[日本語] English
万見
- EMDB-71644: CryoEM structure of filament of Bacillus subtilis TIR domain prot... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71644
タイトルCryoEM structure of filament of Bacillus subtilis TIR domain protein SpbK
マップデータmain EM map
試料
  • 複合体: TIR domain protein from Bacillus subtilis
    • タンパク質・ペプチド: SpbK
キーワードTIR domain protein / antiphage defence / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / signal transduction / Uncharacterized protein YddK
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Mishra BP / Ve T
資金援助 オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
Australian Research Council (ARC)FT200100572 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1196590 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular characterisation of the Bacillus subtilis SpbK antiphage defence system.
著者: Biswa P Mishra / Christian L Loyo / Yanyao Cai / Thomas Litfin / Gause Miraj / Lou Brillault / Veronika Masic / Tamim Mosaiab / Premraj Rajaratnam / Santosh Rudrawar / Weixi Gu / Bostjan Kobe ...著者: Biswa P Mishra / Christian L Loyo / Yanyao Cai / Thomas Litfin / Gause Miraj / Lou Brillault / Veronika Masic / Tamim Mosaiab / Premraj Rajaratnam / Santosh Rudrawar / Weixi Gu / Bostjan Kobe / Joseph P Gerdt / Alan D Grossman / Yun Shi / Thomas Ve /
要旨: Bacteria have a variety of mechanisms for limiting predation by phages. SpbK is a Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain-containing antiphage defence protein from Bacillus subtilis that provides ...Bacteria have a variety of mechanisms for limiting predation by phages. SpbK is a Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain-containing antiphage defence protein from Bacillus subtilis that provides protection against the temperate phage SPβ via abortive infection. Here we structurally characterise SpbK and its interaction with the SPβ protein YonE. We demonstrate that SpbK is an NADase that produces both ADP-ribose (ADPR) and canonical cyclic ADPR with a N1-glycosidic bond (cADPR, also referred to as N1-cADPR). Combining cryo-EM, in silico predictions, site-directed mutagenesis, and phage infection assays, we show that formation of two-stranded head-to-tail assemblies of SpbK TIR domains is required for both NADase activity and antiphage defence. We also demonstrate that YonE is a dodecameric portal protein that activates the NADase function of SpbK by facilitating TIR domain clustering. Collectively, our results provide insight into how bacterial TIR NADases recognise phage infection.
履歴
登録2025年7月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月31日-
マップ公開2025年12月31日-
更新2026年2月4日-
現状2026年2月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_71644.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71644.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 400 pix.
= 389.12 Å		0.97 Å/pix.
x 400 pix.
= 389.12 Å		0.97 Å/pix.
x 400 pix.
= 389.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9728 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.17
最小 - 最大-0.58789426 - 0.8800144
平均 (標準偏差)0.0014353188 (±0.040371705)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 389.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_71644_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: sharpened map

ファイルemd_71644_additional_1.map
注釈sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_71644_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B

ファイルemd_71644_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : TIR domain protein from Bacillus subtilis

全体名称: TIR domain protein from Bacillus subtilis
要素
  • 複合体: TIR domain protein from Bacillus subtilis
    • タンパク質・ペプチド: SpbK

-
超分子 #1: TIR domain protein from Bacillus subtilis

超分子名称: TIR domain protein from Bacillus subtilis / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)

-
分子 #1: SpbK

分子名称: SpbK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 34.07552 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSNAMDTLKK LKFEANGIIG VLLDYSREPV LTNIIDQFRT SLESNDIELI RYSLEQLKTW YARNRNEIY KNEFVFNEFE HHETENKIKK FLDELPVVDE TEKSSITHFS SDQNRELEKK IFISHSSKDK IVCNAFVELL E DIGVSSED ...文字列:
MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSNAMDTLKK LKFEANGIIG VLLDYSREPV LTNIIDQFRT SLESNDIELI RYSLEQLKTW YARNRNEIY KNEFVFNEFE HHETENKIKK FLDELPVVDE TEKSSITHFS SDQNRELEKK IFISHSSKDK IVCNAFVELL E DIGVSSED IIYTSSPYHG IPGDEDIFEY LKKHLFKGAY VFYMLSDNYY DSVYCLNEMG ATWVNSNNCS TFILPGFKGE IK GVIDKNK KAFSLEEPID LFNLKEKILR MYDLTLEDKK WERIKAKFNT KLK

UniProtKB: Uncharacterized protein YddK

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

+
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 8.9 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 79.3 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D1 (2回x1回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 116455
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る