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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-73867
タイトルConstituent EM map: local refinement of putative MUC2 binding domain of rEatAp and Fv domain of Fab G12
マップデータlocal refinement 1; sharpened map (resampled onto consensus map)
試料
  • 複合体: Binary complex of the recombinant EatA passenger domain with Fab G12
    • 複合体: Enterotoxigenic Escherichia coli autotransporter A (EatA) passenger domain
    • 複合体: Fragment antigen binding domain of monoclonal antibody G12
キーワードPROTEASE / BETA-HELIX / SECRETED / MONOCLONAL ANTIBODY / HYDROLASE / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Buckley DP / Berndsen ZT
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089894 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI126887 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32AI007172 米国
Department of Veterans Affairs (VA, United States)5I01BX001469-05 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human infection with enterotoxigenic E. coli elicits antibodies that broadly neutralize mucin-degrading proteases of pathogenic E. coli and Shigella
著者: Buckley DP / Akhtar M / Thapa M / Schmitz A / Turner J / Vickers TJ / Khatoon N / Kaisar H / Coggin JA / Ganguli D / Sheikh A / Laird RM / Poly F / Porter CK / Baboo S / Ruiz-Perez F / Nataro ...著者: Buckley DP / Akhtar M / Thapa M / Schmitz A / Turner J / Vickers TJ / Khatoon N / Kaisar H / Coggin JA / Ganguli D / Sheikh A / Laird RM / Poly F / Porter CK / Baboo S / Ruiz-Perez F / Nataro JP / Miller MJ / Bhuiyan TR / Qadri F / Trillo-Muyo S / Dolan B / van der Post S / Ellebedy A / Berndsen ZT / Fleckenstein JM
履歴
登録2025年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年6月10日-
マップ公開2026年6月10日-
更新2026年6月10日-
現状2026年6月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_73867.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_73867.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 172.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈local refinement 1; sharpened map (resampled onto consensus map)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 356 pix.
= 306.16 Å		0.86 Å/pix.
x 356 pix.
= 306.16 Å		0.86 Å/pix.
x 356 pix.
= 306.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.225
最小 - 最大-1.1836587 - 1.9957097
平均 (標準偏差)-0.00008048816 (±0.013400617)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ356356356
Spacing356356356
セルA=B=C: 306.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: local refinement 1; half map A (resampled onto consensus map)

ファイルemd_73867_half_map_1.map
注釈local refinement 1; half map A (resampled onto consensus map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: local refinement 1; half map B (resampled onto consensus map)

ファイルemd_73867_half_map_2.map
注釈local refinement 1; half map B (resampled onto consensus map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of the recombinant EatA passenger domain with Fab G12

全体名称: Binary complex of the recombinant EatA passenger domain with Fab G12
要素
  • 複合体: Binary complex of the recombinant EatA passenger domain with Fab G12
    • 複合体: Enterotoxigenic Escherichia coli autotransporter A (EatA) passenger domain
    • 複合体: Fragment antigen binding domain of monoclonal antibody G12

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超分子 #1: Binary complex of the recombinant EatA passenger domain with Fab G12

超分子名称: Binary complex of the recombinant EatA passenger domain with Fab G12
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: H10407
分子量理論値: 23 KDa

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超分子 #2: Enterotoxigenic Escherichia coli autotransporter A (EatA) passeng...

超分子名称: Enterotoxigenic Escherichia coli autotransporter A (EatA) passenger domain
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: Mature, secreted EatA passenger domain (cleaved N-terminal signal peptide and C-terminal beta-barrel regions) from recombinant expression of full-length EatA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: H10407

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超分子 #3: Fragment antigen binding domain of monoclonal antibody G12

超分子名称: Fragment antigen binding domain of monoclonal antibody G12
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
詳細: Fab fragment generated from papain-digested monoclonal G12 IgG
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 1.0 X / 構成要素 - 式: TBS / 構成要素 - 名称: Tris-Buffered Saline
詳細: 10X TBS: 250mM Tris, 27mM potassium chloride, 1.37M sodium chloride, pH 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Added 1X Lauryl Maltose Neopentyl Glycol (LMNG) detergent to sample prior to vitrification..
詳細This sample displayed heterogeneity in the ice, resulting in preferred orientation in the final map.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 87.15 K / 最高: 87.15 K
ソフトウェア名称: SerialEM (ver. 4)
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6382 / 平均露光時間: 2.1 sec. / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
詳細: Movies collected during first session: 1972 Movies collected during second session: 4410
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1244157
詳細: Initial particle set was obtained by CryoSegNet AI picking, followed by cryoSPARC 2D classification to redo particle picking with 2D templates
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AB-INITIO
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1) / 使用した粒子像数: 73337
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX (ver. 1.8)
詳細Rigid body fitting of AlphaFold-derived models was done in ChimeraX, followed by multiple rounds of local fitting in Coot and Phenix real-space refinement
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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