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基本情報
| 登録情報 | ![]() | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | GTPBP1*GCP*Phe-tRNA*ribosome in the open state, Structure IIb | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | GTPBP1 / tRNA / GCP / complex / RIBOSOME | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報alpha-aminoacyl-tRNA binding / RNA surveillance / cytoplasmic exosome (RNase complex) / positive regulation of mRNA catabolic process / GTP metabolic process / protein-synthesizing GTPase / laminin receptor activity / translational elongation / 90S preribosome / ubiquitin ligase inhibitor activity ...alpha-aminoacyl-tRNA binding / RNA surveillance / cytoplasmic exosome (RNase complex) / positive regulation of mRNA catabolic process / GTP metabolic process / protein-synthesizing GTPase / laminin receptor activity / translational elongation / 90S preribosome / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / translation elongation factor activity / phagocytic cup / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / rough endoplasmic reticulum / ribosomal small subunit export from nucleus / laminin binding / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / spindle / rRNA processing / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / rhythmic process / regulation of translation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heparin binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / virus receptor activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / killing of cells of another organism / cytosolic large ribosomal subunit / defense response to Gram-negative bacterium / perikaryon / cytoplasmic translation / cell differentiation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / postsynaptic density / rRNA binding / immune response / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / DNA repair / mRNA binding / GTPase activity / apoptotic process / centrosome / synapse / dendrite / GTP binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | ![]() ![]() Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Susorov D / Korostelev AA | |||||||||
| 資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025タイトル: Structural mechanism of mRNA decoding by mammalian GTPase GTPBP1. 著者: Denis Susorov / Anna Miścicka / Dmitrij Golovenko / Anna B Loveland / Alexandra Zinoviev / Tatyana V Pestova / Andrei A Korostelev / ![]() 要旨: GTP-binding protein 1 (GTPBP1) is a widespread translational GTPase closely related to elongation factor eEF1A. The loss of GTPBP1 leads to neurodevelopmental and neurodegenerative disorders in ...GTP-binding protein 1 (GTPBP1) is a widespread translational GTPase closely related to elongation factor eEF1A. The loss of GTPBP1 leads to neurodevelopmental and neurodegenerative disorders in animals. Although linked to translation and quality control mechanisms, GTPBP1 molecular functions remain largely obscure. Similarly to eEF1A, GTPBP1 delivers aminoacyl-tRNA to the ribosome, but the ensuing GTPBP1-mediated elongation is slow. Here, using cryo-EM of mammalian 80S ribosomal complexes bound to GTPBP1 and aa-tRNA with GTP or the non-hydrolysable analog GDPCP, we show that the distinct GTPBP1 architecture and interactions with tRNA underlie slow GTPBP1 dissociation after GTP hydrolysis, resulting in delayed tRNA accommodation. Slow dissociation correlates with an extended proofreading stage and higher accuracy of GTPBP1-mediated decoding, potentially allowing GTPBP1 to elicit its putative quality control functions. GTPBP1 visualization provides the foundation for mapping and elucidating GTPBP1 mutations associated with human diseases. | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_73307.map.gz | 193.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-73307-v30.xml emd-73307.xml | 108.6 KB 108.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| FSC (解像度算出) | emd_73307_fsc.xml | 14.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
| 画像 | emd_73307.png | 146.3 KB | ||
