EMDB-72652: Cereblon-DDB1 with Golcadomide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-72652

タイトル

Cereblon-DDB1 with Golcadomide

マップデータ

試料

複合体: Cereblon-DDB1 with Golcadomide

キーワード

Liganded Cereblon Ligase Closed / LIGASE

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å

データ登録者

Watson ER / Lander GC

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of Golcadomide (CC-99282) as a promising drug candidate for diffuse large B-cell lymphoma
著者: Watson ER

履歴

登録	2025年9月9日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年10月15日	-
マップ公開	2025年10月15日	-
更新	2025年10月15日	-
現状	2025年10月15日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_72652.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_72652.map.gz	40.4 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-72652-v30.xml emd-72652.xml	15 KB 15 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_72652_fsc.xml	7.4 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_72652.png	135.7 KB
Filedesc metadata	emd-72652.cif.gz	4.1 KB
その他	emd_72652_additional_1.map.gz emd_72652_half_map_1.map.gz emd_72652_half_map_2.map.gz	40.5 MB 39.8 MB 39.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-72652 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-72652	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_72652_validation.pdf.gz	884.5 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_72652_full_validation.pdf.gz	884.1 KB	表示
XML形式データ	emd_72652_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	emd_72652_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-72652 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-72652	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	72653C 9y7dC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_72652.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.15 Å/pix. x 224 pix. = 257.6 Å	1.15 Å/pix. x 224 pix. = 257.6 Å	1.15 Å/pix. x 224 pix. = 257.6 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.15 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.36
最小 - 最大	-2.3528204 - 3.0785177
平均 (標準偏差)	-0.0012028125 (±0.07735029)

対称性

空間群: 1

詳細

-
追加マップ: #1

ファイル

emd_72652_additional_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_72652_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_72652_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Cereblon-DDB1 with Golcadomide

全体	名称: Cereblon-DDB1 with Golcadomide
要素	複合体: Cereblon-DDB1 with Golcadomide

-
超分子 #1: Cereblon-DDB1 with Golcadomide

超分子	名称: Cereblon-DDB1 with Golcadomide / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	0.5 mg/mL
緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: NITROGEN

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TALOS ARCTICA
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.0 µm
実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 1513128
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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