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- EMDB-72036: Cryo-EM structure of the isethionate TRAP transporter IseQM from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72036
タイトルCryo-EM structure of the isethionate TRAP transporter IseQM from Oleidesulfovibrio alaskensis with bound isethionate
マップデータCryoSPARC unsharpened
試料
  • 複合体: IseQM complexed with Megabody C7HopQ
    • タンパク質・ペプチド: Isethionate TRAP transporter permease protein DctMQ
    • タンパク質・ペプチド: Megabody C7HopQ
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: 2-hydroxyethylsulfonic acid
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
キーワードTRAP Transporter / Megabody / Isethionate / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性TRAP transporter large membrane protein DctM / TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit / : / Tripartite ATP-independent periplasmic transporters, DctQ component / Tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctM component / alkanesulfonate catabolic process / transmembrane transporter activity / plasma membrane / Isethionate TRAP transporter permease protein DctMQ
機能・相同性情報
生物種Oleidesulfovibrio alaskensis G20 (バクテリア) / Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Newton-Vesty MC / Davies JS / Dobson RCJ
資金援助 ニュージーランド, 1件
OrganizationGrant number国
Marsden Fund ニュージーランド
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural basis of isethionate transport by a TRAP transporter from a sulfate-reducing bacterium.
著者: Michael C Newton-Vesty / Mariafrancesca Scalise / Sam A Jamieson / Michael J Currie / Hamish G Brown / Sepideh Valimehr / Zachary D Tillett / Kelsi R Hall / Senwei Quan / Jane R Allison / ...著者: Michael C Newton-Vesty / Mariafrancesca Scalise / Sam A Jamieson / Michael J Currie / Hamish G Brown / Sepideh Valimehr / Zachary D Tillett / Kelsi R Hall / Senwei Quan / Jane R Allison / Andrew E Whitten / Santosh Panjikar / Cesare Indiveri / Eric Hanssen / Peter D Mace / Rachel A North / Renwick C J Dobson / James S Davies /
要旨: Sulfate-reducing bacteria import organosulfur compounds from the environment for anaerobic respiration. They contribute to human disease and are problematic in industrial settings because they ...Sulfate-reducing bacteria import organosulfur compounds from the environment for anaerobic respiration. They contribute to human disease and are problematic in industrial settings because they produce hydrogen sulfide. Here, we demonstrate how the sulfate-reducing bacterium Oleidesulfovibrio alaskensis imports isethionate, a common organosulfonate, using a tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) transporter (OaIsePQM). The cryo-EM structure of isethionate-bound OaIseQM to 2.98 Å resolution defines the substrate-binding site, two Na-binding sites, and a distinct fusion helix. Key residues within the OaIseQM substrate-binding site are identified using substitution and proteoliposome assays. Functional studies demonstrate that OaIseQM requires the substrate-binding protein (OaIseP) and a Na gradient to drive transport. Modeling of the OaIsePQM complex supports that elevator-type conformational changes are involved in this unique coupled transport process. This work expands our knowledge of the transport of organosulfur compounds in bacteria and establishes OaIsePQM as a new model system for exploring the mechanism of TRAP transporters.
履歴
登録2025年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72036.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72036.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoSPARC unsharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.64 Å/pix.
x 400 pix.
= 255.6 Å		0.64 Å/pix.
x 400 pix.
= 255.6 Å		0.64 Å/pix.
x 400 pix.
= 255.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.639 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.075
最小 - 最大-0.17036955 - 0.34780687
平均 (標準偏差)-0.0006374799 (±0.008470986)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 255.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_72036_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_72036_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : IseQM complexed with Megabody C7HopQ

全体名称: IseQM complexed with Megabody C7HopQ
要素
  • 複合体: IseQM complexed with Megabody C7HopQ
    • タンパク質・ペプチド: Isethionate TRAP transporter permease protein DctMQ
    • タンパク質・ペプチド: Megabody C7HopQ
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: 2-hydroxyethylsulfonic acid
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

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超分子 #1: IseQM complexed with Megabody C7HopQ