| Filedesc metadata | emd-73307.cif.gz | 21.3 KB | ||
| その他 | emd_73307_half_map_1.map.gz emd_73307_half_map_2.map.gz | 194.2 MB 194.2 MB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-73307 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-73307 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 9ypsMC ![]() 9ypgC ![]() 9ypoC ![]() 9yptC ![]() 9ypvC ![]() 9ypwC ![]() 9ypyC ![]() 9ypzC ![]() 9yq0C ![]() 9yq1C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
|---|---|
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リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_73307.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.162 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
| ファイル | emd_73307_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
| ファイル | emd_73307_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : GTPBP1*GCP*Phe-tRNA complex with 80S ribosome
+超分子 #1: GTPBP1*GCP*Phe-tRNA complex with 80S ribosome
+分子 #1: 28S ribosomal RNA
+分子 #2: 5S ribosomal RNA
+分子 #3: 5.8S ribosomal RNA
+分子 #4: 18S ribosomal RNA
+分子 #79: MF mRNA
+分子 #80: Phe-tRNA
+分子 #81: Met-tRNA
+分子 #5: Ribosomal protein L8
+分子 #6: Ribosomal protein L3
+分子 #7: 60S ribosomal protein L4
+分子 #8: Large ribosomal subunit protein uL18
+分子 #9: 60S ribosomal protein L6
+分子 #10: 60S ribosomal protein L7a
+分子 #11: 60S ribosomal protein L9
+分子 #12: 60S ribosomal protein L10
+分子 #13: Ribosomal protein L11
+分子 #14: 60S ribosomal protein L7
+分子 #15: 60S ribosomal protein L13
+分子 #16: 60S ribosomal protein L14
+分子 #17: Ribosomal protein L15
+分子 #18: Large ribosomal subunit protein uL13
+分子 #19: Large ribosomal subunit protein uL22
+分子 #20: Ribosomal protein L18
+分子 #21: Ribosomal protein L19
+分子 #22: 60S ribosomal protein L18a
+分子 #23: eL21
+分子 #24: eL22
+分子 #25: Ribosomal protein L23
+分子 #26: eL24
+分子 #27: eL23
+分子 #28: uL24
+分子 #29: 60S ribosomal protein L27
+分子 #30: 60S ribosomal protein L27a
+分子 #31: Large ribosomal subunit protein eL29
+分子 #32: eL30
+分子 #33: eL31
+分子 #34: Ribosomal protein L32
+分子 #35: eL33
+分子 #36: Large ribosomal subunit protein eL34
+分子 #37: eL35
+分子 #38: 60S ribosomal protein L36
+分子 #39: eL38
+分子 #40: eL39
+分子 #41: Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein
+分子 #42: eL41
+分子 #43: Large ribosomal subunit protein eL42
+分子 #44: eL43
+分子 #45: eL28
+分子 #46: uS2 (SA)
+分子 #47: 40S ribosomal protein S3a
+分子 #48: Small ribosomal subunit protein uS5
+分子 #49: Ribosomal protein S3
+分子 #50: eS4 (S4 X isoform)
+分子 #51: Ribosomal protein S5
+分子 #52: 40S ribosomal protein S6
+分子 #53: 40S ribosomal protein S7
+分子 #54: 40S ribosomal protein S8
+分子 #55: Ribosomal protein S9 (Predicted)
+分子 #56: Small ribosomal subunit protein eS10
+分子 #57: Ribosomal protein S11
+分子 #58: 40S ribosomal protein S12
+分子 #59: Ribosomal protein S13
+分子 #60: Small ribosomal subunit protein uS11
+分子 #61: uS19
+分子 #62: uS9
+分子 #63: eS17
+分子 #64: uS13
+分子 #65: eS19
+分子 #66: uS10
+分子 #67: eS21
+分子 #68: Ribosomal protein S15a
+分子 #69: uS12
+分子 #70: 40S ribosomal protein S24
+分子 #71: eS25
+分子 #72: 40S ribosomal protein S26
+分子 #73: 40S ribosomal protein S27
+分子 #74: Ribosomal protein S28
+分子 #75: eS29
+分子 #76: 40S ribosomal protein S30
+分子 #77: Ribosomal protein S27a
+分子 #78: RACK1
+分子 #82: Ribosomal protein L37
+分子 #83: GTP-binding protein 1
+分子 #84: SPERMIDINE
+分子 #85: ZINC ION
+分子 #86: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #87: PHENYLALANINE
+分子 #88: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #89: METHIONINE
+分子 #90: POTASSIUM ION
+分子 #91: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
+分子 #92: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
| 緩衝液 | pH: 7.5 |
|---|---|
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | TFS KRIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 29.7955 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
ムービー
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キーワード

Homo sapiens (ヒト)
データ登録者
米国, 2件
引用





























Z (Sec.)
Y (Row.)
X (Col.)











































解析
FIELD EMISSION GUN



