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万見
- EMDB-71587: Negative stain EM map of EBV glycoprotein gH/gL in complex with g... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71587
タイトルNegative stain EM map of EBV glycoprotein gH/gL in complex with glycoprotein gp42 and FAB ATX-42-1.1 partially open conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: Coexpressed EBV surface glycoprotein gH/gL complex 1:1 with glucoprotein gp42 and then 1:1 with FAB ATX-42-1.1
    • タンパク質・ペプチド: surface glycoprotein gH
    • タンパク質・ペプチド: surface glycoprotein gL
    • タンパク質・ペプチド: surface glycoprotein gp42
    • タンパク質・ペプチド: FAB ATX-42-1.1 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: FAB ATX-42-1.1 LIGHT chain
キーワードViral protein / Complex / Antibody / EBV / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / host cell endosome membrane / carbohydrate binding / host cell Golgi apparatus / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type superfamily / Viral glycoprotein L / Envelope glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein 42 / Envelope glycoprotein L / Envelope glycoprotein H
類似検索 - 構成要素
生物種human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.16 Å
データ登録者Lang K / Kher G / Chan CB / Pancera M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA285227 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Genetically protective human EBV-neutralizing mAbs targeting multiple receptor-binding sites mAbs elicited in transgenic mice
著者: Chan CB / Lang K / Davis AR / Wan YH / Aldridge NT / Kher G / Scharffenberger SC / Hardy SR / Iureniev R / Giltiay NV / Edwards KR / Radtke S / Kiem HP / Pancera M / McGuire A
履歴
登録2025年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71587.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71587.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.58 Å/pix.
x 256 pix.
= 404.48 Å		1.58 Å/pix.
x 256 pix.
= 404.48 Å		1.58 Å/pix.
x 256 pix.
= 404.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.58 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.235
最小 - 最大-0.49272183 - 2.5434198
平均 (標準偏差)-0.00013670215 (±0.065254)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 404.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_71587_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_71587_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Coexpressed EBV surface glycoprotein gH/gL complex 1:1 with gluco...

全体名称: Coexpressed EBV surface glycoprotein gH/gL complex 1:1 with glucoprotein gp42 and then 1:1 with FAB ATX-42-1.1
要素
  • 複合体: Coexpressed EBV surface glycoprotein gH/gL complex 1:1 with glucoprotein gp42 and then 1:1 with FAB ATX-42-1.1
    • タンパク質・ペプチド: surface glycoprotein gH
    • タンパク質・ペプチド: surface glycoprotein gL
    • タンパク質・ペプチド: surface glycoprotein gp42
    • タンパク質・ペプチド: FAB ATX-42-1.1 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: FAB ATX-42-1.1 LIGHT chain

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超分子 #1: Coexpressed EBV surface glycoprotein gH/gL complex 1:1 with gluco...

超分子名称: Coexpressed EBV surface glycoprotein gH/gL complex 1:1 with glucoprotein gp42 and then 1:1 with FAB ATX-42-1.1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 173 KDa

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分子 #1: surface glycoprotein gH

分子名称: surface glycoprotein gH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
株: B95-8
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MQLLCVFCLV LLWEVGAASL SEVKLHLDIE GHASHYTIPW TELMAKVPGL SPEALWREAN VTEDLASMLN RYKLIYKTSG TLGIALAEPV DIPAVSEGSM QVDASKVHPG VISGLNSPAC MLSAPLEKQL FYYIGTMLPN TRPHSYVFYQ LRCHLSYVAL SINGDKFQYT ...文字列:
MQLLCVFCLV LLWEVGAASL SEVKLHLDIE GHASHYTIPW TELMAKVPGL SPEALWREAN VTEDLASMLN RYKLIYKTSG TLGIALAEPV DIPAVSEGSM QVDASKVHPG VISGLNSPAC MLSAPLEKQL FYYIGTMLPN TRPHSYVFYQ LRCHLSYVAL SINGDKFQYT GAMTSKFLMG TYKRVTEKGD EHVLSLVFGK TKDLPDLRGP FSYPSLTSAQ SGDYSLVIVT TFVHYANFHN YFVPNLKDMF SRAVTMTAAS YARYVLQKLV LLEMKGGCRE PELDTETLTT MFEVSVAFFK VGHAVGETGN GCVDLRWLAK SFFELTVLKD IIGICYGATV KGMQSYGLER LAAMLMATVK MEELGHLTTE KQEYALRLAT VGYPKAGVYS GLIGGATSVL LSAYNRHPLF QPLHTVMRET LFIGSHVVLR ELRLNVTTQG PNLALYQLLS TALCSALEIG EVLRGLALGT ESGLFSPCYL SLRFDLTRDK LLSMAPQEAT LDQAAVSNAV DGFLGRLSLE REDRDAWHLP AYKCVDRLDK VLMIIPLINV TFIISSDREV RGSALYEAST TYLSSSLFLS PVIMNKCSQG AVAGEPRQIP KIQNFTRTQK SCIFCGFALL SYDEKEGLET TTYITSQEVQ NSILSSNYFD FDNLHVHYLL LTTNGTVMEI AGLYEERAHV VLAIILYFIA FALGIFLVHK IVMFFLHHHH HH

