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- EMDB-75142: Cryo-EM structure of receptor tyrosine kinase ROS1 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-75142
タイトルCryo-EM structure of receptor tyrosine kinase ROS1 in complex with NELL2
マップデータmap
試料
  • 複合体: Receptor tyrosine kinase ROS1 in complex with NELL2
    • タンパク質・ペプチド: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS
    • タンパク質・ペプチド: Protein kinase C-binding protein NELL2
キーワードReceptor tyrosine kinase ROS1 / ROS1-NELL2 complex / TRANSFERASE-SIGNALING PROTEIN complex / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


columnar/cuboidal epithelial cell development / regulation of phosphate transport / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / regulation of TOR signaling / commissural neuron axon guidance / fertilization / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / protein kinase C binding ...columnar/cuboidal epithelial cell development / regulation of phosphate transport / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / regulation of TOR signaling / commissural neuron axon guidance / fertilization / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / protein kinase C binding / regulation of cell growth / neuron cellular homeostasis / receptor protein-tyrosine kinase / heparin binding / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / spermatogenesis / gene expression / protein phosphorylation / cell differentiation / signaling receptor complex / negative regulation of gene expression / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / signal transduction / : / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / EGF domain / EGF domain / : / Thrombospondin N-terminal -like domains. / Laminin G domain / von Willebrand factor (vWF) type C domain / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. ...: / EGF domain / EGF domain / : / Thrombospondin N-terminal -like domains. / Laminin G domain / von Willebrand factor (vWF) type C domain / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / : / Calcium-binding EGF domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / : / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS / Protein kinase C-binding protein NELL2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Li H / Klein D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Clustering and a conformational switch drive activation of the mammalian receptor tyrosine kinase ROS1.
著者: Hengyi Li / Jianan Zhang / Tongqing Li / Yueyue Wang / Claudio R Alarcón / Daryl E Klein /
要旨: Receptor tyrosine kinases (RTKs) are key regulators of cellular signaling and are often co-opted in cancer. ROS1 is an orphan RTK aberrantly expressed in multiple tumors, yet no approved biologic ...Receptor tyrosine kinases (RTKs) are key regulators of cellular signaling and are often co-opted in cancer. ROS1 is an orphan RTK aberrantly expressed in multiple tumors, yet no approved biologic therapies target it, and its activation mechanism remains unknown. Here, we present Cryo-EM structures of mammalian ROS1 in ligand-free and NELL2-bound states, revealing how trimeric NELL2 induces both receptor clustering and a conformational switch that relieves receptor autoinhibition - both mechanisms are required for ROS1 activation. These structures, along with biochemical characterization, reflect a striking evolutionary divergence in regulatory logic compared to the invertebrate ortholog Sevenless (dROS1), highlighting how conserved RTKs can adopt fundamentally different activation strategies. Guided by these structural insights, we develop monoclonal antibodies that either block ligand binding or trap ROS1 in an inactive conformation. These agents potently suppress ROS1 signaling, representing distinct mechanistic classes of biologics that directly target ROS1 activity. Our findings elucidate a distinct mode of RTK regulation and establish a therapeutic framework for cancers driven by ROS1.
履歴
登録2026年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月25日-
マップ公開2026年2月25日-
更新2026年3月4日-
現状2026年3月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_75142.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_75142.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264. Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264. Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 264. Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.119
最小 - 最大-1.028424 - 1.5712801
平均 (標準偏差)-0.00004433385 (±0.02299159)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 264.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_75142_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_75142_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Receptor tyrosine kinase ROS1 in complex with NELL2

全体名称: Receptor tyrosine kinase ROS1 in complex with NELL2
要素
  • 複合体: Receptor tyrosine kinase ROS1 in complex with NELL2
    • タンパク質・ペプチド: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS
    • タンパク質・ペプチド: Protein kinase C-binding protein NELL2

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超分子 #1: Receptor tyrosine kinase ROS1 in complex with NELL2

超分子名称: Receptor tyrosine kinase ROS1 in complex with NELL2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS

