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万見
- EMDB-71629: Comparison of fully-sampled and sparse cryo-STEM tomography 3D re... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71629
タイトルComparison of fully-sampled and sparse cryo-STEM tomography 3D reconstructions
マップデータ3D SIRT reconstruction of DCT inpainted sparse (66%) cryo-STEM tilt-series on E. coli cell 1
試料
  • 細胞: Whole E. coli cryo-tomography
キーワードE. coli / bacteria / UNKNOWN FUNCTION
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Trepout S
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-21-CE42-0001 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Comparison of fully-sampled and sparse cryo-STEM tomography 3D reconstructions
著者: Trepout S
履歴
登録2025年7月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71629.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71629.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 683.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D SIRT reconstruction of DCT inpainted sparse (66%) cryo-STEM tilt-series on E. coli cell 1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
40 Å/pix.
x 400 pix.
= 16000. Å		40 Å/pix.
x 700 pix.
= 28000. Å		40 Å/pix.
x 640 pix.
= 25600. Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 40 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-4.617276 - 1.3960353
平均 (標準偏差)0.13880327 (±0.2459189)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-50
サイズ700640400
Spacing640700400
セルA: 25600.0 Å / B: 28000.0 Å / C: 16000.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: 3D SIRT reconstruction of fully-sampled cryo-STEM tilt-series on...

ファイルemd_71629_additional_1.map
注釈3D SIRT reconstruction of fully-sampled cryo-STEM tilt-series on E. coli cell 4
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: 3D SIRT reconstruction of DCT inpainted sparse (75%)...

ファイルemd_71629_additional_10.map
注釈3D SIRT reconstruction of DCT inpainted sparse (75%) cryo-STEM tilt-series on E. coli cell 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: 3D SIRT reconstruction of fully-sampled cryo-STEM tilt-series on...

ファイルemd_71629_additional_11.map
注釈3D SIRT reconstruction of fully-sampled cryo-STEM tilt-series on E. coli cell 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: 3D SIRT reconstruction of fully-sampled cryo-STEM tilt-series on...

ファイルemd_71629_additional_2.map
注釈3D SIRT reconstruction of fully-sampled cryo-STEM tilt-series on E. coli cell 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: 3D SIRT reconstruction of DCT inpainted sparse (66%)...

ファイルemd_71629_additional_3.map
注釈3D SIRT reconstruction of DCT inpainted sparse (66%) cryo-STEM tilt-series on E. coli cell 4
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: 3D SIRT reconstruction of DCT inpainted sparse (75%)...

ファイルemd_71629_additional_4.map
注釈3D SIRT reconstruction of DCT inpainted sparse (75%) cryo-STEM tilt-series on E. coli cell 5
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: 3D SIRT reconstruction of fully-sampled cryo-STEM tilt-series on...

ファイルemd_71629_additional_5.map
注釈3D SIRT reconstruction of fully-sampled cryo-STEM tilt-series on E. coli cell 5
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: 3D SIRT reconstruction of DCT inpainted sparse (80%)...

ファイルemd_71629_additional_6.map
注釈3D SIRT reconstruction of DCT inpainted sparse (80%) cryo-STEM tilt-series on E. coli cell 6
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: 3D SIRT reconstruction of fully-sampled cryo-STEM tilt-series on...

ファイルemd_71629_additional_7.map
注釈3D SIRT reconstruction of fully-sampled cryo-STEM tilt-series on E. coli cell 6
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: 3D SIRT reconstruction of DCT inpainted sparse (80%)...

ファイルemd_71629_additional_8.map
注釈3D SIRT reconstruction of DCT inpainted sparse (80%) cryo-STEM tilt-series on E. coli cell 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: 3D SIRT reconstruction of fully-sampled cryo-STEM tilt-series on...

ファイルemd_71629_additional_9.map
注釈3D SIRT reconstruction of fully-sampled cryo-STEM tilt-series on E. coli cell 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Whole E. coli cryo-tomography

全体名称: Whole E. coli cryo-tomography
要素
  • 細胞: Whole E. coli cryo-tomography

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超分子 #1: Whole E. coli cryo-tomography

超分子名称: Whole E. coli cryo-tomography / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: M9 media
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aurion / 直径: 20 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
詳細Alignment on the Ronchigram
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 914 HIGH TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER TOMOGRAPHY HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

詳細JEOL BF STEM Detector
最終 再構成アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: TOMO3D / 使用した粒子像数: 40
CTF補正詳細: This is STEM / タイプ: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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