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- EMDB-71883: 10E8-GT10.2 immunogen in complex with Rhesus macaque Fab W3-05 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71883
タイトル10E8-GT10.2 immunogen in complex with Rhesus macaque Fab W3-05 and mouse Fab W6-03
マップデータ
試料
  • 複合体: 10E8-GT10.2 immunogen in complex with mouse Fab W6-03 and rhesus macaque Fab W3-05
    • 複合体: W6-03 mouse Fab heavy chain, W6-03 mouse Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: W6-03 mouse Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: W6-03 mouse Fab light chain
    • 複合体: 10E8-GT10.2 immunogen
      • タンパク質・ペプチド: 10E8-GT10.2 immunogen
    • 複合体: W3-05 rhesus macaque Fab heavy chain, W3-05 rhesus macaque Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: W3-05 rhesus macaque Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: W3-05 rhesus macaque Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV / Germline targeting / MPER / broadly neutralizing antibody / vaccine design / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / synthetic construct (人工物) / Homo sapiens (ヒト) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Huang J / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-002916 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
引用ジャーナル: Nat Immunol / 年: 2024
タイトル: Vaccination induces broadly neutralizing antibody precursors to HIV gp41.
著者: Torben Schiffner / Ivy Phung / Rashmi Ray / Adriana Irimia / Ming Tian / Olivia Swanson / Jeong Hyun Lee / Chang-Chun D Lee / Ester Marina-Zárate / So Yeon Cho / Jiachen Huang / Gabriel ...著者: Torben Schiffner / Ivy Phung / Rashmi Ray / Adriana Irimia / Ming Tian / Olivia Swanson / Jeong Hyun Lee / Chang-Chun D Lee / Ester Marina-Zárate / So Yeon Cho / Jiachen Huang / Gabriel Ozorowski / Patrick D Skog / Andreia M Serra / Kimmo Rantalainen / Joel D Allen / Sabyasachi Baboo / Oscar L Rodriguez / Sunny Himansu / Jianfu Zhou / Jonathan Hurtado / Claudia T Flynn / Katherine McKenney / Colin Havenar-Daughton / Swati Saha / Kaitlyn Shields / Steven Schultze / Melissa L Smith / Chi-Hui Liang / Laura Toy / Simone Pecetta / Ying-Cing Lin / Jordan R Willis / Fabian Sesterhenn / Daniel W Kulp / Xiaozhen Hu / Christopher A Cottrell / Xiaoya Zhou / Jennifer Ruiz / Xuesong Wang / Usha Nair / Kathrin H Kirsch / Hwei-Ling Cheng / Jillian Davis / Oleksandr Kalyuzhniy / Alessia Liguori / Jolene K Diedrich / Julia T Ngo / Vanessa Lewis / Nicole Phelps / Ryan D Tingle / Skye Spencer / Erik Georgeson / Yumiko Adachi / Michael Kubitz / Saman Eskandarzadeh / Marc A Elsliger / Rama R Amara / Elise Landais / Bryan Briney / Dennis R Burton / Diane G Carnathan / Guido Silvestri / Corey T Watson / John R Yates / James C Paulson / Max Crispin / Gevorg Grigoryan / Andrew B Ward / Devin Sok / Frederick W Alt / Ian A Wilson / Facundo D Batista / Shane Crotty / William R Schief /
要旨: A key barrier to the development of vaccines that induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against human immunodeficiency virus (HIV) and other viruses of high antigenic diversity is the design ...A key barrier to the development of vaccines that induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against human immunodeficiency virus (HIV) and other viruses of high antigenic diversity is the design of priming immunogens that induce rare bnAb-precursor B cells. The high neutralization breadth of the HIV bnAb 10E8 makes elicitation of 10E8-class bnAbs desirable; however, the recessed epitope within gp41 makes envelope trimers poor priming immunogens and requires that 10E8-class bnAbs possess a long heavy chain complementarity determining region 3 (HCDR3) with a specific binding motif. We developed germline-targeting epitope scaffolds with affinity for 10E8-class precursors and engineered nanoparticles for multivalent display. Scaffolds exhibited epitope structural mimicry and bound bnAb-precursor human naive B cells in ex vivo screens, protein nanoparticles induced bnAb-precursor responses in stringent mouse models and rhesus macaques, and mRNA-encoded nanoparticles triggered similar responses in mice. Thus, germline-targeting epitope scaffold nanoparticles can elicit rare bnAb-precursor B cells with predefined binding specificities and HCDR3 features.
履歴
登録2025年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2025年12月10日-
現状2025年12月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71883.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71883.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 416 pix.
= 301.6 Å		0.73 Å/pix.
x 416 pix.
= 301.6 Å		0.73 Å/pix.
x 416 pix.
= 301.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.725 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.37789443 - 0.45516133
平均 (標準偏差)0.00011268556 (±0.009307613)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 301.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_71883_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_71883_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_71883_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 10E8-GT10.2 immunogen in complex with mouse Fab W6-03 and rhesus ...

