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万見
- EMDB-71826: Cryo-EM structure of NCLX with calcium (class 2a) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71826
タイトルCryo-EM structure of NCLX with calcium (class 2a)
マップデータ
試料
  • 複合体: NCLX without Calcium
    • タンパク質・ペプチド: NCLX
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードMembrane transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium:sodium antiporter activity involved in regulation of cardiac muscle cell membrane potential / regulation of lymphocyte chemotaxis / Mitochondrial calcium ion transport / Sodium/Calcium exchangers / calcium export from the mitochondrion / calcium:sodium antiporter activity / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / regulation of cardiac muscle cell membrane potential / mitochondrial calcium ion homeostasis / regulation of store-operated calcium entry ...calcium:sodium antiporter activity involved in regulation of cardiac muscle cell membrane potential / regulation of lymphocyte chemotaxis / Mitochondrial calcium ion transport / Sodium/Calcium exchangers / calcium export from the mitochondrion / calcium:sodium antiporter activity / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / regulation of cardiac muscle cell membrane potential / mitochondrial calcium ion homeostasis / regulation of store-operated calcium entry / mitochondrial crista / regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of insulin secretion / sodium ion transmembrane transport / sarcolemma / mitochondrial membrane / calcium ion transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / glucose homeostasis / mitochondrial inner membrane / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sodium/calcium exchanger membrane region / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial sodium/calcium exchanger protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Zhang J / Feng L
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
The G. Harold and Leila Y. Mathers Foundation 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Structure and mechanism of the mitochondrial calcium transporter NCLX.
著者: Minrui Fan / Chen-Wei Tsai / Jinru Zhang / Jianxiu Zhang / Aswini R Krishnan / Tsung-Yun Liu / Yu-Lun Huang / Deniz Aydin / Siyuan Du / Briana L Sobecks / Madison X Rodriguez / Andrew H ...著者: Minrui Fan / Chen-Wei Tsai / Jinru Zhang / Jianxiu Zhang / Aswini R Krishnan / Tsung-Yun Liu / Yu-Lun Huang / Deniz Aydin / Siyuan Du / Briana L Sobecks / Madison X Rodriguez / Andrew H Reiter / Carolyn R Bertozzi / Ron O Dror / Ming-Feng Tsai / Liang Feng /
要旨: As a key mitochondrial Ca transporter, NCLX regulates intracellular Ca signalling and vital mitochondrial processes. The importance of NCLX in cardiac and nervous-system physiology is reflected by ...As a key mitochondrial Ca transporter, NCLX regulates intracellular Ca signalling and vital mitochondrial processes. The importance of NCLX in cardiac and nervous-system physiology is reflected by acute heart failure and neurodegenerative disorders caused by its malfunction. Despite substantial advances in the field, the transport mechanisms of NCLX remain unclear. Here we report the cryo-electron microscopy structures of NCLX, revealing its architecture, assembly, major conformational states and a previously undescribed mechanism for alternating access. Functional analyses further reveal an unexpected transport function of NCLX as a H/Ca exchanger, rather than as a Na/Ca exchanger as widely believed. These findings provide critical insights into mitochondrial Ca homeostasis and signalling, offering clues for developing therapies to treat diseases related to abnormal mitochondrial Ca.
履歴
登録2025年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71826.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71826.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.4 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.4 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.001923369 - 1.8542001
平均 (標準偏差)0.0016780292 (±0.030662354)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 262.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_71826_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_71826_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_71826_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NCLX without Calcium

全体名称: NCLX without Calcium
要素
  • 複合体: NCLX without Calcium
    • タンパク質・ペプチド: NCLX
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: NCLX without Calcium

超分子名称: NCLX without Calcium / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: NCLX

分子名称: NCLX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 64.037688 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGRWLDPLW APGFLCVALI LETASGAGDL STKAHGHIQF SARGVNQTAM ADCRAVCSLN TSDRCDFVKR NPDCHSEGGY LDYLKGIFC YFPPNLLPLA ITLYVFWLLY LFLILGVTAA KFFCPNLSAI STSLKLSHNV AGVTFLAFGN GAPDIFSALV A FSDPRTAG ...文字列:
MAGRWLDPLW APGFLCVALI LETASGAGDL STKAHGHIQF SARGVNQTAM ADCRAVCSLN TSDRCDFVKR NPDCHSEGGY LDYLKGIFC YFPPNLLPLA ITLYVFWLLY LFLILGVTAA KFFCPNLSAI STSLKLSHNV AGVTFLAFGN GAPDIFSALV A FSDPRTAG LAIGALFGAG VLVTTVVAGG ITILRPFMAA SRPFLRDITF YMVAVFLTFT ALYLGRITLV WALGYLGLYV FY VVTVIIC TWVYQRQRSR SLVHSISETP ELLTDSEEDQ MSSNTNSYDY GEEYRPLLLG EETTGQILLQ ALNPLDYRKW RTQ SISCKL LKVAKLPVEF LLLLTVPVVD PDKDDRNWKR PLNCLQLVIS PLVLVLTLQS GVYGIYEIGG LLPVWAVVVI VGTA LASVT FFATSNSEPP RLHWLFAFLG FLTSALWINA AATEVVNILR SLGVVFRLSN TVLGLTLLAW GNSIGDAFSD FTLAR QGYP RMAFSACFGG IIFNILVGVG LGCLLQIVRS HASEVKLEPD GLLVWVLASA LGLSLVFSLV SVPLQCFQLS KAYGLC LLL FYICFIVVVL LTEFGVIHLK AD

UniProtKB: Mitochondrial sodium/calcium exchanger protein

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 145777
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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