超分子名称: IseQM complexed with Megabody C7HopQ / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Oleidesulfovibrio alaskensis G20 (バクテリア)

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分子 #1: Isethionate TRAP transporter permease protein DctMQ

分子名称: Isethionate TRAP transporter permease protein DctMQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oleidesulfovibrio alaskensis G20 (バクテリア)
分子量理論値: 67.592578 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSDPNVTATI MNAQGECSSG SLESRPGILG WLDANFEKPF LVAGMLAIIF IITFQTLYRY IGVYLHEGAA AAVWTEEMAR FIFIWISYL AVPVAIKNRS SIRVDIIFDR LPVRFQNISW IIVDVCFLTL AATVLWQSLD LIKMQLTYPQ TSPALQLPYY I PYLVLPVS ...文字列:
MSDPNVTATI MNAQGECSSG SLESRPGILG WLDANFEKPF LVAGMLAIIF IITFQTLYRY IGVYLHEGAA AAVWTEEMAR FIFIWISYL AVPVAIKNRS SIRVDIIFDR LPVRFQNISW IIVDVCFLTL AATVLWQSLD LIKMQLTYPQ TSPALQLPYY I PYLVLPVS FGLMAVRLLQ DLAGQVRICG AADTVIGLIL CAVLAAPLFI ADYIDPLPVL FGYFALFLVV GVPIAIGLGL AA LATIVAA GSLPIDYVAQ IAFTSIDSFP IMAIPFFIAA GVFMGAGGLS RRLLNLADEM LGALPGGMAL ATIGTCMFFA AIS GSGPAT VAAIGSLTIP AMVERGYCKY FSAAIVAAAG AIGVMIPPSN PFVVYGVSAQ ASIGKLFMGG IVPGLLTGLA LMAY SYWYS KKRGWKGEVR DRNLKTFMHA VWEAKWALMV PVIVLGGIYG GIMTPTEAAA LAAFYGLIIG CFVHRELSCG SFYDC VVEA AGTSAMVIVL MSMATIFGNI MTIEEVPTTI AQAMLGLTTD KIAILLMINV LLLIIGTFME ALAAIVILTP ILLPIV LKV GVDPVHFGII MVVNLAIGFV TPPVGVNLFV ASGVANAKIE QLSKVVLPLI ALMLAVLLIT TYVPAIPMFF AG

UniProtKB: Isethionate TRAP transporter permease protein DctMQ

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分子 #2: Megabody C7HopQ

分子名称: Megabody C7HopQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌)
分子量理論値: 55.463898 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QVSLQESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASD MINNAQKIVQ ETQQLSANQP KNITQPHNLN LNSPSSLTAL AQKMLKNAQS QAEILKLANQ VESDFNKLSS G HLKDYIGK ...文字列:
QVSLQESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASD MINNAQKIVQ ETQQLSANQP KNITQPHNLN LNSPSSLTAL AQKMLKNAQS QAEILKLANQ VESDFNKLSS G HLKDYIGK CDASAISSAN MTMQNQKNNW GNGCAGVEET QSLLKTSAAD FNNQTPQINQ AQNLANTLIQ ELGNNTYEQL SR LLTNDNG TNSKTSAQAI NQAVNNLNER AKTLAGGTTN SPAYQATLLA LRSVLGLWNS MGYAVICGGY TKSPGENNQK DFH YTDENG NGTTINCGGS TNSNGTHSYN GTNTLKADKN VSLSIEQYEK IHEAYQILSK ALKQAGLAPL NSKGEKLEAH VTTS KYAGG SLRLSCAASG NIFLWANMGW YRQAPGKERE FVASISLGAN TNYADSVKGR FTISRDNAKN TVYLQMNSLK QEDTA VYYC AVWARYPSTY YLGRGYDYLY WGQGTQVTVS S

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分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #4: 2-hydroxyethylsulfonic acid

分子名称: 2-hydroxyethylsulfonic acid / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: 8X3
分子量理論値: 126.132 Da
Chemical component information

ChemComp-8X3:
2-hydroxyethylsulfonic acid

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分子 #5: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 83854
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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