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- EMDB-71113: ExoSloNano: STA on nucleosomes from cryo-FIB-ET -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71113
タイトルExoSloNano: STA on nucleosomes from cryo-FIB-ET
マップデータSubtomogram analysis of 4955 particles from in situ cryo-ET data
試料
  • 複合体: Nucleosomes from RPE1 mH2A/H2AFY-Halo cells treated with Streptolysin O and 1.4 nm-HaloAlexaNanogold-595.
キーワードSubtomogram analysis of nucleosomes / NUCLEAR PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Young L / Zhou H / Villa E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用
ジャーナル: Nat Methods / 年: 2026
タイトル: ExoSloNano: multimodal nanogold labels for identification of macromolecules in live cells and cryo-electron tomograms.
著者: Lindsey N Young / Alice Sherrard / Huabin Zhou / Farhaz Shaikh / Joshua Hutchings / Margot Riggi / Mythreyi Narasimhan / W Alexander Flaherty / Eric J Bennett / Michael K Rosen / Antonio J ...著者: Lindsey N Young / Alice Sherrard / Huabin Zhou / Farhaz Shaikh / Joshua Hutchings / Margot Riggi / Mythreyi Narasimhan / W Alexander Flaherty / Eric J Bennett / Michael K Rosen / Antonio J Giraldez / Elizabeth Villa /
要旨: In situ cryo-electron microscopy (cryo-EM) enables the direct interrogation of structure-function relationships by resolving macromolecular structures in their native cellular environment. Recent ...In situ cryo-electron microscopy (cryo-EM) enables the direct interrogation of structure-function relationships by resolving macromolecular structures in their native cellular environment. Recent progress in sample preparation, imaging and data processing has enabled the identification and determination of large biomolecular complexes. However, the majority of proteins are of a size that still eludes identification in cellular cryo-EM data, and most proteins exist in low copy numbers. Therefore, novel tools are needed for cryo-EM to identify macromolecules across multiple size scales (from microns to nanometers). Here we introduce nanogold probes for detecting specific proteins using correlative light and electron microscopy, cryo-electron tomography (cryo-ET) and resin-embedded electron microscopy. These nanogold probes can be introduced into live cells, in a manner that preserves intact molecular networks and cell viability. We use this ExoSloNano system to identify both cytoplasmic and nuclear proteins by room-temperature electron microscopy, and resolve associated structures by cryo-ET. By providing high-efficiency protein labeling in live cells and molecular specificity within cryo-ET tomograms, ExoSloNano expands the proteome available to electron microscopy.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: ExoSloNano: Multi-Modal Nanogold Tags for identification of Macromolecules in Live Cells & Cryo-Electron Tomograms
著者: Young LN / Sherrard A / Zhou H / Shaikh F / Hutchings J / Riggi M / Rosen MK / Giraldez AJ / Villa E
履歴
登録2025年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71113.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71113.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 844.7 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram analysis of 4955 particles from in situ cryo-ET data
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4 Å/pix.
x 60 pix.
= 240. Å		4 Å/pix.
x 60 pix.
= 240. Å		4 Å/pix.
x 60 pix.
= 240. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.08
最小 - 最大-0.58691376 - 2.5819871
平均 (標準偏差)0.01932495 (±0.13050084)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ606060
Spacing606060
セルA=B=C: 240.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_71113_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered half-map

ファイルemd_71113_half_map_1.map
注釈Unfiltered half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered half-amp

ファイルemd_71113_half_map_2.map
注釈Unfiltered half-amp
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nucleosomes from RPE1 mH2A/H2AFY-Halo cells treated with Streptol...

全体名称: Nucleosomes from RPE1 mH2A/H2AFY-Halo cells treated with Streptolysin O and 1.4 nm-HaloAlexaNanogold-595.
要素
  • 複合体: Nucleosomes from RPE1 mH2A/H2AFY-Halo cells treated with Streptolysin O and 1.4 nm-HaloAlexaNanogold-595.

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超分子 #1: Nucleosomes from RPE1 mH2A/H2AFY-Halo cells treated with Streptol...

超分子名称: Nucleosomes from RPE1 mH2A/H2AFY-Halo cells treated with Streptolysin O and 1.4 nm-HaloAlexaNanogold-595.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Human RPE1 mH2A cells
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: RPE1 H2AFY-Halo
分子量理論値: 200 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R1/4 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
実像数: 1 / 平均電子線量: 4.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / 使用したサブトモグラム数: 4955
抽出トモグラム数: 11 / 使用した粒子像数: 6603 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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