[日本語] English
万見
- EMDB-72240: Structure of the Measles virus Fusion glycoprotein ectodomain in ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72240
タイトルStructure of the Measles virus Fusion glycoprotein ectodomain in complex with neutralizing antibody Y10F
マップデータmap sharp
試料
  • 複合体: Structure of the Measles virus Fusion glycoprotein ectodomain in complex with neutralizing antibody Y10F
    • 複合体: Measles virus Fusion glycoprotein ectodomain
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • 複合体: Y10F LC
      • タンパク質・ペプチド: Y10F light chain
    • 複合体: Y10F HC
      • タンパク質・ペプチド: Y10F heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water
キーワードVIRAL PROTEIN / glycoprotein / immune system / measles / high-resolution / ectodomain / fusion / antibody / complex / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Measles morbillivirus (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Zyla D / Niemeyer G / Porotto M / Saphire EO
資金援助 スイス, 米国, 7件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationP2EZP3_195680 スイス
Swiss National Science FoundationP500PB_210992 スイス
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS105699 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS091263 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI176833 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R56AI183536-01A1 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R21AI180456-02 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Measles virus Fusion glycoprotein ectodomain in complex with neutralizing antibody Y10F
著者: Zyla D / Niemeyer G / Porotto M / Saphire EO
履歴
登録2025年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月15日-
マップ公開2026年4月15日-
更新2026年4月15日-
現状2026年4月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_72240.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72240.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 381.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map sharp
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 464 pix.
= 408.32 Å		0.88 Å/pix.
x 464 pix.
= 408.32 Å		0.88 Å/pix.
x 464 pix.
= 408.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0969
最小 - 最大-0.4741799 - 0.75577736
平均 (標準偏差)-0.00011678793 (±0.015131755)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ464464464
Spacing464464464
セルA=B=C: 408.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_72240_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_72240_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half 2

ファイルemd_72240_half_map_1.map
注釈half 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half 1

ファイルemd_72240_half_map_2.map
注釈half 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Structure of the Measles virus Fusion glycoprotein ectodomain in ...

全体名称: Structure of the Measles virus Fusion glycoprotein ectodomain in complex with neutralizing antibody Y10F
要素
  • 複合体: Structure of the Measles virus Fusion glycoprotein ectodomain in complex with neutralizing antibody Y10F
    • 複合体: Measles virus Fusion glycoprotein ectodomain
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • 複合体: Y10F LC
      • タンパク質・ペプチド: Y10F light chain
    • 複合体: Y10F HC
      • タンパク質・ペプチド: Y10F heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water

-
超分子 #1: Structure of the Measles virus Fusion glycoprotein ectodomain in ...

超分子名称: Structure of the Measles virus Fusion glycoprotein ectodomain in complex with neutralizing antibody Y10F
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 200 KDa

-
超分子 #2: Measles virus Fusion glycoprotein ectodomain

超分子名称: Measles virus Fusion glycoprotein ectodomain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Measles morbillivirus (ウイルス) / 株: Ichinose-B95a

-
超分子 #3: Y10F LC

超分子名称: Y10F LC / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
超分子 #4: Y10F HC

超分子名称: Y10F HC / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Measles morbillivirus (ウイルス)
分子量理論値: 57.379539 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: MGLKVNVSAI FMAVLLTLQT PTGQIHWGNL SKIGVVGIGS ASYKVMTRSS HQSLVIKLMP NITLLNNCTR VEIAEYRRLL RTVLEPIRD ALNAMTQNIR PVQSVASSRR HKRFAGVVLA GAALGVATAA QITAGIALHQ SMLNSQAIDN LRASLETTNQ A IEAIRQAG ...文字列:
MGLKVNVSAI FMAVLLTLQT PTGQIHWGNL SKIGVVGIGS ASYKVMTRSS HQSLVIKLMP NITLLNNCTR VEIAEYRRLL RTVLEPIRD ALNAMTQNIR PVQSVASSRR HKRFAGVVLA GAALGVATAA QITAGIALHQ SMLNSQAIDN LRASLETTNQ A IEAIRQAG QGMILAVQGV QDYINNELIP SMNQLSCDLI GQKLGLKLLR YYTEILSLFG PSLRDPISAE ISIQALSYAL GG DINKVLE KLGYSGGDLL GILESRGIKA RITHVDTESY FIVLSIAYPT LSEIKGVIVH RLEGVSYNIG SQEWYTTVPK YVA TQGYLI SNFDESSCTF MPEGTVCSQN ALYPMSPLLQ ECLRGSTKSC ARTLVSGSFG NRFILSQGNL IANCASILCK CYTT GTIIN QDPDKILTYI AADHCPVVEV NGVTIQVGSR RYPDAVYLHR IDLGPPISLG RLDVGTNLGN AIAKLEDAKE LLESS DQIL RSMKGLSSTS IGVDDDDKAG WSHPQFEKGG GSGGGSGGGS WSHPQFEK

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

-
分子 #2: Y10F light chain

分子名称: Y10F light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.20917 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSQ IVLSQSPAIL SASPGEKVTM TCRATSSVVY MHWYQQKPGS SPKPWIYATS NLASGVPTRF SGSGSGTSY SLTISRVEAE DAATYYCQQW NSNPYTFGGG TKLEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFYP R EAKVQWKV ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSQ IVLSQSPAIL SASPGEKVTM TCRATSSVVY MHWYQQKPGS SPKPWIYATS NLASGVPTRF SGSGSGTSY SLTISRVEAE DAATYYCQQW NSNPYTFGGG TKLEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFYP R EAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC

-
分子 #3: Y10F heavy chain

分子名称: Y10F heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 52.295902 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSQ VQLQQSGAEL MKPGASVKIS CKAAGYTFSN YWIEWVKQRP GHGLEWIGEI LPGNSYTNYN EKFRGKATI TADTSSNTAY MQLSSLTSED SAVYYCASPL SGNYVRFAYW GQGTLVTVST ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG G TAALGCLV ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSQ VQLQQSGAEL MKPGASVKIS CKAAGYTFSN YWIEWVKQRP GHGLEWIGEI LPGNSYTNYN EKFRGKATI TADTSSNTAY MQLSSLTSED SAVYYCASPL SGNYVRFAYW GQGTLVTVST ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG G TAALGCLV KDYFPEPVTV SWNSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PK SCDKGLE VLFQGPTHTC PPCPAPELLG GPSVFLFPPK PKDTLMISRT PEVTCVVVDV SHEDPEVKFN WYVDGVEVHN AKT KPREEQ YNSTYRVVSV LTVLHQDWLN GKEYKCKVSN KALPAPIEKT ISKAKGQPRE PQVYTLPPSR DELTKNQVSL TCLV KGFYP SDIAVEWESN GQPENNYKTT PPVLDSDGSF FLYSKLTVDK SRWQQGNVFS CSVMHEALHN HYTQKSLSLS PGK

-
分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 63 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: HEPES 50 mM, pH 8.0, NaCl 150 mM
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: washed with ethyl acetate
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 7700 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 5100000
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 使用した粒子像数: 130000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

8uut

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9q5m:
Structure of the Measles virus Fusion glycoprotein ectodomain in complex with neutralizing antibody Y10F

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る