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- EMDB-72394: Structure of Plasmodium falciparum 20S proteasome with bound J80 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72394
タイトルStructure of Plasmodium falciparum 20S proteasome with bound J80
マップデータ
試料
  • 複合体: proteasome alpha ring assembly intermediate
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 1種
キーワードProteasome / 20S proteasome / Plasmodium falciparum / proteasome inhibitor / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Proteasome assembly / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Proteasome assembly / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / MAPK6/MAPK4 signaling / ABC-family proteins mediated transport / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Neutrophil degranulation / proteasome core complex / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. ...Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome endopeptidase complex / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-6, putative / Proteasome subunit alpha type ...Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome endopeptidase complex / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3, putative / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-6, putative / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type-1, putative / Proteasome subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Zhang H / Zhao J / Fajtova P / O'Donoghue AJ
資金援助 米国, European Union, チェコ, 12件
OrganizationGrant number国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH2210520 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI158612 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI146387 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI133393 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI171824 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM147487 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD026926 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA030199 米国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission846688European Union
European Union (EU)LX22NPO5103European Union
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2023042 チェコ
European Regional Development FundCZ.02.01.01/00/23_015/0008175European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Plasmodium falciparum 20S proteasome with bound J80.
著者: Zhang H / Zhao J / Fajtova P / O'Donoghue AJ
履歴
登録2025年8月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72394.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72394.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 419.2 Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 419.2 Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 419.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 10.0
最小 - 最大-21.165482000000001 - 33.393979999999999
平均 (標準偏差)0.000000000000176 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 419.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_72394_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_72394_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : proteasome alpha ring assembly intermediate

全体名称: proteasome alpha ring assembly intermediate
要素
  • 複合体: proteasome alpha ring assembly intermediate
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome endopeptidase complex
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
  • リガンド: N,N-diethyl-N~2~-hexanoyl-D-asparaginyl-N-{(1S)-2-(2,4-difluorophenyl)-1-[(2S,3S,5S,6S)-5-formyl-2-hydroxy-3-(hydroxymethyl)-3,6-dimethylmorpholin-2-yl]ethyl}-4-fluoro-L-phenylalaninamide

+
超分子 #1: proteasome alpha ring assembly intermediate

超分子名称: proteasome alpha ring assembly intermediate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
細胞: Expi293F / 細胞中の位置: cytoplasm

+
分子 #1: Proteasome subunit alpha type-6

分子名称: Proteasome subunit alpha type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 29.531656 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVRPSQSMYD RHLTIFSPDG NLYQIEYAIK AVKNTNITSV GVKGENCAVI ISQKKMATQY ISQDKLLDYN NITNIYNITD EIGCSMVGM PGDCLSMVYK ARSEASEFLY SNGYNVNAET LCRNICDKIQ VYTQHAYMRL HACSGMIIGI DENNKPELFK F DPSGFCAG ...文字列:
MVRPSQSMYD RHLTIFSPDG NLYQIEYAIK AVKNTNITSV GVKGENCAVI ISQKKMATQY ISQDKLLDYN NITNIYNITD EIGCSMVGM PGDCLSMVYK ARSEASEFLY SNGYNVNAET LCRNICDKIQ VYTQHAYMRL HACSGMIIGI DENNKPELFK F DPSGFCAG YRACVIGNKE QESISVLERL LEKRKKKIQQ ETIDEDIRNT TILAIEALQT ILAFDLKASE IEVAIVSTKN RN FTQISEK EIDNYLTYIA ERD

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-6, putative

+
分子 #2: Proteasome subunit alpha type-2

分子名称: Proteasome subunit alpha type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 26.556391 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MADGEYSFSL TTFSPTGKLV QIEYALNRVS SSSPALGIRA KNGVIIATEK KSPNELIEEN SIFKIQQISE HIGIVYAGMP GDFRVLLKR ARKEAIRYSL QYGSEILVKE LVKIIASIVQ EFTQTGGVRP FGLSLLICGV DVYGYHLYQI DPSGCYFNWM A TCVGKDYQ ...文字列:
MADGEYSFSL TTFSPTGKLV QIEYALNRVS SSSPALGIRA KNGVIIATEK KSPNELIEEN SIFKIQQISE HIGIVYAGMP GDFRVLLKR ARKEAIRYSL QYGSEILVKE LVKIIASIVQ EFTQTGGVRP FGLSLLICGV DVYGYHLYQI DPSGCYFNWM A TCVGKDYQ NNMSFLEKRY NKDIEIEDAI HTAILTLKES YEGVLNEKNI EIGVAYDNKP FKILTQNEIK DYLIEIE

