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万見
- EMDB-72781: HSV Helicase-primase complex bound to IM-250 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72781
タイトルHSV Helicase-primase complex bound to IM-250
マップデータ
試料
  • 複合体: HSV Helicase-primase complex with IM-250
    • DNA: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
    • タンパク質・ペプチド: UL52
    • タンパク質・ペプチド: UL5
    • タンパク質・ペプチド: UL8
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: N-{5-[(R)-amino(hydroxy)(methyl)-lambda~4~-sulfanyl]-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl}-2-(2',5'-difluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)-N-methylacetamide
キーワードHSV / helicase-primase complex / replication / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / helicase activity / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA replication / hydrolase activity / host cell nucleus / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA replication helicase domain / DNA helicase/primase complex-associated protein / DNA replication helicase, Herpesvirus / Herpesvirus DNA helicase/primase complex associated protein / Helicase / DNA primase / Herpesviridae UL52/UL70 DNA primase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Helicase-primase helicase subunit / Helicase-primase primase subunit / DNA helicase/primase complex-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human alphaherpesvirus 1 strain R-15 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yu Z / Abarham J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for herpes simplex virus replication fork assembly and drug targeting
著者: Yu Z / Abraham J
履歴
登録2025年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月31日-
マップ公開2025年12月31日-
更新2025年12月31日-
現状2025年12月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72781.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72781.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 400 pix.
= 292. Å		0.73 Å/pix.
x 400 pix.
= 292. Å		0.73 Å/pix.
x 400 pix.
= 292. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.0017814459 - 1.8025856
平均 (標準偏差)0.0011401643 (±0.022865046)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 292.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HSV Helicase-primase complex with IM-250

全体名称: HSV Helicase-primase complex with IM-250
要素
  • 複合体: HSV Helicase-primase complex with IM-250
    • DNA: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
    • タンパク質・ペプチド: UL52
    • タンパク質・ペプチド: UL5
    • タンパク質・ペプチド: UL8
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: N-{5-[(R)-amino(hydroxy)(methyl)-lambda~4~-sulfanyl]-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl}-2-(2',5'-difluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)-N-methylacetamide

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超分子 #1: HSV Helicase-primase complex with IM-250

超分子名称: HSV Helicase-primase complex with IM-250 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain R-15 (ヘルペスウイルス)

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分子 #1: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')

分子名称: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3') / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain R-15 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 1.780199 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)

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分子 #2: UL52

分子名称: UL52 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain R-15 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 114.558562 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGQEDGNRGE RRAAGTPVEV TALYATDGCV ITSSIALLTN SLLGAEPVYI FSYDAYTHDG RADGPTEQDR FEESRALYQA SGGLNGDSF RVTFCLLGTE VGGTHQARGR TRPMFVCRFE RADDVAALQD ALAHGTPLQP DHIAATLDAE ATFALHANMI L ALTVAINN ...文字列:
MGQEDGNRGE RRAAGTPVEV TALYATDGCV ITSSIALLTN SLLGAEPVYI FSYDAYTHDG RADGPTEQDR FEESRALYQA SGGLNGDSF RVTFCLLGTE VGGTHQARGR TRPMFVCRFE RADDVAALQD ALAHGTPLQP DHIAATLDAE ATFALHANMI L ALTVAINN ASPRTGRDAA AAQYDQGASL RSLVGRTSLG QRGLTTLYVH HEVRVLAAYR RAYYGSAQSP FWFLSKFGPD EK SLVLTTR YYLLQAQRLG GAGATYDLQA IKDICATYAI PHAPRPDTVS AASLTSFAAI TRFCCTSQYA RGAAAAGFPL YVE RRIAAD VRETSALEKF ITHDRSCLRV SDREFITYIY LAHFECFSPP RLATHLRAVT THDPNPAAST EQPSPLGREA VEQF FCHVR AQLNIGEYVK HNVTPRETVL DGDTAKAYLR ARTYAPGALT PAPAYCGAVD SATKMMGRLA DAEKLLVPRG WPAFA PASP GEDTAGGTPP PQTCGIVKRL LRLAATEQQG PTPPAIAALI RNAAVQTPLP VYRISMVPTG QAFAALAWDD WARITR DAR LAEAVVSAEA AAHPDHGALG RRLTDRIRAQ GPVMPPGGLD AGGQMYVNRN EIFNGALAIT NIILDLDIAL KEPVPFR RL HEALGHFRRG ALAAVQLLFP AARVDPDAYP CYFFKSACRP GPASVGSGSG LGNDDDGDWF PCYDDAGDEE WAEDPGAM D TSHDPPDDEV AYFDLCHEVG PTAEPRETDS PVCSCTDKIG LRVCMPVPAP YVVHGSLTMR GVARVIQQAV LLDRDFVEA IGSYVKNFLL IDTGVYAHGH SLRLPYFAKI APDGPACGRL LPVFVIPPAC KDVPAFVAAH ADPRRFHFHA PPTYLASPRE IRVLHSLGG DYVSFFERKA SRNALEHFGR RETLTEVLGR YNVQPDAGGT VEGFASELLG RIVACIETHF PEHAGEYQAV S VRRAVSKD DWVLLQLVPV RGTLQQSLSC LRFKHGRASR ATARTFVALS VGANNRLCVS LCQQCFAAKC DSNRLHTLFT ID AGTPCSP SVPCSTSQPS S

