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- EMDB-7527: Class 1 vertex with 2-fold symmetry extracted from SEC13/SEC31del... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7527
タイトルClass 1 vertex with 2-fold symmetry extracted from SEC13/SEC31deltaC cuboctahedrons and aligned, both using localized reconstruction method.
マップデータClass 1 of locally reconstructed vertices of SEC13/SEC31 cages made of C-terminally truncated SEC31.
試料
  • 複合体: Assembly of 24 SEC13/SEC31deltaC heterotetramers into a cuboctahedron for which localized reconstruction reveals vertices (4 heterotetramers).
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Paraan M / Bhattacharya N / Stagg S
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Flexibility of the Sec13/31 cage is influenced by the Sec31 C-terminal disordered domain.
著者: Mohammadreza Paraan / Nilakshee Bhattacharya / Vladimir N Uversky / Scott M Stagg /
要旨: In COPII mediated vesicle formation, Sec13/Sec31 heterotetramers play a role in organizing the membranes into a spherical vesicle. There they oligomerize into a cage that interacts with the other ...In COPII mediated vesicle formation, Sec13/Sec31 heterotetramers play a role in organizing the membranes into a spherical vesicle. There they oligomerize into a cage that interacts with the other COPII proteins to direct vesicle formation and concentrate cargo into a bud. In this role they must be flexible to accommodate different sizes and shapes of cargo, but also have elements that provide rigidity to help deform the membrane. Here we characterize the influence the C-terminal disordered region of Sec31 has on cage flexibility and rigidity. After deleting this region (residues 820-1220), we characterized Sec13/Sec31ΔC heterotetramers biophysically and structurally through cryo-EM. Our results show that Sec13/31ΔC self-assembles into canonical cuboctahedral cages in vitro at buffer conditions similar to wild type. The distribution of cage sizes indicated that unlike the wild type, Sec13/31ΔC cages have a more homogeneous geometry. However, the structure of cuboctahedrons exhibited more conformational heterogeneity than wild type. Through localized reconstruction of cage vertices and molecular dynamics flexible fitting we found a new hinge for the flexing of Sec31 β-propeller domain and more flexibility of the previously known hinge. Together, these results show that the C-terminal region of Sec31 regulates the flexing of other domains such that flexibility and rigidity are not compromised during transport of large and/or asymmetric cargo.
履歴
登録2018年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月11日-
マップ公開2018年9月12日-
更新2019年5月15日-
現状2019年5月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7527.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7527.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Class 1 of locally reconstructed vertices of SEC13/SEC31 cages made of C-terminally truncated SEC31.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.03 Å/pix.
x 200 pix.
= 406. Å		2.03 Å/pix.
x 200 pix.
= 406. Å		2.03 Å/pix.
x 200 pix.
= 406. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.023 / ムービー #1: 0.023
最小 - 最大-0.010071615 - 0.10762482
平均 (標準偏差)0.0013667056 (±0.007676975)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 406.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.032.032.03
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z406.000406.000406.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ208208208
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0100.1080.001

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添付データ

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追加マップ: Class 2 of locally reconstructed vertices of SEC13/SEC31...

ファイルemd_7527_additional.map
注釈Class 2 of locally reconstructed vertices of SEC13/SEC31 cages made of C-terminally truncated SEC31.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Assembly of 24 SEC13/SEC31deltaC heterotetramers into a cuboctahe...

全体名称: Assembly of 24 SEC13/SEC31deltaC heterotetramers into a cuboctahedron for which localized reconstruction reveals vertices (4 heterotetramers).
要素
  • 複合体: Assembly of 24 SEC13/SEC31deltaC heterotetramers into a cuboctahedron for which localized reconstruction reveals vertices (4 heterotetramers).

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超分子 #1: Assembly of 24 SEC13/SEC31deltaC heterotetramers into a cuboctahe...

超分子名称: Assembly of 24 SEC13/SEC31deltaC heterotetramers into a cuboctahedron for which localized reconstruction reveals vertices (4 heterotetramers).
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 2528 / 平均露光時間: 1.08 sec. / 平均電子線量: 60.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 16000
詳細: This is the number of cage (cuboctahedron) particles initially picked from the micrographs. For the localized reconstruction method, 12 subparticles (vertices) were extracted per cage particle.
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
詳細: For classification and refinement of cages, a low-pass filtered initial model of cages was used. For classification and alignment of vertices, one vertex was extracted from the symmetrized ...詳細: For classification and refinement of cages, a low-pass filtered initial model of cages was used. For classification and alignment of vertices, one vertex was extracted from the symmetrized cage map generated in the previous step.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: This is the number of particles used to generate the Class 1 map in this deposition.
使用した粒子像数: 21650
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / 詳細: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / 詳細: RELION
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: For each of cage classification and vertex classification, 5 classes were generated.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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