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万見
- EMDB-72999: Sf11 bacteriophage portal -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72999
タイトルSf11 bacteriophage portal
マップデータ
試料
  • ウイルス: Shigella phage Sf11 SMD-2017 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Sf11 portal
キーワードSf11 / bacteriophage / VIRUS
機能・相同性Protein of unknown function DUF1073 / Phage portal protein / Anti-CBASS protein Acb1-like N-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Shigella phage Sf11 SMD-2017 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Subramanian S / Parent KN
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116789 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM140803 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1750125 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Shigella bacteriophage Sf11
著者: Subramanian S / Dover JA / Parent KN
履歴
登録2025年10月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72999.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72999.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 333.6 Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 333.6 Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 333.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.164
最小 - 最大-0.33943817 - 0.6919052
平均 (標準偏差)0.0058434284 (±0.038672023)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 333.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_72999_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_72999_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_72999_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Shigella phage Sf11 SMD-2017

全体名称: Shigella phage Sf11 SMD-2017 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Shigella phage Sf11 SMD-2017 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Sf11 portal

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超分子 #1: Shigella phage Sf11 SMD-2017

超分子名称: Shigella phage Sf11 SMD-2017 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2282196 / 生物種: Shigella phage Sf11 SMD-2017 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Shigella flexneri Y (フレクスナー赤痢菌)

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分子 #1: Sf11 portal

分子名称: Sf11 portal / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shigella phage Sf11 SMD-2017 (ファージ)
分子量理論値: 52.372395 KDa
組換発現生物種: Shigella flexneri Y (フレクスナー赤痢菌)
配列文字列: MSKIDALNAY IRDRVANNNR AIQQQRLCAG GKNLDQKHDR LWTECGYKQE INAEDFRFAY ERYPLANAAV NIVLNKSWHG MPTVLENDA DDEATSPWEK SVNDILKKAL PFIRDADKRN LINRYSALIL QIRDGKQWSE PVDITKTRRI KDKSIVRFIP V WEEQLRVS ...文字列:
MSKIDALNAY IRDRVANNNR AIQQQRLCAG GKNLDQKHDR LWTECGYKQE INAEDFRFAY ERYPLANAAV NIVLNKSWHG MPTVLENDA DDEATSPWEK SVNDILKKAL PFIRDADKRN LINRYSALIL QIRDGKQWSE PVDITKTRRI KDKSIVRFIP V WEEQLRVS AWNNDETSED YGMPEMYEYQ ESAVEDFDSD GKPERSVQIH PDRIIILAEG SFDGSMFSGV PLLRAGFNSL ID CAKVSGS SAEGLLKNSS RQLNVSFNKD NVSAQSLAQQ MQVPVDELAD LLNENIEMLN SGIDAAMFSF GSDVSVLSTS MSD PEPFMY VAASQFAASV NIPLNSLLGS RSGVLASAND EQSLAMMAMQ RRDGWLDYLV GSFVERLITF GIVDKAPAAG YYCK WNDLL EPTQNDKAEL IVKLAQAAQS AANAGVGQIL TDDEIRGFLG LEPIEMPDGY MEDTPPEGED EDTPV

UniProtKB: Anti-CBASS protein Acb1-like N-terminal domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
10.0 mMtris(hydroxymethyl)aminomethane
10.0 mMmagnesium chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.45 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 20482
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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