[日本語] English
万見
- EMDB-71405: Activated GluA4 homotetrameric AMPAR. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71405
タイトルActivated GluA4 homotetrameric AMPAR.
マップデータFull map of the GluA4 active state.
試料
  • 複合体: Octameric complex of four GluA4 subunits in complex with four TARP gamma 2 subunits.
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Glutamate receptor 4
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
  • リガンド: GLUTAMIC ACID
  • リガンド: CYCLOTHIAZIDE
キーワードAMPAR / Ion Channel / Glutamate Receptor / Ligand-gated / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Presynaptic depolarization and calcium channel opening / LGI-ADAM interactions / Trafficking of AMPA receptors / eye blink reflex / positive regulation of protein localization to basolateral plasma membrane / cerebellar mossy fiber / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / regulation of AMPA receptor activity / Trafficking of AMPA receptors / kainate selective glutamate receptor complex ...Presynaptic depolarization and calcium channel opening / LGI-ADAM interactions / Trafficking of AMPA receptors / eye blink reflex / positive regulation of protein localization to basolateral plasma membrane / cerebellar mossy fiber / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / regulation of AMPA receptor activity / Trafficking of AMPA receptors / kainate selective glutamate receptor complex / channel regulator activity / membrane hyperpolarization / regulation of synapse structure or activity / nervous system process / Synaptic adhesion-like molecules / protein targeting to membrane / voltage-gated calcium channel complex / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Activation of AMPA receptors / neuromuscular junction development / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / AMPA glutamate receptor activity / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / transmission of nerve impulse / AMPA glutamate receptor complex / ionotropic glutamate receptor complex / membrane depolarization / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / voltage-gated calcium channel activity / response to fungicide / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glutamate-gated receptor activity / somatodendritic compartment / presynaptic active zone membrane / ionotropic glutamate receptor binding / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / synaptic transmission, glutamatergic / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / response to calcium ion / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / dendritic spine / chemical synaptic transmission / postsynaptic density / neuronal cell body / synapse / dendrite / glutamatergic synapse / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, gamma-2 subunit / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site ...Voltage-dependent calcium channel, gamma-2 subunit / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit / Glutamate receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Hale WD / Huganir RL / Twomey EC
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)K99MH132811 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R37NS036715 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM154904 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Conformational Plasticity Tunes the GluA4 Channel Gate
著者: Hale WD / Huganir RL / Twomey EC
履歴
登録2025年6月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月28日-
マップ公開2026年1月28日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_71405.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71405.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map of the GluA4 active state.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 400 pix.
= 372. Å		0.93 Å/pix.
x 400 pix.
= 372. Å		0.93 Å/pix.
x 400 pix.
= 372. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.8168389 - 1.3084782
平均 (標準偏差)0.0006915838 (±0.019661436)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 372.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

+
追加マップ: LBD/TMD map of the GluA4 active state used for model building.

ファイルemd_71405_additional_1.map
注釈LBD/TMD map of the GluA4 active state used for model building.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map A corresponding to NTD class 6.

ファイルemd_71405_additional_10.map
注釈Half map A corresponding to NTD class 6.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Map corresponding to NTD class 6.

ファイルemd_71405_additional_11.map
注釈Map corresponding to NTD class 6.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Map corresponding to NTD class 8.

ファイルemd_71405_additional_12.map
注釈Map corresponding to NTD class 8.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map A of the LBD/TMD map of...

ファイルemd_71405_additional_2.map
注釈Half map A of the LBD/TMD map of the GluA4 active state used for model building.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map B of the LBD/TMD map of...

ファイルemd_71405_additional_3.map
注釈Half map B of the LBD/TMD map of the GluA4 active state used for model building.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map A corresponding to NTD Class 9.

ファイルemd_71405_additional_4.map
注釈Half map A corresponding to NTD Class 9.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map A corresponding to NTD class 8.

ファイルemd_71405_additional_5.map
注釈Half map A corresponding to NTD class 8.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map B corresponding to NTD class 8.

ファイルemd_71405_additional_6.map
注釈Half map B corresponding to NTD class 8.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map B corresponding to NTD Class 9.

ファイルemd_71405_additional_7.map
注釈Half map B corresponding to NTD Class 9.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half map B corresponding to NTD class 6.

ファイルemd_71405_additional_8.map
注釈Half map B corresponding to NTD class 6.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Map corresponding to NTD Class 9.

ファイルemd_71405_additional_9.map
注釈Map corresponding to NTD Class 9.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: Half map A of the full map of the GluA4 active state.

ファイルemd_71405_half_map_1.map
注釈Half map A of the full map of the GluA4 active state.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: Half map B of the full map of the GluA4 active state

ファイルemd_71405_half_map_2.map
注釈Half map B of the full map of the GluA4 active state
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Octameric complex of four GluA4 subunits in complex with four TAR...