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-2

+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type-3

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 27.977664 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MARRYDSRTT TFSPEGRLYQ VEYALEAINN ASITIGLITK DGVILGADKV FISKLIDKAN NYEKIYKIDK HIFCGVAGLN ADANILINQ SRLYAQRYLY NYNEVQPVSQ LVVQICDIKQ SYTQYGGLRP YGVSFLIGGY DTKDGYQLYH TDPSGNYSGW F ATAIGTNN ...文字列:
MARRYDSRTT TFSPEGRLYQ VEYALEAINN ASITIGLITK DGVILGADKV FISKLIDKAN NYEKIYKIDK HIFCGVAGLN ADANILINQ SRLYAQRYLY NYNEVQPVSQ LVVQICDIKQ SYTQYGGLRP YGVSFLIGGY DTKDGYQLYH TDPSGNYSGW F ATAIGTNN LTASSVLKQE WKNDMTLEEG LLLALKTLAK STDTEIPKSE KIELAYLTNK DGEVYQKYLT EKEIEELIKL YT QKYIKE

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #4: Proteasome subunit alpha type-4

分子名称: Proteasome subunit alpha type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 27.263285 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSYDRAITVF SPDGHLLQVE HALEAVKKGG CAVAIKSSNF AVLAVEKKNI PKLQNPKTTE KLIKLDEHNC LAFAGLNADA RVLVNKTRL ECQRYYLNMD EPAPVDYIAK YVAKVQQKFT HRGGVRPFGI ATLIAGFKNN KEICIYQTEP SGIYAAWKAQ A IGKNAKIV ...文字列:
MSYDRAITVF SPDGHLLQVE HALEAVKKGG CAVAIKSSNF AVLAVEKKNI PKLQNPKTTE KLIKLDEHNC LAFAGLNADA RVLVNKTRL ECQRYYLNMD EPAPVDYIAK YVAKVQQKFT HRGGVRPFGI ATLIAGFKNN KEICIYQTEP SGIYAAWKAQ A IGKNAKIV QEFLEKNYQE NMEQKDCIFL ALKAIFEVVE LSSKNVEVAL LTEKDLTFIE EQEINSMVEL IDQERTKNNE QN E

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #5: Proteasome subunit alpha type-5

分子名称: Proteasome subunit alpha type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 28.417367 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MFSTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYALGA IKLGSTAVGI CVNDGVILAS ERRISSTLIE KDSVEKLLSI DDHIGCAMSG LMADARTLI DYARVECNHY KFIYNENINI KSCVELISEL ALDFSNLSDS KRKKIMSRPF GVALLIGGVD KNGPCLWYTE P SGTNTRFS ...文字列:
MFSTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYALGA IKLGSTAVGI CVNDGVILAS ERRISSTLIE KDSVEKLLSI DDHIGCAMSG LMADARTLI DYARVECNHY KFIYNENINI KSCVELISEL ALDFSNLSDS KRKKIMSRPF GVALLIGGVD KNGPCLWYTE P SGTNTRFS AASIGSAQEG AELLLQENYK KDMTFEQAEI LALTVLRQVM EDKLSTSNVE ICAIKKSDQT FYKYNTDDIS RI IDVLPSP VYPTIDMTA

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type

+
分子 #6: Proteasome subunit alpha type-1

分子名称: Proteasome subunit alpha type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 28.871697 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MYRNLYDTDN IIYSPEGRLY QVEYASEAIK QGTCAVAIKS KDYVVVSGLK KCISKLSFPQ EKIFKIDDYI GISMSGITSD AKVLTKFMQ NECLSHKFLY NENINIESLV RSVADKYQKN TQKSSKRAFG VGLMIAAYHN EPCIFETRPN GSYFEYDALS F GARSHASK ...文字列:
MYRNLYDTDN IIYSPEGRLY QVEYASEAIK QGTCAVAIKS KDYVVVSGLK KCISKLSFPQ EKIFKIDDYI GISMSGITSD AKVLTKFMQ NECLSHKFLY NENINIESLV RSVADKYQKN TQKSSKRAFG VGLMIAAYHN EPCIFETRPN GSYFEYDALS F GARSHASK TYLEKNLHLF EECSLEELIL HCLKALKCSL SSESELTISN TALAVVGKNH PWQEISSLQL EEYLSKVKMD AE QEQVEEN VQNEANE

