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- EMDB-74786: HIV-1 Env BG505.SOSIP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-74786
タイトルHIV-1 Env BG505.SOSIP
マップデータHIV-1 Env BG505.SOSIP
試料
  • ウイルス: HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Env BG505.SOSIP
キーワードHIV-1 / Env / membrane / fusion / VIRAL PROTEIN
生物種HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Croft JT / Lee KK
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01- AI179697 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2026
タイトル: Structure of HIV-1 Env glycoprotein on virions reveals an alternative fusion subunit organization and native membrane coupling.
著者: Jacob T Croft / Hung N Do / Daniel P Leaman / Klaus N Lovendahl / Pooja Ralli-Jain / Katelyn J Chase / Chengbo Chen / Vidya Mangala Prasad / Cynthia A Derdeyn / Michael B Zwick / S Gnanakaran / Kelly K Lee /
要旨: An effective vaccine for Human Immunodeficiency Virus type-1 (HIV-1) has yet to be developed, and detailed characterization of functional Env glycoprotein, the primary antigenic target on virions, ...An effective vaccine for Human Immunodeficiency Virus type-1 (HIV-1) has yet to be developed, and detailed characterization of functional Env glycoprotein, the primary antigenic target on virions, has remained elusive. While engineered Env trimers recapitulate many aspects of functional Env, key differences in antigenicity and dynamic behavior have been reported. Here, cryo-electron tomography and subtomogram averaging of HIV-1 virus-like particles (VLPs) revealed conformational differences in critical membrane-proximal regions compared to soluble Envs. Hydrogen/Deuterium-Exchange Mass Spectrometry and Molecular Dynamics captured dynamic profiles of membrane-bound Env and identified critical interactions with membrane. We show that disruption of the viral membrane results in relaxation of Env to a form that resembles engineered, soluble trimers. Additionally, Env from mature and immature VLPs exhibit only minor conformational differences, while surface clustering on virions changes significantly. These studies provide new insights into the essential role the membrane plays in maintaining Env in its native conformational form.
履歴
登録2025年12月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月28日-
マップ公開2026年1月28日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_74786.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_74786.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HIV-1 Env BG505.SOSIP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.72 Å/pix.
x 84 pix.
= 312.48 Å		3.72 Å/pix.
x 84 pix.
= 312.48 Å		3.72 Å/pix.
x 84 pix.
= 312.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.95
最小 - 最大-11.009980000000001 - 23.085985000000001
平均 (標準偏差)0.062368505 (±0.9626675)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-42-42-42
サイズ848484
Spacing848484
セルA=B=C: 312.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: HIV-1 Env BG505.SOSIP half map 1

ファイルemd_74786_half_map_1.map
注釈HIV-1 Env BG505.SOSIP half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: HIV-1 Env BG505.SOSIP half map 2

ファイルemd_74786_half_map_2.map
注釈HIV-1 Env BG505.SOSIP half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 06TG.HT008

全体名称: HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
要素
  • ウイルス: HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Env BG505.SOSIP

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超分子 #1: HIV-1 06TG.HT008

超分子名称: HIV-1 06TG.HT008 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 587638 / 生物種: HIV-1 06TG.HT008 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: HIV-1 Env BG505.SOSIP

分子名称: HIV-1 Env BG505.SOSIP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETEK HNVWATHACV PTDPNPQEIH LENVTEEFNM WKNNMVEQMH TDIISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLQCTNVT NNITDDMRGE LKNCSFNMTT ELRDKKQKVY ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAENLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETEK HNVWATHACV PTDPNPQEIH LENVTEEFNM WKNNMVEQMH TDIISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLQCTNVT NNITDDMRGE LKNCSFNMTT ELRDKKQKVY SLFYRLDVVQ INENQGNRSN NSNKEYRLIN CNTSAITQAC PKVSFEPIPI HYCAPAGFAI LKCKDKKFNG TGPCPSVSTV QCTHGIKPVV STQLLLNGSL AEEEVMIRSE NITNNAKNIL VQFNTPVQIN CTRPNNNTRK SIRIGPGQAF YATGDIIGDI RQAHCNVSKA TWNETLGKVV KQLRKHFGNN TIIRFANSSG GDLEVTTHSF NCGGEFFYCN TSGLFNSTWI SNTSVQGSNS TGSNDSITLP CRIKQIINMW QRIGQAMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG RRRRRRAVGI GAVFLGFLGA AGSTMGAASM TLTVQARNLL SGIVQQQSNL LRAPEAQQHL LKLTVWGIKQ LQARVLAVER YLRDQQLLGI WGCSGKLICC TNVPWNSSWS NRNLSEIWDN MTWLQWDKEI SNYTQIIYGL LEESQNQQEK NEQDLLALD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.4 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 22000

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.99.67) / 使用したサブトモグラム数: 28262
抽出トモグラム数: 69 / 使用した粒子像数: 50329 / ソフトウェア - 名称: EMAN2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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