EMDB-71280: HmuS heme dechelatase: disordered domain 1, heme free.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-71280

タイトル

HmuS heme dechelatase: disordered domain 1, heme free.

マップデータ

HmuS disordered head domain, no heme at site 1

試料

複合体: HmuS in complex with heme
- タンパク質・ペプチド: HmuS heme dechelatase
リガンド: SODIUM ION
リガンド: water

キーワード

Iron / Microbiome / Heme / METAL TRANSPORT

機能・相同性

cobaltochelatase activity / CobN/magnesium chelatase / CobN/Magnesium Chelatase / membrane / Cobaltochelatase subunit CobN

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Gauvin CC / Nath AK / Rodrigues da Silva R / Akpoto E / Dubois JL / Lawrence CM

資金援助

米国, 3件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)		米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DBI-1828765	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30GM140963	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: HmuS Heme Dechelatase: Disordered Domain 1, Heme Free
著者: Nath AK / Rodrigues da Silva R / Gauvin CC / Akpoto E / Lawrence CM / Dubois JL

履歴

登録	2025年6月17日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年9月24日	-
マップ公開	2025年9月24日	-
更新	2025年9月24日	-
現状	2025年9月24日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_71280.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_71280.map.gz	63.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-71280-v30.xml emd-71280.xml	22.2 KB 22.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_71280_fsc.xml	10.5 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_71280.png	90.7 KB
マスクデータ	emd_71280_msk_1.map	125 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-71280.cif.gz	7.4 KB
その他	emd_71280_half_map_1.map.gz emd_71280_half_map_2.map.gz	116 MB 116 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-71280 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-71280	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_71280_validation.pdf.gz	758.5 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_71280_full_validation.pdf.gz	758 KB	表示
XML形式データ	emd_71280_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_71280_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-71280 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-71280	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9p4sMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_71280.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

HmuS disordered head domain, no heme at site 1

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.91 Å/pix. x 320 pix. = 289.92 Å	0.91 Å/pix. x 320 pix. = 289.92 Å	0.91 Å/pix. x 320 pix. = 289.92 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.906 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.035
最小 - 最大	-0.09066388 - 0.26066428
平均 (標準偏差)	0.00007903569 (±0.005441104)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_71280_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B

ファイル

emd_71280_half_map_1.map

注釈

Half map B

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A

ファイル

emd_71280_half_map_2.map

注釈

Half map A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : HmuS in complex with heme

全体	名称: HmuS in complex with heme
要素	複合体: HmuS in complex with heme タンパク質・ペプチド: HmuS heme dechelatase リガンド: SODIUM ION リガンド: water

-
超分子 #1: HmuS in complex with heme

超分子	名称: HmuS in complex with heme / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
分子量	理論値: 153.058 KDa

