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- EMDB-7446: Structure of the DASH/Dam1 complex shows its role at the yeast ki... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7446
タイトルStructure of the DASH/Dam1 complex shows its role at the yeast kinetochore-microtubule interface (symmetric reconstruction)
マップデータDASH/Dam1c symmetric reconstruction
試料
  • 複合体: DASH/Dam1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Ask1
    • タンパク質・ペプチド: Dad1
    • タンパク質・ペプチド: Dad2
    • タンパク質・ペプチド: Dad3
    • タンパク質・ペプチド: Dad4
    • タンパク質・ペプチド: Dam1
    • タンパク質・ペプチド: Duo1
    • タンパク質・ペプチド: Hsk3
    • タンパク質・ペプチド: Spc19
    • タンパク質・ペプチド: Spc34
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Jenni S / Harrison SC
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structure of the DASH/Dam1 complex shows its role at the yeast kinetochore-microtubule interface.
著者: Simon Jenni / Stephen C Harrison /
要旨: Kinetochores connect mitotic-spindle microtubules with chromosomes, allowing microtubule depolymerization to pull chromosomes apart during anaphase while resisting detachment as the microtubule ...Kinetochores connect mitotic-spindle microtubules with chromosomes, allowing microtubule depolymerization to pull chromosomes apart during anaphase while resisting detachment as the microtubule shortens. The heterodecameric DASH/Dam1 complex (DASH/Dam1c), an essential component of yeast kinetochores, assembles into a microtubule-encircling ring. The ring associates with rodlike Ndc80 complexes to organize the kinetochore-microtubule interface. We report the cryo-electron microscopy structure (at ~4.5-angstrom resolution) of a DASH/Dam1c ring and a molecular model of its ordered components, validated by evolutionary direct-coupling analysis. Integrating this structure with that of the Ndc80 complex and with published interaction data yields a molecular picture of kinetochore-microtubule attachment, including how flexible, C-terminal extensions of DASH/Dam1c subunits project and contact widely separated sites on the Ndc80 complex rod and how phosphorylation at previously identified sites might regulate kinetochore assembly.
履歴
登録2018年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年3月21日-
マップ公開2018年5月23日-
更新2019年11月27日-
現状2019年11月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6cfz
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7446.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7446.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DASH/Dam1c symmetric reconstruction
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.64 Å/pix.
x 512 pix.
= 839.68 Å		1.64 Å/pix.
x 512 pix.
= 839.68 Å		1.64 Å/pix.
x 512 pix.
= 839.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.64 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.017 / ムービー #1: 0.017
最小 - 最大-0.05638907 - 0.14141443
平均 (標準偏差)0.0002588731 (±0.003867113)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 839.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.641.641.64
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z839.680839.680839.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0560.1410.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_7446_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map 1 (not masked, not filtered)

ファイルemd_7446_half_map_1.map
注釈Half-map 1 (not masked, not filtered)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map 2 (not masked, not filtered)

ファイルemd_7446_half_map_2.map
注釈Half-map 2 (not masked, not filtered)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DASH/Dam1 complex

全体名称: DASH/Dam1 complex
要素
  • 複合体: DASH/Dam1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Ask1
    • タンパク質・ペプチド: Dad1
    • タンパク質・ペプチド: Dad2
    • タンパク質・ペプチド: Dad3
    • タンパク質・ペプチド: Dad4
    • タンパク質・ペプチド: Dam1
    • タンパク質・ペプチド: Duo1
    • タンパク質・ペプチド: Hsk3
    • タンパク質・ペプチド: Spc19
    • タンパク質・ペプチド: Spc34

+
超分子 #1: DASH/Dam1 complex

超分子名称: DASH/Dam1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 115 KDa

+
分子 #1: Ask1

分子名称: Ask1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: DASH/Dam1 complex subunit Ask1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MTLTEELEKL EQQITLTLQE IDSNFAKAHR IVTTSILPLV EQYGEHSRAV WEATKFWKQF F EASANVSL SGYEELVD

