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- EMDB-70906: CryoEM structural insight into the breast cancer pH regulator NBCn1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70906
タイトルCryoEM structural insight into the breast cancer pH regulator NBCn1
マップデータStructural insight into the breast cancer pH regulator NBCn1
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Transporter branched with NAG and complexed with sodium ions and carbonate.
    • タンパク質・ペプチド: Sodium bicarbonate cotransporter 3
  • リガンド: CARBONATE ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: SODIUM ION
キーワードTransporter / sodium and carbonate cotransporter / pH regulator / breast cancers / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium:bicarbonate symporter activity / phagosome acidification / Bicarbonate transporters / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / auditory receptor cell development / monoatomic anion transmembrane transporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / stereocilium / purine nucleotide biosynthetic process / bicarbonate transport ...sodium:bicarbonate symporter activity / phagosome acidification / Bicarbonate transporters / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / auditory receptor cell development / monoatomic anion transmembrane transporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / stereocilium / purine nucleotide biosynthetic process / bicarbonate transport / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / regulation of intracellular pH / cellular response to growth factor stimulus / transmembrane transport / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Band 3 cytoplasmic domain / Band 3 cytoplasmic domain / Phosphotransferase/anion transporter / Bicarbonate transporter, eukaryotic / Bicarbonate transporter-like, transmembrane domain / HCO3- transporter integral membrane domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium bicarbonate cotransporter 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Weiguang W / Hristina RZ / Kirill T / Hong Z / Alexander P / Ira K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structural insight into the breast cancer pH regulator NBCn1
著者: Weiguang W / Hristina RZ / Kirill T / Sridhar D / Ehecatl GA / Rustam A / Natalia A / Liyo K / Dora A / Peter T / Hong Z / Alexander P / Ira K
履歴
登録2025年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70906.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70906.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structural insight into the breast cancer pH regulator NBCn1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.4 Å		1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.4 Å		1.1 Å/pix.
x 384 pix.
= 422.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-2.7745883 - 4.1858244
平均 (標準偏差)0.00033015656 (±0.042865574)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Additional Map

ファイルemd_70906_additional_1.map
注釈Additional Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_70906_half_map_1.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_70906_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Transporter branched with NAG and complexed with sodium ions and ...

全体名称: Transporter branched with NAG and complexed with sodium ions and carbonate.
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Transporter branched with NAG and complexed with sodium ions and carbonate.
    • タンパク質・ペプチド: Sodium bicarbonate cotransporter 3
  • リガンド: CARBONATE ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: SODIUM ION

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超分子 #1: Transporter branched with NAG and complexed with sodium ions and ...

超分子名称: Transporter branched with NAG and complexed with sodium ions and carbonate.
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium bicarbonate cotransporter 3

分子名称: Sodium bicarbonate cotransporter 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 136.218531 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MERFRLEKKL PGPDEEAVVD LGKTSSTVNT KFEKEELESH RAVYIGVHVP FSKESRRRHR HRGHKHHHRR RKDKESDKED GRESPSYDT PSQRVQFILG TEDDDEEHIP HDLFTEMDEL CYRDGEEYEW KETARWLKFE EDVEDGGDRW SKPYVATLSL H SLFELRSC ...文字列:
MERFRLEKKL PGPDEEAVVD LGKTSSTVNT KFEKEELESH RAVYIGVHVP FSKESRRRHR HRGHKHHHRR RKDKESDKED GRESPSYDT PSQRVQFILG TEDDDEEHIP HDLFTEMDEL CYRDGEEYEW KETARWLKFE EDVEDGGDRW SKPYVATLSL H SLFELRSC ILNGTVMLDM RASTLDEIAD MVLDNMIASG QLDESIRENV REALLKRHHH QNEKRFTSRI PLVRSFADIG KK HSDPHLL ERNGEGLSAS RHSLRTGLSA SNLSLRGESP LSLLLGHLLP SSRAGTPAGS RCTTPVPTPQ NSPPSSPSIS RLT SRSSQE SQRQAPELLV SPASDDIPTV VIHPPEEDLE AALKGEEQKN EENVDLTPGI LASPQSAPGN LDNSKSGEIK GNGS GGSRE NSTVDFSKVD MNFMRKIPTG AEASNVLVGE VDFLERPIIA FVRLAPAVLL TGLTEVPVPT RFLFLLLGPA GKAPQ YHEI GRSIATLMTD EIFHDVAYKA KDRNDLLSGI DEFLDQVTVL PPGEWDPSIR IEPPKSVPSQ EKRKIPVFHN GSTPTL GET PKEAAHHAGP ELQRTGRLFG GLILDIKRKA PFFLSDFKDA LSLQCLASIL FLYCACMSPV ITFGGLLGEA TEGRISA IE SLFGASLTGI AYSLFAGQPL TILGSTGPVL VFEKILYKFC RDYQLSYLSL RTSIGLWTSF LCIVLVATDA SSLVCYIT R FTEEAFAALI CIIFIYEALE KLFDLGETYA FNMHNNLDKL TSYSCVCTEP PNPSNETLAQ WKKDNITAHN ISWRNLTVS ECKKLRGVFL GSACGHHGPY IPDVLFWCVI LFFTTFFLSS FLKQFKTKRY FPTKVRSTIS DFAVFLTIVI MVTIDYLVGV PSPKLHVPE KFEPTHPERG WIISPLGDNP WWTLLIAAIP ALLCTILIFM DQQITAVIIN RKEHKLKKGA GYHLDLLMVG V MLGVCSVM GLPWFVAATV LSISHVNSLK VESECSAPGE QPKFLGIREQ RVTGLMIFIL MGLSVFMTSV LKFIPMPVLY GV FLYMGVS SLKGIQLFDR IKLFGMPAKH QPDLIYLRYV PLWKVHIFTV IQLTCLVLLW VIKVSAAAVV FPMMVLALVF VRK LMDLCF TKRELSWLDD LMPESKKKKE DDKKKKEKEE AERMLQDDDD TVHLPFEGGS LLQIPVKALK YSPDKPVSVK ISFE DEPRK KYVDAETSL

UniProtKB: Sodium bicarbonate cotransporter 3

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分子 #3: CARBONATE ION

分子名称: CARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CO3
分子量理論値: 60.009 Da
Chemical component information

ChemComp-CO3:
CARBONATE ION

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #5: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
115.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMTris-HClTris aminomethane
25.0 mMNaHCO3sodium bicarbonate
0.01 %LMNGLMNG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 79.0 K / 最高: 95.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16274 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2560294
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Generated by cryoSPARC Ab-initial model
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 使用した粒子像数: 267909
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1b)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9ovr:
CryoEM structural insight into the breast cancer pH regulator NBCn1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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