全体名称: Octameric complex of four GluA4 subunits in complex with four TARP gamma 2 subunits.
要素
  • 複合体: Octameric complex of four GluA4 subunits in complex with four TARP gamma 2 subunits.
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Glutamate receptor 4
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit
  • リガンド: GLUTAMIC ACID
  • リガンド: CYCLOTHIAZIDE

-
超分子 #1: Octameric complex of four GluA4 subunits in complex with four TAR...

超分子名称: Octameric complex of four GluA4 subunits in complex with four TARP gamma 2 subunits.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

-
分子 #1: Isoform 2 of Glutamate receptor 4

分子名称: Isoform 2 of Glutamate receptor 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 95.140234 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGKIMHISVL LSPVLWGLIF GVSSVQIGGL FIRNTDQEYT AFRLAIFLHN TSPNASEAPF NLVPHVDNIE TANSFAVTNA FCSQYSRGV FAIFGLYDKR SVHTLTSFCS ALHISLITPS FPTEGESQFV LQLRPSLRGA LLSLLDHYEW NCFVFLYDTD R GYSILQAI ...文字列:
MGKIMHISVL LSPVLWGLIF GVSSVQIGGL FIRNTDQEYT AFRLAIFLHN TSPNASEAPF NLVPHVDNIE TANSFAVTNA FCSQYSRGV FAIFGLYDKR SVHTLTSFCS ALHISLITPS FPTEGESQFV LQLRPSLRGA LLSLLDHYEW NCFVFLYDTD R GYSILQAI MEKAGQNGWH VSAICVENFN DVSYRQLLEE LDRRQEKKFV IDCEIERLQN ILEQIVSVGK HVKGYHYIIA NL GFKDISL ERFIHGGANV TGFQLVDFNT PMVTKLMDRW KKLDQREYPG SETPPKYTSA LTYDGVLVMA ETFRSLRRQK IDI SRRGNA GDCLANPAAP WGQGIDMERT LKQVRIQGLT GNVQFDHYGR RVNYTMDVFE LKSTGPRKVG YWNDMDKLVL IQDM PTLGN DTAAIENRTV VVTTIMESPY VMYKKNHEMF EGNDKYEGYC VDLASEIAKH IGIKYKIAIV PDGKYGARDA DTKIW NGMV GELVYGKAEI AIAPLTITLV REEVIDFSKP FMSLGISIMI KKPQKSKPGV FSFLDPLAYE IWMCIVFAYI GVSVVL FLV SRFSPYEWHT EEPEDGKEGP SDQPPNEFGI FNSLWFSLGA FMQQGCDISP RSLSGRIVGG VWWFFTLIII SSYTANL AA FLTVERMVSP IESAEDLAKQ TEIAYGTLDS GSTKEFFRRS KIAVYEKMWT YMRSAEPSVF TRTTAEGVAR VRKSKGKF A FLLESTMNEY IEQRKPCDTM KVGGNLDSKG YGVATPKGSS LRTPVNLAVL KLSEAGVLDK LKNKWWYDKG ECGPKDSGS KDKTSALSLS NVAGVFYILV GGLGLAMLVA LIEFCYKSRA EAKRMK

UniProtKB: Glutamate receptor 4

-
分子 #2: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

分子名称: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.066498 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GLFDRGVQML LTTVGAFAAF SLMTIAVGTD YWLYSRGVCK TKSVSEDETS KKNEEVMTHS GLWRTCCLEG NFKGLCKQID HFPEDADYE ADTAEYFLRA VRASSIFPIL SVILLFMGGL CIAASEFYKT RHNIILSAGI FFVSAGLSNI IGIIVYISAN A GDPSKSDS ...文字列:
GLFDRGVQML LTTVGAFAAF SLMTIAVGTD YWLYSRGVCK TKSVSEDETS KKNEEVMTHS GLWRTCCLEG NFKGLCKQID HFPEDADYE ADTAEYFLRA VRASSIFPIL SVILLFMGGL CIAASEFYKT RHNIILSAGI FFVSAGLSNI IGIIVYISAN A GDPSKSDS KKNSYSYGWS FYFGALSFII AEMVGVLAVH MFIDRHKQLT G

UniProtKB: Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit

-
分子 #3: GLUTAMIC ACID

分子名称: GLUTAMIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: GLU
分子量理論値: 147.129 Da
Chemical component information

ChemComp-GLU:
GLUTAMIC ACID

-
分子 #4: CYCLOTHIAZIDE

分子名称: CYCLOTHIAZIDE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: CYZ
分子量理論値: 389.878 Da
Chemical component information

ChemComp-CYZ:
CYCLOTHIAZIDE

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 253513
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る