
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Angular sampling: 0.94 degrees
ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6crq:
Glutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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