全体名称: 10E8-GT10.2 immunogen in complex with mouse Fab W6-03 and rhesus macaque Fab W3-05
要素
  • 複合体: 10E8-GT10.2 immunogen in complex with mouse Fab W6-03 and rhesus macaque Fab W3-05
    • 複合体: W6-03 mouse Fab heavy chain, W6-03 mouse Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: W6-03 mouse Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: W6-03 mouse Fab light chain
    • 複合体: 10E8-GT10.2 immunogen
      • タンパク質・ペプチド: 10E8-GT10.2 immunogen
    • 複合体: W3-05 rhesus macaque Fab heavy chain, W3-05 rhesus macaque Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: W3-05 rhesus macaque Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: W3-05 rhesus macaque Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: 10E8-GT10.2 immunogen in complex with mouse Fab W6-03 and rhesus ...

超分子名称: 10E8-GT10.2 immunogen in complex with mouse Fab W6-03 and rhesus macaque Fab W3-05
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

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超分子 #2: W6-03 mouse Fab heavy chain, W6-03 mouse Fab light chain

超分子名称: W6-03 mouse Fab heavy chain, W6-03 mouse Fab light chain
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: 10E8-GT10.2 immunogen

超分子名称: 10E8-GT10.2 immunogen / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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超分子 #4: W3-05 rhesus macaque Fab heavy chain, W3-05 rhesus macaque Fab li...

超分子名称: W3-05 rhesus macaque Fab heavy chain, W3-05 rhesus macaque Fab light chain
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 10E8-GT10.2 immunogen

分子名称: 10E8-GT10.2 immunogen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 17.828348 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
TGNVTQEDII RALASPLIKD GMVDEDFAEY VIARENRSPT GLQAKGVGVA IPHTLGDYVR DNAISVGILD KPVNFSGWYQ SPDPVPVRV VFMLAGRTWD DIVIVLKWIK DVILDEEFMK RLLNMSDEEI YRQIYTRISK APNLSGINFS REYVRHLN

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分子 #2: W6-03 mouse Fab heavy chain

分子名称: W6-03 mouse Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 14.537935 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DVQLQESGPG LVKPSQSLSL TCSVTGYSIT SGYYWNWIRQ FPGNKLEWMG YISYDGSNNY NPSLKNRISI TRDTSQNQFF LKLNSVTTE DTASYYCARE GPYYDFWSGY YAYYMDVWGK GTTVTVSS

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分子 #3: W6-03 mouse Fab light chain

分子名称: W6-03 mouse Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.410997 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIVMSQSPSS LAVSVGEKVT MSCKSSQSLL YSSNQKNYLA WYQQKPGQSP KLLIYWASTR KSGVPDRFTG SGSGTDFTLT ISSVKAEDL AVYYCQQYFG YPLTFGAGTK LELK

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分子 #4: W3-05 rhesus macaque Fab heavy chain

分子名称: W3-05 rhesus macaque Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 14.34599 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYWMSWVRQA PGKGLEWVGF IKNKADGGTA AYAESVKGRF TISRDDSKNT LYLQMNSLK TEDTAVYYCA RDLGRYNFWS GFYSQNRFDV WGPGVLVTVS S

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分子 #5: W3-05 rhesus macaque Fab light chain

分子名称: W3-05 rhesus macaque Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 11.580653 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SYEVTQPPSV SVSPGQMARI TCGGDNLGSK YVHWYQQKPA QAPVLVIYDD SERPSGIPER FSGSKSGNTA TLTISGVEAG DEADYYCQV WDSSSDHPLF GGGTRLTVL

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris
150.0 mMsodium chloride
0.005 mMLauryl Maltose Neopentyl Glycol
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.4 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / 詳細: Cryosparc Ab-initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / 使用した粒子像数: 41951
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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