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万見
- EMDB-73643: The Kaggle CryoET Object Identification Challenge: first place th... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-73643
タイトルThe Kaggle CryoET Object Identification Challenge: first place thyroglobulin
マップデータmain map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: HEK293T cell lysate mixed with purified proteins on functionalized EM grids
キーワードthyroglobulin / HORMONE
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å
データ登録者Peck A / Hutchings J / Schwartz J / Paraan M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Chan Zuckerberg InitiativeCZII2023327779 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2025
タイトル: A realistic phantom dataset for benchmarking cryo-ET data annotation.
著者: Ariana Peck / Yue Yu / Jonathan Schwartz / Anchi Cheng / Utz Heinrich Ermel / Joshua Hutchings / Saugat Kandel / Dari Kimanius / Elizabeth A Montabana / Daniel Serwas / Hannah Siems / Feng ...著者: Ariana Peck / Yue Yu / Jonathan Schwartz / Anchi Cheng / Utz Heinrich Ermel / Joshua Hutchings / Saugat Kandel / Dari Kimanius / Elizabeth A Montabana / Daniel Serwas / Hannah Siems / Feng Wang / Zhuowen Zhao / Shawn Zheng / Matthias Haury / David A Agard / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Kyle Harrington / Mohammadreza Paraan /
要旨: Cryo-electron tomography (cryo-ET) is a powerful technique for imaging molecular complexes in their native cellular environments. However, identifying the vast majority of molecular species in ...Cryo-electron tomography (cryo-ET) is a powerful technique for imaging molecular complexes in their native cellular environments. However, identifying the vast majority of molecular species in cellular tomograms remains prohibitively difficult. Machine learning (ML) methods provide an opportunity to automate the annotation process, but algorithm development has been hindered by the lack of large, standardized datasets. Here we present an experimental phantom dataset with comprehensive ground-truth annotations for six molecular species to spur new algorithm development and benchmark existing tools. This annotated dataset is available on the CryoET Data Portal with infrastructure to streamline access for methods developers across fields.
履歴
登録2025年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_73643.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_73643.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.02 Å/pix.
x 100 pix.
= 302. Å		3.02 Å/pix.
x 100 pix.
= 302. Å		3.02 Å/pix.
x 100 pix.
= 302. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.02 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0061
最小 - 最大-0.0015673974 - 0.014620825
平均 (標準偏差)0.00034105402 (±0.0015330833)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 302.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_73643_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map from refinement

ファイルemd_73643_half_map_1.map
注釈half-map from refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map from refinement

ファイルemd_73643_half_map_2.map
注釈half-map from refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HEK293T cell lysate mixed with purified proteins on functionalize...

全体名称: HEK293T cell lysate mixed with purified proteins on functionalized EM grids
要素
  • 細胞器官・細胞要素: HEK293T cell lysate mixed with purified proteins on functionalized EM grids

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超分子 #1: HEK293T cell lysate mixed with purified proteins on functionalize...

超分子名称: HEK293T cell lysate mixed with purified proteins on functionalized EM grids
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293T

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
詳細: Initial low-resolution alignment against the same model. All subsequent high-resolution refinements are independent.
使用したサブトモグラム数: 26468
抽出トモグラム数: 485 / 使用した粒子像数: 26468 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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