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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7558 | |||||||||
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タイトル | MicroED structure of NaK ion channel reveals a process of Na+ partition into the selectivity filter | |||||||||
![]() | NaK ion channel | |||||||||
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![]() | ion channel / NaK / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Two pore domain potassium channel / Potassium channel domain / Ion channel / potassium channel activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane / Transporter / Potassium channel protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5002 Å | |||||||||
![]() | Liu S / Gonen T | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: MicroED structure of the NaK ion channel reveals a Na partition process into the selectivity filter. 著者: Shian Liu / Tamir Gonen / ![]() 要旨: Sodium (Na) is a ubiquitous and important inorganic salt mediating many critical biological processes such as neuronal excitation, signaling, and facilitation of various transporters. The hydration ...Sodium (Na) is a ubiquitous and important inorganic salt mediating many critical biological processes such as neuronal excitation, signaling, and facilitation of various transporters. The hydration states of Na are proposed to play critical roles in determining the conductance and the selectivity of Na channels, yet they are rarely captured by conventional structural biology means. Here we use the emerging cryo-electron microscopy (cryoEM) method micro-electron diffraction (MicroED) to study the structure of a prototypical tetrameric Na-conducting channel, NaK, to 2.5 Å resolution from nano-crystals. Two new conformations at the external site of NaK are identified, allowing us to visualize a partially hydrated Na ion at the entrance of the channel pore. A process of dilation coupled with Na movement is identified leading to valuable insights into the mechanism of ion conduction and gating. This study lays the ground work for future studies using MicroED in membrane protein biophysics. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 10.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.7 KB 10.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 62.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.1 KB | ||
Filedesc structureFactors | ![]() | 509.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 522 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 521.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6cpvMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | NaK ion channel | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.51569 Å / Y: 0.51569 Å / Z: 0.53155 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : NaK
全体 | 名称: NaK |
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要素 |
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-超分子 #1: NaK
超分子 | 名称: NaK / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Potassium channel protein
分子 | 名称: Potassium channel protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 10.706538 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: WKDKEFQVLF VLTILTLISG TIFYSTVEGL RPIDALYFSV VTLTTVGDGN FSPQTDFGKI FTILYIFIGI GLVFGFIHKL AVNVQLPSI LSNLVPR UniProtKB: Transporter |
-分子 #2: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-分子 #3: (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子 | 名称: (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MPD |
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分子量 | 理論値: 118.174 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-MPD: |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 平均電子線量: 0.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1750 mm |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5002 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES |
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Crystallography statistics | Number intensities measured: 27479 / Number structure factors: 5643 / Fourier space coverage: 81.7 / R sym: 0.206 / R merge: 0.206 / Overall phase error: 20.27 / Overall phase residual: 20.27 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 2.5002 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 2.5002 Å / 殻 - Low resolution: 3.1486 Å / 殻 - Number structure factors: 2685 / 殻 - Phase residual: 22.68 / 殻 - Fourier space coverage: 0.76 / 殻 - Multiplicity: 4.1 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 温度因子: 41 |
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得られたモデル | ![]() PDB-6cpv: |