UniProtKB: Envelope glycoprotein H

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分子 #2: surface glycoprotein gL

分子名称: surface glycoprotein gL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
株: B95-8
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MRAVGVFLAI CLVTIFVLPT WGNWAYPCCH VTQLRAQHLL ALENISDIYL VSNQTCDGFS LASLNSPKNG SNQLVISRCA NGLNVVSFFI SILKRSSSAL TGHLRELLTT LETLYGSFSV EDLFGANLNR YAWHRGG

UniProtKB: Envelope glycoprotein L

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分子 #3: surface glycoprotein gp42

分子名称: surface glycoprotein gp42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
株: B95-8
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVSFKQVRVP LFTAIALVIV LLLAYFLPPR VRGGGRVAAA AITWVPKPNV EVWPVDPPPP VNFNKTAEQE YGDKEVKLPH WTPTLHTFQV PQNYTKANCT YCNTREYTFS YKGCCFYFTK KKHTWNGCFQ ACAELYPCTY FYGPTPDILP VVTRNLNAIE SLWVGVYRVG ...文字列:
MVSFKQVRVP LFTAIALVIV LLLAYFLPPR VRGGGRVAAA AITWVPKPNV EVWPVDPPPP VNFNKTAEQE YGDKEVKLPH WTPTLHTFQV PQNYTKANCT YCNTREYTFS YKGCCFYFTK KKHTWNGCFQ ACAELYPCTY FYGPTPDILP VVTRNLNAIE SLWVGVYRVG EGNWTSLDGG TFKVYQIFGS HCTYVSKFST VPVSHHECSF LKPCLCVSQR SNSHHHHHH

UniProtKB: Glycoprotein 42

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分子 #4: FAB ATX-42-1.1 heavy chain

分子名称: FAB ATX-42-1.1 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHSSALLCCL VLLTGVRAQV QLVESGGGVV QPGRSLRLSC AASGFIFSSY GMHWVRQAPG KGLEWIAIIW YDGSHKYYAD SVKGRFTISR DNSKNTLYLQ MNSLRAEDTA VYYCARDPGY CSRYTCYGGW FDPWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG ...文字列:
MHSSALLCCL VLLTGVRAQV QLVESGGGVV QPGRSLRLSC AASGFIFSSY GMHWVRQAPG KGLEWIAIIW YDGSHKYYAD SVKGRFTISR DNSKNTLYLQ MNSLRAEDTA VYYCARDPGY CSRYTCYGGW FDPWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKP

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分子 #5: FAB ATX-42-1.1 LIGHT chain

分子名称: FAB ATX-42-1.1 LIGHT chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHSSALLCCL VLLTGVRADI QMTQSPSSLS ASVGDRVTIT CRASQNINNY LNWYQQKPGK APKVLIYAAS SLQSGVPSRF SGSGSGTDFT LTINSLQPED FATYYCQRSS NSPYTFGQGT KLEIKRTVAA PSVFIFPPSD EQLKSGTASV VCLLNNFYPR EAKVQWKVDN ...文字列:
MHSSALLCCL VLLTGVRADI QMTQSPSSLS ASVGDRVTIT CRASQNINNY LNWYQQKPGK APKVLIYAAS SLQSGVPSRF SGSGSGTDFT LTINSLQPED FATYYCQRSS NSPYTFGQGT KLEIKRTVAA PSVFIFPPSD EQLKSGTASV VCLLNNFYPR EAKVQWKVDN ALQSGNSQES VTEQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNRG EC

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 1X TBS
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate / 詳細: 2% Uranyl Formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS L120C
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos L120C / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0) / 使用した粒子像数: 1322
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る