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-1, putative

+
分子 #7: Proteasome subunit alpha type-3

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 29.324295 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAGLSAGYDL SVSTFSPDGR LYQVEYIYKS INNNNTALCL ECKDGIICCC INSNMDKNKM IKKNSYNRIY HVNNNIIITY SGFDGDARN IIDRARSEAN TYYYNFHTNI PLHILVNRIS LYIHAYTLYW HMRPFAASII ISSFNEKDKG DIYCIEPNGA C YKYSGIVI ...文字列:
MAGLSAGYDL SVSTFSPDGR LYQVEYIYKS INNNNTALCL ECKDGIICCC INSNMDKNKM IKKNSYNRIY HVNNNIIITY SGFDGDARN IIDRARSEAN TYYYNFHTNI PLHILVNRIS LYIHAYTLYW HMRPFAASII ISSFNEKDKG DIYCIEPNGA C YKYSGIVI GKNKEMFKTE IEKKDYKDIN VRDAIEDIYK FILTSDDHMN KNNLQNLVNF SWICKESSYE FQNIHEEILT PA LNKAVEY IEKLN

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-3, putative

+
分子 #8: Proteasome endopeptidase complex

分子名称: Proteasome endopeptidase complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 29.143936 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: TTIIGIIYDN GVMLACDSRT SSGTFISNKC SRKINRINEN LYVCRSGASA HSQKIIEIIK HYCVSMKNEN RKKGRFHEGE TIYDETTYD EEIDIDSINY LDYNNNNDNN LVTKNKYFYE DKFNDYNPLV ENVAHITKKI IYTNNNFLSC ALIFGGYDKI K KQQLYAVN ...文字列:
TTIIGIIYDN GVMLACDSRT SSGTFISNKC SRKINRINEN LYVCRSGASA HSQKIIEIIK HYCVSMKNEN RKKGRFHEGE TIYDETTYD EEIDIDSINY LDYNNNNDNN LVTKNKYFYE DKFNDYNPLV ENVAHITKKI IYTNNNFLSC ALIFGGYDKI K KQQLYAVN LNGSIIEKHD FAVSGSGSIY IQSYLQDKYK KFMTKKECFN LILNCVKYAM HNDNSSGGLI RIVNITKSFV EE FTVVNTQ MNFQY

UniProtKB: Proteasome endopeptidase complex

+
分子 #9: Proteasome subunit beta-2

分子名称: Proteasome subunit beta-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 25.104885 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: TTICGLVCQN AVILGADTRA TEGPIVADKN CSKLHYISKN IWCAGAGVAG DLEHTTLWLQ HNVELHRLNT NTQPRVSMCV SRLTQELFK YQGYKVCAIV LGGVDVNGPQ LYGIHPHGSS CLLPFTALGS GSLNAMAVLE AKYRDNMTIE EGKNLVCEAI C AGIFNDLG ...文字列:
TTICGLVCQN AVILGADTRA TEGPIVADKN CSKLHYISKN IWCAGAGVAG DLEHTTLWLQ HNVELHRLNT NTQPRVSMCV SRLTQELFK YQGYKVCAIV LGGVDVNGPQ LYGIHPHGSS CLLPFTALGS GSLNAMAVLE AKYRDNMTIE EGKNLVCEAI C AGIFNDLG SGGNVDICVI TKDSYQHIRP YKEPNMRLYH LPHPTIYPKG TTPILSEKIE YIKKFISVED A

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #10: Proteasome subunit beta-3

分子名称: Proteasome subunit beta-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 24.533131 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSIYNYNGG CVLGMSGSNC VAIACDLRLG ANTFTTVSTK FSKIFKMNNN VYVGLSGLAT DIQTLYEILR YRVNLYEVRQ DAEMDVECF ANMLSSILYS NRFSPYFVNP IVVGFKLKHY VDEEGEKKVN YEPYLTAYDL IGAKCETRDF VVNGVTSEQL F GMCESLYV ...文字列:
MGSIYNYNGG CVLGMSGSNC VAIACDLRLG ANTFTTVSTK FSKIFKMNNN VYVGLSGLAT DIQTLYEILR YRVNLYEVRQ DAEMDVECF ANMLSSILYS NRFSPYFVNP IVVGFKLKHY VDEEGEKKVN YEPYLTAYDL IGAKCETRDF VVNGVTSEQL F GMCESLYV KDQDENGLFE TISQCLLSAL DRDCISGWGA EVLVLTPEKI IKKKLKARMD

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #11: Proteasome subunit beta-4

