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- EMDB-72665: Homomeric Glycine Receptor alpha2 with 1 mM Glycine in a Desensit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72665
タイトルHomomeric Glycine Receptor alpha2 with 1 mM Glycine in a Desensitized State
マップデータ
試料
  • 複合体: Homomeric Glycine Receptor alpha2 with 1 mM Glycine in a Desensitized State
    • タンパク質・ペプチド: Glycine receptor subunit alpha-2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: GLYCINE
  • リガンド: 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードhomopentamer / ion channel / ligand gated ion channel / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine-gated chloride ion channel activity / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / glycinergic synapse / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / postsynaptic specialization membrane / glycine binding / cellular response to zinc ion / cellular response to ethanol / chloride channel complex ...glycine-gated chloride ion channel activity / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / glycinergic synapse / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / postsynaptic specialization membrane / glycine binding / cellular response to zinc ion / cellular response to ethanol / chloride channel complex / cell projection / chloride transmembrane transport / cellular response to amino acid stimulus / neuropeptide signaling pathway / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / modulation of chemical synaptic transmission / GABA-ergic synapse / transmembrane signaling receptor activity / monoatomic ion transmembrane transport / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycine receptor alpha2 / Glycine receptor alpha / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel ...Glycine receptor alpha2 / Glycine receptor alpha / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycine receptor subunit alpha-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Klemm E / Gibbs E / Chakrapani S
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)1F30 HD114399-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)2R35 GM134896-06 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM152319 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2026
タイトル: Human GlyRα2 pore dynamics in gating and inhibition.
著者: Emily Klemm / Eric Gibbs / Madeleine Stauffer / Devesh Mohapatra / Chloe Meyer / Sudha Chakrapani /
要旨: Glycine receptors (GlyRs) mediate inhibitory neurotransmission in the central nervous system. The GlyRα2 subtype contributes to critical neural circuitry in early neurodevelopment and is also found ...Glycine receptors (GlyRs) mediate inhibitory neurotransmission in the central nervous system. The GlyRα2 subtype contributes to critical neural circuitry in early neurodevelopment and is also found in adults. GlyRα2 dysfunctions are implicated in neurodevelopmental disorders, including autism, epilepsy, and cognitive delays. GlyRα2 functional properties and pharmacology are distinct from GlyRα1, but the structural basis for these differences remains poorly defined. Here, we report cryo-electron microscopy structures of full-length, human GlyRα2 reconstituted in peptidiscs captured in multiple conformational states. In addition to symmetric resting and desensitized states, we resolved an asymmetric open state, previously observed only in heteromeric GlyRs. This suggests that asymmetry is intrinsic to GlyRα2, independent of β-subunit incorporation. Furthermore, we identified distinct conformations of GlyRα2 with the pore-blocker picrotoxin, providing new insights into allosteric interactions. These findings uncover the structural basis of GlyRα2 function, providing a foundation for understanding its role in development and in GlyRα2-associated disorders.
履歴
登録2025年9月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月18日-
マップ公開2026年3月18日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72665.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72665.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 107.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 304 pix.
= 255.36 Å		0.84 Å/pix.
x 304 pix.
= 255.36 Å		0.84 Å/pix.
x 304 pix.
= 255.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.013006504 - 0.02647765
平均 (標準偏差)0.000009867289 (±0.000915225)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ304304304
Spacing304304304
セルA=B=C: 255.35999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_72665_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_72665_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_72665_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homomeric Glycine Receptor alpha2 with 1 mM Glycine in a Desensit...

全体名称: Homomeric Glycine Receptor alpha2 with 1 mM Glycine in a Desensitized State
要素
  • 複合体: Homomeric Glycine Receptor alpha2 with 1 mM Glycine in a Desensitized State
    • タンパク質・ペプチド: Glycine receptor subunit alpha-2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: GLYCINE
  • リガンド: 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

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超分子 #1: Homomeric Glycine Receptor alpha2 with 1 mM Glycine in a Desensit...

超分子名称: Homomeric Glycine Receptor alpha2 with 1 mM Glycine in a Desensitized State
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Glycine receptor subunit alpha-2

分子名称: Glycine receptor subunit alpha-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 53.78284 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: MNRQLVNILT ALFAFFLETN HFRTAFCKDH DSRSGKQPSQ TLSPSDFLDK LMGRTSGYDA RIRPNFKGPP VNVTCNIFIN SFGSVTETT MDYRVNIFLR QQWNDSRLAY SEYPDDSLDL DPSMLDSIWK PDLFFANEKG ANFHDVTTDN KLLRISKNGK V LYSIRLTL ...文字列:
MNRQLVNILT ALFAFFLETN HFRTAFCKDH DSRSGKQPSQ TLSPSDFLDK LMGRTSGYDA RIRPNFKGPP VNVTCNIFIN SFGSVTETT MDYRVNIFLR QQWNDSRLAY SEYPDDSLDL DPSMLDSIWK PDLFFANEKG ANFHDVTTDN KLLRISKNGK V LYSIRLTL TLSCPMDLKN FPMDVQTCTM QLESFGYTMN DLIFEWLSDG PVQVAEGLTL PQFILKEEKE LGYCTKHYNT GK FTCIEVK FHLERQMGYY LIQMYIPSLL IVILSWVSFW INMDAAPARV ALGITTVLTM TTQSSGSRAS LPKVSYVKAI DIW MAVCLL FVFAALLEYA AVNFVSRQHK EFLRLRRRQK RQNKEEDVTR ESRFNFSGYG MGHCLQVKDG TAVKATPANP LPQP PKDGD AIKKKFVDRA KRIDTISRAA FPLAFLIFNI FYWITYKIIR HEDVHKKLVP RGSHHHHHHH H

UniProtKB: Glycine receptor subunit alpha-2

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #3: GLYCINE

分子名称: GLYCINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: GLY
分子量理論値: 75.067 Da
Chemical component information

ChemComp-GLY:
GLYCINE

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分子 #4: 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 30 / 式: PX4
分子量理論値: 678.94 Da
Chemical component information

ChemComp-PX4:
1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DMPC, リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / 使用した粒子像数: 114510
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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