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万見
- EMDB-71604: Consensus map for Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71604
タイトルConsensus map for Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight-base-pair linker
マップデータ
試料
  • 複合体: DNMT3A/3B tetramer bound to H3K36me2 di-nucleosome
キーワードDNMT3A2/DNMT3B3 / DNA methylation / H3K36me2 di-nucleosome / DNA BINDING PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å
データ登録者Xie X / Zhou XE / Worden EJ / Jones PA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35CA209859 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2026
タイトル: Nucleosome spacing regulates linker methylation by DNMT3A2/3B3.
著者: Xiaoyan Xie / Minmin Liu / Gabriella N L Chua / X Edward Zhou / Michelle L Dykstra / Shixin Liu / Peter A Jones / Evan J Worden /
要旨: De novo CpG methylation (mCpG) is deposited by DNMT3A and DNMT3B, which target DNA linkers between nucleosomes. Cells contain millions of unique linkers, but the rules dictating which linkers get ...De novo CpG methylation (mCpG) is deposited by DNMT3A and DNMT3B, which target DNA linkers between nucleosomes. Cells contain millions of unique linkers, but the rules dictating which linkers get targeted by DNMT3 enzymes are not understood. We show that nucleosome spacing controls linker DNA methylation and H3K36me2 recognition by human DNMT3A2/3B3, linking de novo methylation to chromatin architecture. We present structures of DNMT3A2/3B3 bound to dinucleosomes, revealing that short linkers promote dinucleosome bridging, blocking access to linker DNA and suppressing methylation, whereas long linkers allow DNMT3A2/3B3 to engage each nucleosome separately and methylate linker DNA. Finally, we show that DNMT3A2/3B3 positions proline-tryptophan-tryptophan-proline (PWWP) domains to scan for H3K36me2. However, H3K36me2 recognition is blocked when DNMT3A2/3B3 bridges dinucleosomes with short linkers, imposing an additional structural constraint on DNMT3A2/3B3 function. Together, these findings uncover the mechanisms that govern de novo methylation in chromatin and explain how DNMT3 enzymes target linkers in cells.
履歴
登録2025年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月18日-
マップ公開2026年2月18日-
更新2026年3月18日-
現状2026年3月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71604.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71604.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 448 pix.
= 370.944 Å		0.83 Å/pix.
x 448 pix.
= 370.944 Å		0.83 Å/pix.
x 448 pix.
= 370.944 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0238
最小 - 最大-0.11072031 - 0.25863
平均 (標準偏差)0.00056553504 (±0.009022414)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 370.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_71604_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_71604_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DNMT3A/3B tetramer bound to H3K36me2 di-nucleosome

全体名称: DNMT3A/3B tetramer bound to H3K36me2 di-nucleosome
要素
  • 複合体: DNMT3A/3B tetramer bound to H3K36me2 di-nucleosome

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超分子 #1: DNMT3A/3B tetramer bound to H3K36me2 di-nucleosome

超分子名称: DNMT3A/3B tetramer bound to H3K36me2 di-nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 61.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6p7a

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 176300
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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