[日本語] English
万見
- EMDB-71531: Angiopoietin-2 in complex with engineered conformationally rigid ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71531
タイトルAngiopoietin-2 in complex with engineered conformationally rigid Fab 5A12.6DS, used for comparison with Fab 5A12.WT
マップデータ
試料
  • 複合体: Ang2:6DS Fab
    • タンパク質・ペプチド: Angiopoietin-2
    • タンパク質・ペプチド: Fab 5A12.6DS heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: ab 5A12.6DS light chain
キーワードfab / antigen binding fragment / protein engineering / CYTOKINE-IMMUNE SYSTEM complex / CYTOKINE
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kung J / Johnson MC / Tegunov D / Jao CC / Wu P / Oh A / Lin M / Daria JM / Koth CM / Arthur CP ...Kung J / Johnson MC / Tegunov D / Jao CC / Wu P / Oh A / Lin M / Daria JM / Koth CM / Arthur CP / Rohou A / Sudhamsu J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Disulfide-constrained Fabs overcome target size limitation for high-resolution single particle cryoEM.
著者: Jennifer E Kung / Matthew C Johnson / Dimitry Tegunov / Christine C Jao / Ping Wu / Angela Oh / May Lin / Jose M Daria / Christopher M Koth / Christopher P Arthur / Alexis Rohou / Jawahar Sudhamsu /
要旨: High-resolution protein structures are essential for understanding biological mechanisms and drug discovery. While cryoEM has revolutionized structure determination of large protein complexes, most ...High-resolution protein structures are essential for understanding biological mechanisms and drug discovery. While cryoEM has revolutionized structure determination of large protein complexes, most disease-related proteins are small (<50 kDa) and challenging to resolve due to low signal-to-noise ratios and alignment difficulties. Current scaffold protein strategies increase target size but suffer from inherent flexibility, resulting in poorly resolved targets compared to scaffolds. We present an iteratively engineered molecular design transforming antibody fragments (Fabs) into conformationally Rigid Fabs that enable high-resolution structure determination of small proteins (~20 kDa). This design introduces strategic disulfide bonds, creating well-folded, rigidly constrained Fabs applicable across various species, frameworks, and chimeric constructs. Rigid Fabs enabled high-resolution cryoEM structures (2.3-2.5 Å) of two small proteins: Ang2 (26 kDa) and KRAS (21 kDa). Our disulfide-constrained Rigid Fab strategy provides a general approach for overcoming target size limitation of single-particle cryoEM.
履歴
登録2025年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_71531.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71531.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 263.16 Å		0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 263.16 Å		0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 263.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.731 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.095
最小 - 最大-0.37670898 - 0.77978516
平均 (標準偏差)0.0003026711 (±0.010821091)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 263.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_71531_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_71531_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_71531_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_71531_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Ang2:6DS Fab

全体名称: Ang2:6DS Fab
要素
  • 複合体: Ang2:6DS Fab
    • タンパク質・ペプチド: Angiopoietin-2
    • タンパク質・ペプチド: Fab 5A12.6DS heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: ab 5A12.6DS light chain

-
超分子 #1: Ang2:6DS Fab

超分子名称: Ang2:6DS Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 74.8 KDa

-
分子 #1: Angiopoietin-2

分子名称: Angiopoietin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: AGSEQISFRD CAEVFKSGHT TNGIYTLTFP NSTEEIKAYC DMEAGGGGWT IIQRREDGSV DFQRTWKEYK VGFGNPSGEY WLGNEFVSQL TNQQRYVLKI HLKDWEGNEA YSLYEHFYLS SEELNYRIHL KGLTGTAGKI SSISQPGNDF STKDGDNDKC ICKCSQMLTG ...文字列:
AGSEQISFRD CAEVFKSGHT TNGIYTLTFP NSTEEIKAYC DMEAGGGGWT IIQRREDGSV DFQRTWKEYK VGFGNPSGEY WLGNEFVSQL TNQQRYVLKI HLKDWEGNEA YSLYEHFYLS SEELNYRIHL KGLTGTAGKI SSISQPGNDF STKDGDNDKC ICKCSQMLTG GWWFDACGPS NLNGMYYPQR QNTNKFNGIK WYYWKGSGYS LKATTMMIRP ADFGNSHHHH HH

-
分子 #2: Fab 5A12.6DS heavy chain

分子名称: Fab 5A12.6DS heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLVESGGG CVQPGGSLRL SCAASGFTIS DYWIHWVRQA PGKGLEWVAG ITPAGGYTYY ADSVKGRFTI SADTSKNTAY LQMNSLRAED TAVYYCARFV FFLPYAMDYW GQGTCVTVSS ASTKGPSVCP LAPSSKSTSG GTACLGCLVK DYFCECPVTV SWNSGALTSG ...文字列:
EVQLVESGGG CVQPGGSLRL SCAASGFTIS DYWIHWVRQA PGKGLEWVAG ITPAGGYTYY ADSVKGRFTI SADTSKNTAY LQMNSLRAED TAVYYCARFV FFLPYAMDYW GQGTCVTVSS ASTKGPSVCP LAPSSKSTSG GTACLGCLVK DYFCECPVTV SWNSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PKSCDKTHTH HHHHHP

-
分子 #3: ab 5A12.6DS light chain

分子名称: ab 5A12.6DS light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQFLS SFGVAWYQQK CGKAPKLLIY GASSLYSGVP SRFSGSGSGT DFTLTISSLQ CEDFATYYCQ QGLLSPLTFG QGTKVEIKRT VAAPSVCIFP PSDECLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS QESVTCQDSK ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQFLS SFGVAWYQQK CGKAPKLLIY GASSLYSGVP SRFSGSGSGT DFTLTISSLQ CEDFATYYCQ QGLLSPLTFG QGTKVEIKRT VAAPSVCIFP PSDECLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS QESVTCQDSK DCTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 10126 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 20000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る