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万見
- EMDB-75249: Cryo-tomogram of NLRP3-associated vesicles residing at the Golgi ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-75249
タイトルCryo-tomogram of NLRP3-associated vesicles residing at the Golgi following LPS treatment
マップデータCryo-tomogram shows NLRP3-associated vesicles residing on the Golgi after LPS treatment
試料
  • 細胞: Differentiated human THP-1 cells treated with LPS
キーワードNLRP3 inflammasome / MTOC / Golgi / vesicles / pyroptosis / IMMUNE SYSTEM
生物種Human THP-1 cells (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Wang J / Wu M / Xiao L / Du G / Chen M / Magupalli VG / Dahlberg PD / Wu H / Jensen GJ
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI127401 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)AR079766 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM150905 米国
Chan Zuckerberg Initiative2021-234593 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI177778 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Human NLRP3 inflammasome activation leads to formation of condensate at the microtubule organizing center.
著者: Jue Wang / Man Wu / Venkat G Magupalli / Peter D Dahlberg / Hao Wu / Grant J Jensen /
要旨: The NLRP3 inflammasome is a multi-protein molecular machine that mediates inflammatory responses in innate immunity. Its dysregulation has been linked to a large number of human diseases. Using ...The NLRP3 inflammasome is a multi-protein molecular machine that mediates inflammatory responses in innate immunity. Its dysregulation has been linked to a large number of human diseases. Using cryogenic fluorescence-guided focused-ion-beam (cryo-FIB) milling and electron cryo-tomography (cryo-ET), we obtained 3-D images of the NLRP3 inflammasome at various stages of its activation at macromolecular resolution. The cryo-tomograms unexpectedly reveal dense condensates of the human macrophage NLRP3 inflammasome that form within and around the microtubule organizing center (MTOC). We also find that following activation, the trans-Golgi network disperses and 50-nm NLRP3-associated vesicles appear which likely ferry NLRP3 to the MTOC. At later time points after activation, the electron-dense condensates progressively solidify and the cells undergo pyroptosis with widespread damaged mitochondria and autophagasomal structures.
履歴
登録2026年1月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月4日-
マップ公開2026年2月4日-
更新2026年2月11日-
現状2026年2月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_75249.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_75249.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Cryo-tomogram shows NLRP3-associated vesicles residing on the Golgi after LPS treatment
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 5544. Å		13.86 Å/pix.
x 1440 pix.
= 19958.4 Å		13.86 Å/pix.
x 1024 pix.
= 14192.64 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-1060.0 - 475.0
平均 (標準偏差)122.810326000000003 (±38.110306000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-197208-208
サイズ14401024400
Spacing10241440400
セルA: 14192.64 Å / B: 19958.4 Å / C: 5544.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Differentiated human THP-1 cells treated with LPS

全体名称: Differentiated human THP-1 cells treated with LPS
要素
  • 細胞: Differentiated human THP-1 cells treated with LPS

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超分子 #1: Differentiated human THP-1 cells treated with LPS

超分子名称: Differentiated human THP-1 cells treated with LPS / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Human THP-1 cells (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: Roswell Park Memorial Institute (RPMI) Medium supplemented with heat inactivated 10% FBS, 10mM HEPES, 1mM sodium pyruvate, 0.05mM 2-mercaptoethanol, 100units/mL of penicillin and streptomycin
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 1000
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.3 / 集束イオンビーム - 時間: 300 / 集束イオンビーム - 温度: 100 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 3000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 180
集束イオンビーム - 詳細: Cryo-FIB milling was guided by fluorescence. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos2 Dual-Beam system with customized integrated ENZEL ...集束イオンビーム - 詳細: Cryo-FIB milling was guided by fluorescence. The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos2 Dual-Beam system with customized integrated ENZEL fluorescent light microscope. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 140.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 55
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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