UniProtKB: Helicase-primase primase subunit

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分子 #3: UL5

分子名称: UL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain R-15 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 98.823242 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAAGGERQL DGQKPGPPHL QQPGDRPAVP GRAEAFLNFT SMHGVQPILK RIRELSQQQL DGAQVPHLQW FRDVAALESP AGLPLREFP FAVYLITGNA GSGKSTCVQT INEVLDCVVT GATRIAAQNM YAKLSGAFLS RPINTIFHEF GFRGNHVQAQ L GQYPYTLT ...文字列:
MAAAGGERQL DGQKPGPPHL QQPGDRPAVP GRAEAFLNFT SMHGVQPILK RIRELSQQQL DGAQVPHLQW FRDVAALESP AGLPLREFP FAVYLITGNA GSGKSTCVQT INEVLDCVVT GATRIAAQNM YAKLSGAFLS RPINTIFHEF GFRGNHVQAQ L GQYPYTLT SNPASLEDLQ RRDLTYYWEV ILDLTKRALA ASGGEELRNE FRALAALERT LGLAEGALTR LAPATHGALP AF TRSNVIV IDEAGLLGRH LLTAVVYCWW MINALYHTPQ YAARLRPVLV CVGSPTQTAS LESTFEHQKL RCSVRQSENV LTY LICNRT LREYARLSYS WAIFINNKRC VEHEFGNLMK VLEYGLPITE EHMQFVDRFV VPENYITNPA NLPGWTRLFS SHKE VSAYM AKLHAYLKVT REGEFVVFTL PVLTFVSVKE FDEYRRLTHQ PGLTIEKWLT ANASRITNYS QSQDQDAGHM RCEVH SKQQ LVVARNDVTY VLNSQIAVTA RLRKLVFGFS GTFRAFEAVL RDDSFVKTQG ETSVEFAYRF LSRLIFSGLI SFYNFL QRP GLDATQRTLA YARMGELTAE ILSLRPKSSG VPTQASVMAD AGAPGERAFD FKQLGPRDGG PDDFPDDDLD VIFAGLD EQ QLDVFYCHYT PGEPETTAAV HTQFALLKRA FLGRFRILQE LFGEAFEVAP FSTYVDNVIF RGCEMLTGSP RGGLMSVA L QTDNYTLMGY TYARVFAFAD ELRRRHATAN VAELLEEAPL PYVVLRDQHG FMSVVNTNIS EFVESIDSTE LAMAINADY GISSKLAMTI TRSQGLSLDK VAICFTPGNL RLNSAYVAMS RTTSSEFLRM NLNPLRERHE RDDVISEHIL SALRDPNVVI VY

UniProtKB: Helicase-primase helicase subunit

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分子 #4: UL8

分子名称: UL8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain R-15 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 80.005664 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDTADIVWVE ESVSAITLYA VWLPPRAREY FHALVYFVCR NAAGEGRARF AEVSVTATEL RDFYGSADVS VQAVVAAARA ATTPAASPL EPLENPTLWR ALYACVLAAL ERQTGPVALF APLRIGSDPR TGLVVKVERA SWGPPAAPRA ALLVAEANID I DPMALAAR ...文字列:
MDTADIVWVE ESVSAITLYA VWLPPRAREY FHALVYFVCR NAAGEGRARF AEVSVTATEL RDFYGSADVS VQAVVAAARA ATTPAASPL EPLENPTLWR ALYACVLAAL ERQTGPVALF APLRIGSDPR TGLVVKVERA SWGPPAAPRA ALLVAEANID I DPMALAAR VAEHPDARLA WARLAAIRDT PQCASAASLT VNITTGTALF AREYQTLAFP PIKKEGAFGD LVEVCEVGLR PR GHPQRVT ARVLLPRDYD YFVSAGEKFS APALVALFRQ WHTTVHAAPG ALAPVFAFLG PEFEVRGGPV PYFAVLGFPG WPT FTVPAT AESARDLVRG AAAAYAALLG AWPAVGARVV LPPRAWPGVA SAAAGCLLPA VREAVARWHP ATKIIQLLDP PAAV GPVWT ARFCFPGLRA QLLAALADLG GSGLADPHGR TGLARLDALV VAAPSEPWAG AVLERLVPDT CNACPALRQL LGGVM AAVC LQIEETASSV KFAVCGGDGG AFWGVFNVDP QDADAASGVI EDARRAIETA VGAVLRANAV RLRHPLCLAL EGVYTH AVA WSQAGVWFWN SRDNTDHLGG FPLRGPAYTT AAGVVRDTLR RVLGLTTACV PEEDALTARG LMEDACDRLI LDAFNKR LD AEYWSVRVSP FEASDPLPPT AFRGGALLDA EHYWRRVVRV CPGGGESVGV PVDLYPRPLV LPPVDCAHHL REILREIE L VFTGVLAGVW GEGGKFVYPF DDKMSFLFA

UniProtKB: DNA helicase/primase complex-associated protein

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: N-{5-[(R)-amino(hydroxy)(methyl)-lambda~4~-sulfanyl]-4-methyl-1,3...

分子名称: N-{5-[(R)-amino(hydroxy)(methyl)-lambda~4~-sulfanyl]-4-methyl-1,3-thiazol-2-yl}-2-(2',5'-difluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl)-N-methylacetamide
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: A1CHB
分子量理論値: 437.526 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 170000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る