[日本語] English
万見
- EMDB-75491: Structure of human MAIT A-F7 TCR in complex with miniaturized MR1... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-75491
タイトルStructure of human MAIT A-F7 TCR in complex with miniaturized MR1-5-OP-RU
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of human MAIT A-F7 TCR with miniaturized MR1-5-OP-RU
    • タンパク質・ペプチド: Major histocompatibility complex class I-related protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Human TCR alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Human TCR beta chain
  • リガンド: 1-deoxy-1-({2,6-dioxo-5-[(E)-(2-oxopropylidene)amino]-1,2,3,6-tetrahydropyrimidin-4-yl}amino)-D-ribitol
キーワードMR1 / MAIT / TCR / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of exogenous antigen / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / MHC class I receptor activity / T cell differentiation in thymus / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / late endosome membrane / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium ...antigen processing and presentation of exogenous antigen / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / MHC class I receptor activity / T cell differentiation in thymus / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / late endosome membrane / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / external side of plasma membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Major histocompatibility complex class I-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Shinde O / Rotsides P / Sgourakis NG
資金援助 英国, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UKCGCATF-2023/100004 英国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)OT2CA297575 米国
The Mark Foundation 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2026
タイトル: A miniaturized MR1 metabolite display system with native-like protein features
著者: Rotsides P / Shinde O / Danon JN / Sgourakis NG
履歴
登録2026年2月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年9月30日-
マップ公開2026年9月30日-
更新2026年9月30日-
現状2026年9月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_75491.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_75491.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.7 Å/pix.
x 384 pix.
= 267.84 Å		0.7 Å/pix.
x 384 pix.
= 267.84 Å		0.7 Å/pix.
x 384 pix.
= 267.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6975 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.085
最小 - 最大-0.9198338 - 1.1705815
平均 (標準偏差)-0.000003473002 (±0.01658536)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 267.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_75491_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_75491_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Complex of human MAIT A-F7 TCR with miniaturized MR1-5-OP-RU

全体名称: Complex of human MAIT A-F7 TCR with miniaturized MR1-5-OP-RU
要素
  • 複合体: Complex of human MAIT A-F7 TCR with miniaturized MR1-5-OP-RU
    • タンパク質・ペプチド: Major histocompatibility complex class I-related protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Human TCR alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Human TCR beta chain
  • リガンド: 1-deoxy-1-({2,6-dioxo-5-[(E)-(2-oxopropylidene)amino]-1,2,3,6-tetrahydropyrimidin-4-yl}amino)-D-ribitol

-
超分子 #1: Complex of human MAIT A-F7 TCR with miniaturized MR1-5-OP-RU

超分子名称: Complex of human MAIT A-F7 TCR with miniaturized MR1-5-OP-RU
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 83 KDa

-
分子 #1: Major histocompatibility complex class I-related protein 1

分子名称: Major histocompatibility complex class I-related protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.602254 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSGDREDVER LLRSVEWAIK AGDPYSARIL VELAREDAEK IGDERLRREV EELLRELEEL EEELARLPKL PPDRTHSLRY FRLGVSDPI HGVPEFISVG YVDSHPITTY DSVTRQKEPR APWMAENLAP DHWERYTQLL RGWQQMFKVE LKRLQRHYNH S GSHTYQRM ...文字列:
MSGDREDVER LLRSVEWAIK AGDPYSARIL VELAREDAEK IGDERLRREV EELLRELEEL EEELARLPKL PPDRTHSLRY FRLGVSDPI HGVPEFISVG YVDSHPITTY DSVTRQKEPR APWMAENLAP DHWERYTQLL RGWQQMFKVE LKRLQRHYNH S GSHTYQRM IGCELLEDGS TTGFLQYAYD GQDFLIFNKD TLSWLAVDNV AHTIKQAWEA NQHELLYQKN WLEEECIAWL KR FLEYGKD TLQ

UniProtKB: Major histocompatibility complex class I-related protein 1

-
分子 #2: Human TCR alpha chain

分子名称: Human TCR alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.781268 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGQNIDQPTE MTATEGAIVQ INCTYQTSGF NGLFWYQQHA GEAPTFLSYN VLDGLEEKGR FSSFLSRSKG YSYLLLKELQ MKDSASYLC AVKDSNYQLI WGAGTKLIIK PDIQNPDPAV YQLRDSKSSD KSVCLFTDFD SQTNVSQSKD SDVYITDKCV L DMRSMDFK ...文字列:
MGQNIDQPTE MTATEGAIVQ INCTYQTSGF NGLFWYQQHA GEAPTFLSYN VLDGLEEKGR FSSFLSRSKG YSYLLLKELQ MKDSASYLC AVKDSNYQLI WGAGTKLIIK PDIQNPDPAV YQLRDSKSSD KSVCLFTDFD SQTNVSQSKD SDVYITDKCV L DMRSMDFK SNSAVAWSNK SDFACANAFN NSIIPEDTFF PSPESS

-
分子 #3: Human TCR beta chain

分子名称: Human TCR beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.731123 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAGVTQTPKF QVLKTGQSMT LQCAQDMNHN SMYWYRQDPG MGLRLIYYSA SEGTTDKGEV PNGYNVSRLN KREFSLRLES AAPSQTSVY FCASSVWTGE GSGELFFGEG SRLTVLEDLK NVFPPEVAVF EPSEAEISHT QKATLVCLAT GFYPDHVELS W WVNGKEVH ...文字列:
MAGVTQTPKF QVLKTGQSMT LQCAQDMNHN SMYWYRQDPG MGLRLIYYSA SEGTTDKGEV PNGYNVSRLN KREFSLRLES AAPSQTSVY FCASSVWTGE GSGELFFGEG SRLTVLEDLK NVFPPEVAVF EPSEAEISHT QKATLVCLAT GFYPDHVELS W WVNGKEVH SGVCTDPQPL KEQPALNDSR YALSSRLRVS ATFWQNPRNH FRCQVQFYGL SENDEWTQDR AKPVTQIVSA EA WGRADLE GGLEVLFQGP GGGLNDIFEA QKIEWHE

-
分子 #4: 1-deoxy-1-({2,6-dioxo-5-[(E)-(2-oxopropylidene)amino]-1,2,3,6-tet...

分子名称: 1-deoxy-1-({2,6-dioxo-5-[(E)-(2-oxopropylidene)amino]-1,2,3,6-tetrahydropyrimidin-4-yl}amino)-D-ribitol
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: Q87
分子量理論値: 330.294 Da
Chemical component information

ChemComp-Q87:
1-deoxy-1-({2,6-dioxo-5-[(E)-(2-oxopropylidene)amino]-1,2,3,6-tetrahydropyrimidin-4-yl}amino)-D-ribitol

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMNH2C(CH2OH)3Tris
150.0 mMNaClsodium chloride
0.145 mMC20H25F13O11Fluorinated Octyl Maltoside
糖包埋材質: vitrified ice
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1673666
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 287776
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る