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万見
- EMDB-73128: De novo initial transcribing RNA polymerase on T7A1 promoter (emp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-73128
タイトルDe novo initial transcribing RNA polymerase on T7A1 promoter (empty channel)
マップデータUnsharpened map
試料
  • 複合体: Bacterial RNA polymerase open complex on T7A1 promoter with NTP substrates
キーワードRNA polymerase / initial transcribing complex / nucleotide addition / translocation / TRANSCRIPTION
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mueller AU / Darst SA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118130 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2026
タイトル: Structural basis for multi-subunit DNA-dependent RNA polymerase catalytic activity.
著者: Andreas U Mueller / Seth A Darst /
要旨: Multi-subunit DNA-dependent RNA polymerase (RNAP) is the central enzyme of transcription, yet its catalytic mechanism remains obscure because high-resolution structures of intermediates with native ...Multi-subunit DNA-dependent RNA polymerase (RNAP) is the central enzyme of transcription, yet its catalytic mechanism remains obscure because high-resolution structures of intermediates with native substrates are not available. We visualized E. coli RNAP on a promoter DNA template with nucleoside triphosphate substrates engaged in active RNA synthesis by cryo-electron microscopy. From this heterogeneous mixture, we determined five high-resolution structures of initial transcribing complexes, including a true Michaelis complex (MC) and a post-catalytic product complex (PC). The MC reveals key conformational transitions during catalysis. Waters in the MC and PC structures show striking overlap with those in corresponding S. cerevisiae RNA polymerase II (RNAPII) structures (see related paper by Li et al.), pointing to functional importance. Together, these results establish that RNAP catalyzes nucleotidyl transfer through a positional (entropic) mechanism, revealing structural determinants of the first step of gene expression.
履歴
登録2025年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月29日-
マップ公開2026年4月29日-
更新2026年6月3日-
現状2026年6月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_73128.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_73128.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.29071605 - 0.70464534
平均 (標準偏差)0.00027198644 (±0.018882683)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 344.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Sharpened map (b-factor -90.4)

ファイルemd_73128_additional_1.map
注釈Sharpened map (b-factor -90.4)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Locally filtered map

ファイルemd_73128_additional_2.map
注釈Locally filtered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local resolution map

ファイルemd_73128_additional_3.map
注釈Local resolution map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_73128_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_73128_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bacterial RNA polymerase open complex on T7A1 promoter with NTP s...

全体名称: Bacterial RNA polymerase open complex on T7A1 promoter with NTP substrates
要素
  • 複合体: Bacterial RNA polymerase open complex on T7A1 promoter with NTP substrates

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超分子 #1: Bacterial RNA polymerase open complex on T7A1 promoter with NTP s...

超分子名称: Bacterial RNA polymerase open complex on T7A1 promoter with NTP substrates
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
詳細: Bacterial RNA polymerase open complexes on the T7A1 promoter were prepared in vitro. Addition of ATP, UTP, and CTP started the reaction. Sample was vitrified to halt reaction.
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
40.0 mMC4H11NO3Tris
120.0 NaClNaClsodium chloride
10.0 mMMgCl2magnesium chloride
1.0 mMC4H10O2S2dithiothreitol
1.5 mMC13H17F13NO4Pfluorinated fos-choline-8
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 30.0 kPa / 詳細: 25mA; Pelco easiGlow
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.343 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7mkj

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 813176
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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