+
分子 #2: Dad1

分子名称: Dad1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: DASH/Dam1 complex subunit Dad1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSYFEQQRQA LIEEIAMNFE HVLANINKLN RSLEAVIAVG NEFSSVEALW SQFENVMSWS H PQFEKGAM TGWSHPQFEK RSAGSWSHPQ FEK

+
分子 #3: Dad2

分子名称: Dad2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: DASH/Dam1 complex subunit Dad2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSPALLARVN EKKAELENLK ELRDLSAAVA AQMEALEQKL STLSSGTEAI ATVLANWHNV L RAISMASA KIPEPKEETE ENTVPLPQTL VRIPT

+
分子 #4: Dad3

分子名称: Dad3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: DASH/Dam1 complex subunit Dad3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLSPLEQEVL DEYERLSENM KKLAVLLDEL ASAPATEILD GLRELERKTS LVFTLLKASV Y SIVLQQ

+
分子 #5: Dad4

分子名称: Dad4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 詳細: DASH/Dam1 complex subunit Dad4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MESPHEHQQN LLLSRIITNV EKLNEAIMVM NKTLQEINIQ NMNIELVAQM FKNYQSNVLF H LEATDNLK DPA

+
分子 #6: Dam1

分子名称: Dam1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: DASH/Dam1 complex subunit Dam1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MNAFEPAFAE LADAVADLEA NMMHFQLMHE SLARFSESFA SFLYGLNMNA FCVDFP

+
分子 #7: Duo1

分子名称: Duo1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: DASH/Dam1 complex subunit Duo1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MEAREAALRK ELEGVRKINE VIEGMIGTLE RAKGNMGTVS QTVTNATTLL NTWTRMLSQT E HNQRLILN PEWKGATQDL LELEAEERRR QEEVERRAAE AERRREEARR KA

+
分子 #8: Hsk3

分子名称: Hsk3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: DASH/Dam1 complex subunit Hsk3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAVKARQLAH LHSQLTQLSH NLATTENLMR MTAVQAEAMR GLGSWHAGLF MAASKVLGEE S

+
分子 #9: Spc19

分子名称: Spc19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: DASH/Dam1 complex subunit Spc19 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSYADCVCSL RTSLAFLESS VATLDNGVQD FPRLCHVLRT VRHYELIPQT TLAAAEASLR D EIGPFIQL LLDRAEKHLD RQARRIETLK ARAELNAGRL SQYSGDGHNN GKFSGQGMDF RK SRPLNGE AALRAKVVRQ RKEALKYSVE RLE

+
分子 #10: Spc34

分子名称: Spc34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 詳細: DASH/Dam1 complex subunit Spc34 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSLLSAHLEQ ISISCQGIDS LPFPPPKIFT NALLSNPDIT SLIRDTEAHE RALFSVPPPP P RQTTLTAE QQQQQKPSNR RQTVFNVTGG EIRTGGVGSA STARRNTAVA AVLGGDLHAQ IM RGTRARP GQQPGSGDID MEVLLRGVEK LCAVYPLPGA LERVPVIRQK ...文字列:
MSLLSAHLEQ ISISCQGIDS LPFPPPKIFT NALLSNPDIT SLIRDTEAHE RALFSVPPPP P RQTTLTAE QQQQQKPSNR RQTVFNVTGG EIRTGGVGSA STARRNTAVA AVLGGDLHAQ IM RGTRARP GQQPGSGDID MEVLLRGVEK LCAVYPLPGA LERVPVIRQK WQAQSNTLAY YEA KIAEQQ EMLDRIAQER MMNDGDGDVE MEDVEEVGMT EEDLRREEEE VRELDKRKRD LQHH HHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度2.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 89 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2723 / 平均電子線量: 1.115 e/Å2
詳細: Movies collected: 50 frames with 1.115 e/A2/per frame
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 30488 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 34997
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Hollow cylinder with random noise
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D17 (2回x17回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 9.11) / 使用した粒子像数: 34997
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア: (名称: SPARX, EMAN2)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 9.11)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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