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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7125 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Recombinant major vault protein [Rattus norvegicus] structure in solution: conformation 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Vault Recombinant protein structure Engineered nano-particle / STRUCTURAL PROTEIN | ||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein activation cascade / negative regulation of protein autophosphorylation / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cell population proliferation / cytoskeleton / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding ...protein activation cascade / negative regulation of protein autophosphorylation / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cell population proliferation / cytoskeleton / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Ding K / Zhang X | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 9件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: Solution Structures of Engineered Vault Particles. 著者: Ke Ding / Xing Zhang / Jan Mrazek / Valerie A Kickhoefer / Mason Lai / Hwee L Ng / Otto O Yang / Leonard H Rome / Z Hong Zhou / 要旨: Prior crystal structures of the vault have provided clues of its structural variability but are non-conclusive due to crystal packing. Here, we obtained vaults by engineering at the N terminus of rat ...Prior crystal structures of the vault have provided clues of its structural variability but are non-conclusive due to crystal packing. Here, we obtained vaults by engineering at the N terminus of rat major vault protein (MVP) an HIV-1 Gag protein segment and determined their near-atomic resolution (∼4.8 Å) structures in a solution/non-crystalline environment. The barrel-shaped vaults in solution adopt two conformations, 1 and 2, both with D39 symmetry. From the N to C termini, each MVP monomer has three regions: body, shoulder, and cap. While conformation 1 is identical to one of the crystal structures, the shoulder in conformation 2 is translocated longitudinally up to 10 Å, resulting in an outward-projected cap. Our structures clarify the structural discrepancies in the body region in the prior crystallography models. The vault's drug-delivery potential is highlighted by the internal disposition and structural flexibility of its Gag-loaded N-terminal extension at the barrel waist of the engineered vault. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7125.map.gz | 2.5 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7125-v30.xml emd-7125.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7125.png | 164.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7125.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7125 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7125 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7125.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Major vault protein [Rattus norvegicus]
全体 | 名称: Major vault protein [Rattus norvegicus] |
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要素 |
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-超分子 #1: Major vault protein [Rattus norvegicus]
超分子 | 名称: Major vault protein [Rattus norvegicus] / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
-分子 #1: Major vault protein
分子 | 名称: Major vault protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 103.931305 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MTPRTLNAWV KVVEEKAFSP EVIPMFTALS EGATPSDLNT MLNTIGGHQA AMQMLKDTIN EEAAEWDRGF LGLMATEEAI IRIPPYHYI HVLDQNSNVS RVEVGPKTYI RQDNERVLFA PVRMVTVPPR HYCIVANPVS RDTQSSVLFD ITGQVRLRHA D QEIRLAQD ...文字列: MTPRTLNAWV KVVEEKAFSP EVIPMFTALS EGATPSDLNT MLNTIGGHQA AMQMLKDTIN EEAAEWDRGF LGLMATEEAI IRIPPYHYI HVLDQNSNVS RVEVGPKTYI RQDNERVLFA PVRMVTVPPR HYCIVANPVS RDTQSSVLFD ITGQVRLRHA D QEIRLAQD PFPLYPGEVL EKDITPLQVV LPNTALHLKA LLDFEDKNGD KVMAGDEWLF EGPGTYIPQK EVEVVEIIQA TV IKQNQAL RLRARKECFD REGKGRVTGE EWLVRSVGAY LPAVFEEVLD LVDAVILTEK TALHLRALQN FRDLRGVLHR TGE EWLVTV QDTEAHVPDV YEEVLGVVPI TTLGPRHYCV ILDPMGPDGK NQLGQKRVVK GEKSFFLQPG ERLERGIQDV YVLS EQQGL LLKALQPLEE GESEEKVSHQ AGDCWLIRGP LEYVPSAKVE VVEERQAIPL DQNEGIYVQD VKTGKVRAVI GSTYM LTQD EVLWEKELPS GVEELLNLGH DPLADRGQKG TAKPLQPSAP RNKTRVVSYR VPHNAAVQVY DYRAKRARVV FGPELV TLD PEEQFTVLSL SAGRPKRPHA RRALCLLLGP DFFTDVITIE TADHARLQLQ LAYNWHFELK NRNDPAEAAK LFSVPDF VG DACKAIASRV RGAVASVTFD DFHKNSARII RMAVFGFEMS EDTGPDGTLL PKARDQAVFP QNGLVVSSVD VQSVEPVD Q RTRDALQRSV QLAIEITTNS QEAAAKHEAQ RLEQEARGRL ERQKILDQSE AEKARKELLE LEAMSMAVES TGNAKAEAE SRAEAARIEG EGSVLQAKLK AQALAIETEA ELERVKKVRE MELIYARAQL ELEVSKAQQL ANVEAKKFKE MTEALGPGTI RDLAVAGPE MQVKLLQSLG LKSTLITDGS SPINLFSTAF GLLGLGSDGQ PPAQK UniProtKB: Major vault protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 32.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9669 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |