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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-73163
タイトルConstituent EM map: Focused refinement on Ry34 of mouse RyR1 (Ca2+/CFF/ATP dataset; open pore)
マップデータConstituent EM map: Focused refinement on Ry34 of mouse RyR1 (Ca/CFF/ATP dataset; open pore)
試料
  • 複合体: Complex of RyR1 with Calstabin-1 (Ca2+/CFF/ATP condition)
キーワードCalcium / Ion Channel / Membrane Protein
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Weninger G / Marks AR
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL145473 米国
引用ジャーナル: J Clin Invest / 年: 2025
タイトル: Structural basis for simvastatin-induced skeletal muscle weakness associated with type 1 ryanodine receptor T4709M mutation.
著者: Gunnar Weninger / Haikel Dridi / Steven Reiken / Qi Yuan / Nan Zhao / Linda Groom / Jennifer Leigh / Yang Liu / Carl Tchagou / Jiayi Kang / Alexander Chang / Estefania Luna-Figueroa / Marco C ...著者: Gunnar Weninger / Haikel Dridi / Steven Reiken / Qi Yuan / Nan Zhao / Linda Groom / Jennifer Leigh / Yang Liu / Carl Tchagou / Jiayi Kang / Alexander Chang / Estefania Luna-Figueroa / Marco C Miotto / Anetta Wronska / Robert T Dirksen / Andrew R Marks /
要旨: Statins lower cholesterol, reducing the risk of heart disease, and are among the most frequently prescribed drugs. Approximately 10% of individuals develop statin-associated muscle symptoms (SAMS; ...Statins lower cholesterol, reducing the risk of heart disease, and are among the most frequently prescribed drugs. Approximately 10% of individuals develop statin-associated muscle symptoms (SAMS; myalgias, rhabdomyolysis, and muscle weakness), often rendering them statin intolerant. The mechanism underlying SAMS remains poorly understood. Patients with mutations in the skeletal muscle ryanodine receptor 1 (RyR1)/calcium release channel can be particularly intolerant of statins. High-resolution structures revealed simvastatin binding sites in the pore region of RyR1. Simvastatin stabilized the open conformation of the pore and activated the RyR1 channel. In a mouse expressing a mutant RyR1-T4709M found in a patient with profound statin intolerance, simvastatin caused muscle weakness associated with leaky RyR1 channels. Cotreatment with a Rycal drug that stabilizes the channel closed state prevented simvastatin-induced muscle weakness. Thus, statin binding to RyR1 can cause SAMS, and patients with RyR1 mutations may represent a high-risk group for statin intolerance.
履歴
登録2025年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月31日-
マップ公開2025年12月31日-
更新2025年12月31日-
現状2025年12月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_73163.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_73163.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Constituent EM map: Focused refinement on Ry34 of mouse RyR1 (Ca/CFF/ATP dataset; open pore)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.18390383 - 0.40818697
平均 (標準偏差)0.0017972335 (±0.013001148)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 424.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_73163_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_73163_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of RyR1 with Calstabin-1 (Ca2+/CFF/ATP condition)

全体名称: Complex of RyR1 with Calstabin-1 (Ca2+/CFF/ATP condition)
要素
  • 複合体: Complex of RyR1 with Calstabin-1 (Ca2+/CFF/ATP condition)

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超分子 #1: Complex of RyR1 with Calstabin-1 (Ca2+/CFF/ATP condition)

超分子名称: Complex of RyR1 with Calstabin-1 (Ca2+/CFF/ATP condition)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: 0.03 mM free Ca2+; 5 mM Caffeine; 10 mM ATP
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
10.0 mmol/LHEPES
400.0 mmol/Lsodium chlorideNaCl
1.0 mmol/LEGTA
0.25 %CHAPS
0.01 %DOPC
0.5 mmol/LTCEP
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4695 / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: CryoSPARC ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 106352
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: CryoSPARC branch-and-bound
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: CryoSPARC branch-and-bound
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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