-
分子 #1: HmuS heme dechelatase

分子	名称: HmuS heme dechelatase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
分子量	理論値: 162.423281 KDa
組換発現	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列	文字列: MKKKSKIILG GCIVVAALIG LSVWNTWFSA TKIAFVNFQT IQQGSISKAN DNSFIKLSEV SLDNLDRLTS YDMVFINGMG LRIVEEQRQ QIQQAADKGI PVYTSMATNP ANNICNLDSI QQNLIRGYLS NGGKTNYRNM LNYIRKAIDG KASAVPEVED P IERPSDML ...文字列: MKKKSKIILG GCIVVAALIG LSVWNTWFSA TKIAFVNFQT IQQGSISKAN DNSFIKLSEV SLDNLDRLTS YDMVFINGMG LRIVEEQRQ QIQQAADKGI PVYTSMATNP ANNICNLDSI QQNLIRGYLS NGGKTNYRNM LNYIRKAIDG KASAVPEVED P IERPSDML YHAGISNPDD EQEFLTVADY EKFMQENNLY KEGARKIMIT GQMADATDLI KALENAGYNV YPVQSMTRFM SF IEEVQPD AVINMAHGRM GDKMVDYLKA RNILLFAPLT INSLVDEWEN DPMGMSGGFM SQSIVTPEID GAIRPFALFA QYE DKEGLR HSYAVPERLK TFVSTIDNYL NLKTKPNFEK KVAIYYYKGP GQNALTAAGM EVVPSLYNLL LRMKQEGYNI SGLP ANAQE LGKMIQAQGA VFNAYAEGAF NDFMQNGHPE LITKEQYESW VKESLRPEKY QEVVDAFGEF PGNYMVTPDG KLGIA RLQF GNVVLLPQNA AGSGDNSFQV VHGTDMAPPH TYIASYLWMQ HGFKADALIH FGTHGSLEFT PRKQVALCSN DWPDRL VGA VPHYYLYSIG NVGEGMMAKR RSYATLQSYL TPPFLESSVR GIYRELMEKI KIYNNSQKAN KDQESLAVKT LTVKMGI HR DLGLDSMANK PYTEDEIARV ENFAEELATE KITGQLYTMG VPYEPERITS SVYAMATEPI AYSLFALDKQ RGKATESA E KHRSVFTQQY LMPARLLVER LMANPSLATD ELICHTAGIT PQELAKARQI EAERNAPKGM MAMMMAAAAK KDQADNEPS GNGHPASAKM EKGPHGKMPA GMKEAMKKMG ANMDPEKAME MAKSMGASPE ALKKMEASMK ANKDTSTDAS GKPAMAGKTE KPQGMSAMM AAMGKAPKEY SKEEVEFALA VAEVERTIKN VGNYKNALLT SPEEELSSLM NALKGGYTAP TPGGDPIANP N TLPTGRNM YAINAEATPT ESAWEKGIAL AKQTIDRYKQ RHNDSIPRKV SYTLWSSEFI ETGGATIAQV LYMLGVEPVR DA FGRVSDL KLIPSTELGR PRIDVVVQTS GQLRDLAASR LFLINRAVEM AAAAKDDKYE NQVASSVIEA ERVLTEKGLS PKD AREIST FRVFGGANGM YGTGIQEMVE SGDRWENESE IADTYLNNMG AYYGSEKNWE VFQKFAFEAA LTRTDVVVQP RQSN TWGAL SLDHVYEFMG GMNLAVRNVT GKDPDAYLSD YRNRNHMKMQ ELKEAVGVES RTTILNPTYI KEKMKGGASS ASEFA EVIT NTYGWNVMKP AAIDKELWDN IYNVYVKDEL NLGVKQYFEQ QNPAALEEMT AVMLESARKG LWQASEEQVA ELSKLH TEI VNTYRPSCSG FVCDNAKLRD FIASKADAQT ATQYKENISK IREAKASGSN KGVVMKKEEM NQTAENQTNT LSNVAVG IA VIIVILALIL FVRKRRKSSQ M UniProtKB: Cobaltochelatase subunit CobN

-
分子 #2: SODIUM ION

分子	名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2
分子量	理論値: 22.99 Da

-
分子 #3: water

分子	名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 95 / 式: HOH
分子量	理論値: 18.015 Da
Chemical component information	ChemComp-HOH: WATER

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

1.5 mg/mL

緩衝液

pH: 7.1
構成要素:

濃度	式	名称
20.0 mM	C₄H₁₁NO₃Cl	Tris-Cl
250.0 mM	NaCl	Sodium Chloride

グリッド

モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 100.0 kPa

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TALOS ARCTICA
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12602 / 平均露光時間: 3.06 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 55187 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 18955798 / 詳細: Blob picked, then particles washed to give
CTF補正	ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 3795134
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
最終 3次元分類	ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル	Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化	空間: REAL
得られたモデル	PDB-9p4s: HmuS heme dechelatase: disordered domain 1, heme free.

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
マスク #1

-
ハーフマップ: Half map B

-
ハーフマップ: Half map A

-
試料の構成要素

-
全体 : HmuS in complex with heme

-
超分子 #1: HmuS in complex with heme

-
分子 #1: HmuS heme dechelatase

-
分子 #2: SODIUM ION

-
分子 #3: water

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

+
画像解析

-
原子モデル構築 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-マップ

画像のコントロールX

-添付データ

-マスク #1

-ハーフマップ: Half map B

-ハーフマップ: Half map A

-試料の構成要素

-全体 : HmuS in complex with heme

-超分子 #1: HmuS in complex with heme

-分子 #1: HmuS heme dechelatase

-分子 #2: SODIUM ION

-分子 #3: water

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

+画像解析

-原子モデル構築 1

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
マスク #1

-
ハーフマップ: Half map B

-
ハーフマップ: Half map A

-
試料の構成要素

-
全体 : HmuS in complex with heme

-
超分子 #1: HmuS in complex with heme

-
分子 #1: HmuS heme dechelatase

-
分子 #2: SODIUM ION

-
分子 #3: water

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

+
画像解析

-
原子モデル構築 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)