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- EMDB-74842: CryoEM structure of H5N1 A/Texas/37/2024 HA bound to Fab H70 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-74842
タイトルCryoEM structure of H5N1 A/Texas/37/2024 HA bound to Fab H70
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of Hemagglutinin from H5N1 HA A/Texas/37/2024 with H70 FAB
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: H91 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: H91 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードH5N1 / antibody / influenza / VIRAL PROTEIN / ANTIMICROBIAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Morano NC / Ho DD / Shapiro L / Kwong PD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2026
タイトル: A Panel of Human Monoclonal Antibodies for Tracking the Antigenic Evolution of Influenza H5N1 Clade 2.3.4.4b
著者: Hong H / Morano NC / Wu M / Chong S / Yu J / Huang Y / Nair MS / Li Z / Tzang CC / Becker JE / Wang C / Shapiro L / Kwong PD / Guo Y / Ho DD
履歴
登録2025年12月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年5月27日-
マップ公開2026年5月27日-
更新2026年5月27日-
現状2026年5月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_74842.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_74842.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 316.8 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 316.8 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 316.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.103
最小 - 最大-0.99322623 - 1.3100641
平均 (標準偏差)0.00046414018 (±0.029821387)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 316.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_74842_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_74842_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Hemagglutinin from H5N1 HA A/Texas/37/2024 with H70 FAB

全体名称: Complex of Hemagglutinin from H5N1 HA A/Texas/37/2024 with H70 FAB
要素
  • 複合体: Complex of Hemagglutinin from H5N1 HA A/Texas/37/2024 with H70 FAB
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: H91 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: H91 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of Hemagglutinin from H5N1 HA A/Texas/37/2024 with H70 FAB

超分子名称: Complex of Hemagglutinin from H5N1 HA A/Texas/37/2024 with H70 FAB
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 65.58575 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MENIVLLLAI VSLVKSDQIC IGYHANNSTE QVDTIMEKNV TVTHAQDILE KTHNGKLCDL NGVKPLILKD CSVAGWLLGN PMCDEFIRV PEWSYIVERA NPANDLCYPG SLNDYEELKH MLSRINHFEK IQIIPKSSWP NHETSLGVSA ACPYQGAPSF F RNVVWLIK ...文字列:
MENIVLLLAI VSLVKSDQIC IGYHANNSTE QVDTIMEKNV TVTHAQDILE KTHNGKLCDL NGVKPLILKD CSVAGWLLGN PMCDEFIRV PEWSYIVERA NPANDLCYPG SLNDYEELKH MLSRINHFEK IQIIPKSSWP NHETSLGVSA ACPYQGAPSF F RNVVWLIK KNDAYPTIKI SYNNTNREDL LILWGIHHSN NAEEQTNLYK NPITYISVGT STLNQRLAPK IATRSQVNGQ RG RMDFFWT ILKPDDAIHF ESNGNFIAPE YAYKIVKKGD STIMKSGVEY GHCNTKCQTP VGAINSSMPF HNIHPLTIGE CPK YVKSNK LVLATGLRNS PLRRRRRRGL FGAIAGFIEG GWQGMVDGWY GYHHSNEQGS GYAADKESTQ KAIDGVTNKV NSII DKMNT QFEAVGREFN NLERRIENLN KKMEDGFLDV WTYNAELLVL MENERTLDFH DSNVKNLYDK VRLQLRDNAK ELGNG CFEF YHKCDNECME SVRNGTYDYP QYSEEARLKR EGSSGSSGYI PEAPRDGQAY VRKDGEWVLL STFLGHHHHH HHHHGG SGL NDIFEAQKIE WHE

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: H91 Fab Heavy Chain

分子名称: H91 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.89862 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVRLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGGSIN SYYWTWIRQS PEKGLEWIGH IFYSGNTTYN PSLKSRVTIS LDTSKRLFFL NLRSVTAAD TAVYYCARCP MLTDSLYYYY GLDVWGQGTT VTVSS

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分子 #3: H91 Fab Light Chain

分子名称: H91 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.226809 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIVMTQSPLS LSVTPGEPAS ISCRSSQSLL HSIGYNYLDW YLQKPGQSPQ IIIYLDSTRA PGVPDRFSAS GSGTDFALKI SRVAAEDIG IYYCMQALQP PFTFGQGTRL EIK

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

9ekf

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 228102
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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