分子名称: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: SLDQSTVLSS CLTSCVTNLG RQLDSGTRYN LSEACIHGCQ FWNSVDQETC ALKCNDTYAT ICERESCEVG CSNAEGSYEE EVLESTELP TAPFASSIGS HGVTLRWNPA NISGVKYIIQ WKYAQLPGSW TFTETVSKLS YTVEPLHPFT EYIFRVVWIF T AQLHLYSP ...文字列:
SLDQSTVLSS CLTSCVTNLG RQLDSGTRYN LSEACIHGCQ FWNSVDQETC ALKCNDTYAT ICERESCEVG CSNAEGSYEE EVLESTELP TAPFASSIGS HGVTLRWNPA NISGVKYIIQ WKYAQLPGSW TFTETVSKLS YTVEPLHPFT EYIFRVVWIF T AQLHLYSP PSPSYRTHPY GVPETAPLIL NMESWSPDTV EVSWAPPHFP GGPILGYNLR LISKNQKLDS GTQRTSFQFY ST LPNTTYR FSIAAVNEVG EGPEAESTVT TPSPSVQEEE QWLFLSRKTS LRKRSLKYLV DEAHCLWSDA IHHNITGISV YAQ QQVVYF SEGTVIWMKG AANMSDVSDL RIFYQGSGLV SSISIDWLYQ RMYFIMDKLV YVCELKNCSN LEEITPFSLI APQK VVVDS YNGYLFYLLR DGIYRVNLPL PSGRDTKAVR IVESGTLKDF AVKPQSKRII YFNDTMQLFM STFLDGSAFH RVLPW VPLV TVKSFACENN DFLITDGKAI FQQDSLSFNE FIVGCDLSHI EEFGFGNLVI FGSSVQSYPL PGHPQEVSVL FGSREA LIQ WTPPALAIGA SPSAWQNWTY EVKVYSQDIL EITQVFSNIS GTMLNVPELQ SSTKYTVSVR ASSPKGPGPW SAPSVGT TL VPATEPPFIM AVKEDGLWSK PLCSFGPGEF LSSDVGNVSD MDWYNNSLYY SDTKGNVYVR PLNGMDISEN YHIPSIVG A GALAFEWLGH FLYWAGKTYV IQRQSVLTGH TDIVTHVKLL VNDMAVDSVG GYLYWTTLYS VESTRLNGES SLVLQAQPW LSGKKVIALT LDLSDGLLYW LVQDNQCIHL YTAVLRGWSG GDATITEFAA WSTSEISQNA LMYYSGRLFW INGFRIITAQ EIGQRTSVS VSEPAKFNQF TIIQTSLKPL PGNFSSTPKV IPDPVQESSF RIEGHTSSFQ ILWNEPPAVD WGIVFYSVEF S THSKFLII EQQSLPIFTV EGLEPYTLFN LSVTPYTYWG KGQKTSLSFR APE

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分子 #2: Protein kinase C-binding protein NELL2

分子名称: Protein kinase C-binding protein NELL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: LGVDPSLQID VLTELELGES TTGVRQVPGL HNGTKAFLFQ DTPRSIKAST ATAEQFFQKL RNKHEFTILV TLKQTHLNSG VILSIHHLD HRYLELESSG HRNEVRLHYR SGSHRPHTEV FPYILADDKW HKLSLAISAS HLILHIDCNK IYERVVEKPS T DLPLGTTF ...文字列:
LGVDPSLQID VLTELELGES TTGVRQVPGL HNGTKAFLFQ DTPRSIKAST ATAEQFFQKL RNKHEFTILV TLKQTHLNSG VILSIHHLD HRYLELESSG HRNEVRLHYR SGSHRPHTEV FPYILADDKW HKLSLAISAS HLILHIDCNK IYERVVEKPS T DLPLGTTF WLGQRNNAHG YFKGIMQDVQ LLVMPQGFIA QCPDLNRTCP TCNDFHGLVQ KIMELQDILA KTSAKLSRAE QR MNRLDQC YCERTCTMKG TTYREFESWI DGCKNCTCLN GTIQCETLIC PNPDCPLKSA LAYVDGKCCK ECKSICQFQG RTY FEGERN TVYSSSGVCV LYECKDQTMK LVESSGCPAL DCPESHQITL SHSCCKVCKG YDFCSERHNC MENSICRNLN DRAV CSCRD GFRALREDNA YCEDIDECAE GRHYCRENTM CVNTPGSFMC ICKTGYIRID DYSCTEHDEC ITNQHNCDEN ALCFN TVGG HNCVCKPGYT GNGTTCKAFC KDGCRNGGAC IAANVCACPQ GFTGPSCETD IDECSDGFVQ CDSRANCINL PGWYHC ECR DGYHDNGMFS PSGESCEDID ECGTGRHSCA NDTICFNLDG GYDCRCPHGK NCTGDCIHDG KVKHNGQIWV LENDRCS VC SCQNGFVMCR RMVCDCENPT VDLFCCPECD PRLSSQCLHQ NGETLYNSGD TWVQNCQQCR CLQGEVDCWP LPCPDVEC E FSILPENECC PRCVTDPCQA DTIRNDITKT CLDEMNVVRF TGSSWIKHGT ECTLCQCKNG HICCSVDPQC LQELGGGGS IEGRSLDHHH HHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 136864
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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