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- EMDB-72012: Hamster Scap L1-L7 domain/Fab4G10 focused map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72012
タイトルHamster Scap L1-L7 domain/Fab4G10 focused map
マップデータ
試料
  • 複合体: Scap bound to Fab4G10
    • 複合体: Scap
      • タンパク質・ペプチド: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
    • 複合体: Fab4G10
      • タンパク質・ペプチド: Fab4G10 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab4G10 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードsterol-binding / COPII-binding / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle coat / SREBP-SCAP-Insig complex / SREBP-SCAP complex / regulation of cholesterol biosynthetic process / sterol binding / SREBP signaling pathway / COPII-coated vesicle cargo loading / cellular response to sterol / cholesterol metabolic process / ER to Golgi transport vesicle membrane ...vesicle coat / SREBP-SCAP-Insig complex / SREBP-SCAP complex / regulation of cholesterol biosynthetic process / sterol binding / SREBP signaling pathway / COPII-coated vesicle cargo loading / cellular response to sterol / cholesterol metabolic process / ER to Golgi transport vesicle membrane / protein import into nucleus / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / SCAP N-terminal / SCAP Beta-propeller / Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / WD40 repeat, conserved site ...: / : / SCAP N-terminal / SCAP Beta-propeller / Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Williams BC / Kober DL / Bai X / Radhakrishnan A / Rosenbaum DM
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM116387 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01HL160487 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI158357 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Hamster Scap L1-L7 domain/Fab4G10 focused map
著者: Williams BC / Kober DL / Bai X / Radhakrishnan A / Rosenbaum DM
履歴
登録2025年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72012.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72012.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 386.928 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 386.928 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 386.928 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0748 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.183
最小 - 最大-0.6702308 - 1.4667196
平均 (標準偏差)0.00024138052 (±0.015192724)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 386.928 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: DeepEMhancer map for model building and illustrations

ファイルemd_72012_additional_1.map
注釈DeepEMhancer map for model building and illustrations
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_72012_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_72012_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Scap bound to Fab4G10

全体名称: Scap bound to Fab4G10
要素
  • 複合体: Scap bound to Fab4G10
    • 複合体: Scap
      • タンパク質・ペプチド: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
    • 複合体: Fab4G10
      • タンパク質・ペプチド: Fab4G10 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab4G10 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Scap bound to Fab4G10

超分子名称: Scap bound to Fab4G10 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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超分子 #2: Scap

超分子名称: Scap / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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超分子 #3: Fab4G10

超分子名称: Fab4G10 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Fab4G10 heavy chain

分子名称: Fab4G10 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.016852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TGVHSEVQLQ QSGAELVRPG ASVKLSCTAS GFKIKDDYIH WVKQRPEQGL EWIGRIDPAN GHTRYAPKFQ DKATITADTS SNTAYLQLS SLTSEDTAVY YCTRYNDYDA FYFDYWGQGT TLTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
TGVHSEVQLQ QSGAELVRPG ASVKLSCTAS GFKIKDDYIH WVKQRPEQGL EWIGRIDPAN GHTRYAPKFQ DKATITADTS SNTAYLQLS SLTSEDTAVY YCTRYNDYDA FYFDYWGQGT TLTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKRVEPKSC DKTGSGATNF SL LKQAGDV EENPG

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分子 #2: Fab4G10 light chain

分子名称: Fab4G10 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.545189 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TGVHSDIQMT QTTSSLSASL GDRVTISCRA SQDIRNYLNW YQQKPDGTVK LLIYYTSRLH SGVPSRFSGS GSGTDYSLTI SNLEQEDIA TYFCQQTNTL PWTFGGGTKL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
TGVHSDIQMT QTTSSLSASL GDRVTISCRA SQDIRNYLNW YQQKPDGTVK LLIYYTSRLH SGVPSRFSGS GSGTDYSLTI SNLEQEDIA TYFCQQTNTL PWTFGGGTKL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE CHHHHHHHHH H

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分子 #3: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein

分子名称: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
分子量理論値: 144.056594 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHHHHHHHHT LTERLREKIS QAFYNHGLLC ASYPIPIILF TGLCILACCY PLLKLPLPGT GPVEFSTPVK DYSPPPVDSD HKQGEPSEQ PEWYVGAPVA YIQQIFVKSS VSPWHKNLLA VDVFRLPLSR AFQLVEEIRN HALRDSSGVK SLEEVCLQVT D LLPGLRKL ...文字列:
MHHHHHHHHT LTERLREKIS QAFYNHGLLC ASYPIPIILF TGLCILACCY PLLKLPLPGT GPVEFSTPVK DYSPPPVDSD HKQGEPSEQ PEWYVGAPVA YIQQIFVKSS VSPWHKNLLA VDVFRLPLSR AFQLVEEIRN HALRDSSGVK SLEEVCLQVT D LLPGLRKL RNLLPEHGCL LLSPGNFWQN DWERFHADPD IIGTIHQHEP KTLQTSATLK DLLFGVPGKY SGVSLYTRKR TV SYTITLV FQRYDSRFLS SLRSRLKLLH PSPNCSLRAE NLVHVHFKEE IGIAELIPLV TTYIILFAYI YFSTRKIDMV KSK WGLALA AVVTVLSSLL MSVGLCTLFG LTPTLNGGEI FPYLVVVIGL ENVLVLTKSV VSTPVDLEVK LRIAQGLSSE SWSI MKNVA TELGIILIGY FTLVPAIQEF CLFAVVGLVS DFFLQMFFFT TVLSIDIRRM ELADLNKRLP PESCLPSAKP VGRPA RYER QLAVRPAMPH TITLQPSSFR NLRLPKRLRV IYFLARTRLA QRLIMAGTVV WIGILVYTDP AGLRTYLAAQ VTEQSP LGE GSLGPMPVPS GVLPASRPDP AFSIFPPDAP KLPENQTVPG ELPEHAAPAE GVHDSRAPEV TWGPEDEELW RRLSFRH WP TLFNYYNITL AKRYISLLPV IPVTLRLNPQ EALEGRQPQD GRSAWAPPES LPAGLWEAGP KGPGGTQAHG DITLYKVA A LGLAAGIVLV LLLLCLYRVL CPRNYGQPGG GAGRRRRGEL PCDDYGYAPP ETEIVPLVLR GHLMDIECLA SDGMLLVSC CLAGQVCVWD AQTGDCLTRI PRPGSRRDSC GGGAFETQEN WERLSDGGKT SPEEPGESPP LRHRPRGPPQ PALFGDQPDL TCLIDTNFS VQLPPEPTQP EPRHRAGCGR ARDSGYDFSR LVQRVYQEEG LAAVRMPALR PPSPGSPLPQ ASQEDGAAPE K GSPPLAWA PSTAGSIWSL ELQGNLIVVG RSSGRLEVWD AIEGVLCCSN EEVSSGITAL VFLDRRIVAA RLNGSLDFFS LE THTSLSP LQFRGTPGRG SSPSSSVYSS SNTVACHLTH TVPCAHQKPI TALRAAAGRL VTGSQDHTLR VFRLEDSCCL FTL QGHSGA ITTVYIDQTM VLASGGQDGA ICLWDVLTGS RVSHTFAHRG DVTSLTCTTS CVISSGLDDL INIWDRSTGI KLYS IQQDL GCGASLGVIS DNLLVTGGQG CVSFWDLNYG DLLQTVYLGK NSEAQPARQI LVLDNAAIVC NFGSELSLVY VPSVL EKLD DYKDDDDKGS DYKDDDDKGS DYKDDDDK

UniProtKB: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7lkf

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 272072
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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