分子名称: Proteasome subunit beta-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 22.889105 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDTLIGLRGN NFVVLAADTY SINSIIKLKN DDNTKFYDIH GNKCLLLGGS IGDRLQFGEF IRKNVHLYQY QNNTDMFVKS FAFFTRKNL AYYLRRNPFE VNCLIAGYDK KDGYQLYWCD YLSNMDSVNK GAHGYGAYLV SAILDKYYHE NLTVDEALDI F KLCFEELK ...文字列:
MDTLIGLRGN NFVVLAADTY SINSIIKLKN DDNTKFYDIH GNKCLLLGGS IGDRLQFGEF IRKNVHLYQY QNNTDMFVKS FAFFTRKNL AYYLRRNPFE VNCLIAGYDK KDGYQLYWCD YLSNMDSVNK GAHGYGAYLV SAILDKYYHE NLTVDEALDI F KLCFEELK KRFLLTQINY ELRIMYDNKV ETQYVTV

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #12: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 23.519543 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: TTLAFKFKDG IIVAVDSRAS MGSFISSQNV EKIIEINKNI LGTMAGGAAD CLYWEKYLGK IIKIYELRNN EKISVRAAST ILSNILYQY KGYGLCCGII LSGYDHTGFN MFYVDDSGKK VEGNLFSCGS GSTYAYSILD SAYDYNLNLD QAVELARNAI Y HATFRDGG ...文字列:
TTLAFKFKDG IIVAVDSRAS MGSFISSQNV EKIIEINKNI LGTMAGGAAD CLYWEKYLGK IIKIYELRNN EKISVRAAST ILSNILYQY KGYGLCCGII LSGYDHTGFN MFYVDDSGKK VEGNLFSCGS GSTYAYSILD SAYDYNLNLD QAVELARNAI Y HATFRDGG SGGKVRVFHI HKNGYDKIIE GEDVFDLHYH YTNPEQKDQY VM

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #13: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 27.301203 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDLILYNDNL TEKKTEKENV IEHGRGFKRW YPYIDNGGTV IGLTGKDYVI LAADTRLSLS YSIYTRFCPK ISKLTDKCII GSSGMQSDI KTLHSLLQKK IQLFVLEHSH YPDIHVIARL LCVILYSRRF FPYYAFNILA GVDENNKGVL YNYDSVGSYC E ATHSCVGS ...文字列:
MDLILYNDNL TEKKTEKENV IEHGRGFKRW YPYIDNGGTV IGLTGKDYVI LAADTRLSLS YSIYTRFCPK ISKLTDKCII GSSGMQSDI KTLHSLLQKK IQLFVLEHSH YPDIHVIARL LCVILYSRRF FPYYAFNILA GVDENNKGVL YNYDSVGSYC E ATHSCVGS GSQLILPILD NRVEQKNQLI KNTNFNLGDD INFVKDAITS ATERDIYTGD KTLIYVIDKM GINVNTLDLK QD

UniProtKB: Proteasome subunit beta

+
分子 #14: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum Dd2 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 34.822988 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MTLGPVVTGT SVIAIKYKHG IMIAADRKAS YGSYAKFQNV ERIFKINNKT VMGFSGELAD AQYLHELLTR KNINNLSEKK RKEDMYTPQ HYHSYVSRVF YVRKNRIDPL FNNIIIAGIN SQKYDNNDDN VLLYTNKNND DEQNEYKNNE EYKEIHKDDL Y IGFVDMHG ...文字列:
MTLGPVVTGT SVIAIKYKHG IMIAADRKAS YGSYAKFQNV ERIFKINNKT VMGFSGELAD AQYLHELLTR KNINNLSEKK RKEDMYTPQ HYHSYVSRVF YVRKNRIDPL FNNIIIAGIN SQKYDNNDDN VLLYTNKNND DEQNEYKNNE EYKEIHKDDL Y IGFVDMHG TNFCDDYITT GYARYFALTL LRDHYKDNMT EEEARILINE CLRILYFRDA TSSNFIQIVK VTSKGVEYEE PY ILPCVLN SADYVYPSTL LPPAGCMWEN LYFQSSAWSH PQFEKGGGSG GGSGGSAWSH PQFEK

+
分子 #15: N,N-diethyl-N~2~-hexanoyl-D-asparaginyl-N-{(1S)-2-(2,4-difluoroph...

分子名称: N,N-diethyl-N~2~-hexanoyl-D-asparaginyl-N-{(1S)-2-(2,4-difluorophenyl)-1-[(2S,3S,5S,6S)-5-formyl-2-hydroxy-3-(hydroxymethyl)-3,6-dimethylmorpholin-2-yl]ethyl}-4-fluoro-L-phenylalaninamide
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: A1CRO
分子量理論値: 777.87 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris-HCL
150.0 mMsodium chlorideNaCl
1.0 mMDTT
1.0 mMEDTA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 133662
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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