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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the T9SS PORkN ring complex of P. Gingivalis | |||||||||
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![]() | T9SS / Type IX SECRETION SYSTEM / PORKN RING COMPLEX / PORPHYROMONAS GINGIVALIS / PROTEIN TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Liu X / Song L / Zheng L / Hu B | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of the T9SS ring complex reveals conformational plasticity based on the repurposed FGE fold 著者: Liu X / Perpich J / Song L / Cambillau C / Doan T / Zheng L / Lamont RJ / Cascales E / Hu B | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 6.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 110.4 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 30.5 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 28 MB 28 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 966.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 966.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9otsMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_70857_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_70857_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : T9SS PorKN ring complex
全体 | 名称: T9SS PorKN ring complex |
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要素 |
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-超分子 #1: T9SS PorKN ring complex
超分子 | 名称: T9SS PorKN ring complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Por secretion system protein porK/gldK
分子 | 名称: Por secretion system protein porK/gldK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 33277 |
分子量 | 理論値: 55.979594 KDa |
配列 | 文字列: MCRKNRFFAL AGFFLFGVFT ISSCGSSKRA VGGELTGAKL SSWNEPSPFG MIQVPRGSIV LGNKEADSLW GIPAESRPIS VDAFWMDRT EITNAQYRQF VYYVRDSIIR ERLADPAYGG NEEYKITENK FGEPVTPHLD WSKPIPSEKR ATEEEIAAIN S VYYTNPVT ...文字列: MCRKNRFFAL AGFFLFGVFT ISSCGSSKRA VGGELTGAKL SSWNEPSPFG MIQVPRGSIV LGNKEADSLW GIPAESRPIS VDAFWMDRT EITNAQYRQF VYYVRDSIIR ERLADPAYGG NEEYKITENK FGEPVTPHLD WSKPIPSEKR ATEEEIAAIN S VYYTNPVT HDRKLNPDQM VYRYEVYDYR SAALREHQLK AAKRNLNTDI KVDPNAVVMI SKDTAFVDES GNIISETITR PL SSEYDFL NTYIVPIYPD ETCWVNDFPN ARTEIYTRMY FNHPGYDDYP VVGISWEQAQ AFCAWRSEFF RKGIRLPEGQ IMD DFRLPT EAEWEYAARM GDSNNKYPWS TEDLRTGRGC FLGNFKPGEG DYTADGHLIP SRVSSFSPND FGLYDMAGNV AEWT STAFS ESGLKQMSDI NPELEYKAAL TDPYILKQKV VRGGSWKDVA RFIRSATRSH EYQNVGRSYI GFRCVRTSIA FSSGK APKS SRRSIKK UniProtKB: Por secretion system protein porK/gldK |
-分子 #2: Por secretion system protein porN/gldN
分子 | 名称: Por secretion system protein porN/gldN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 33277 |
分子量 | 理論値: 41.519016 KDa |
配列 | 文字列: MKVFKAVIGA ILAATVSIPS VAQENTNNRS PQVGRAPRNT EVEQMTTLSN RAQEFNRRLT QKTDNAPWRR VVYRRVDLME ESNAVLYYP PRPIGDRKNL FSTIFGLINS NSLDVYEYLD GFEAFTDQYK IKFQEFLDRF GIYYQPSTNK NAELFKVADS D IPSAEVKA ...文字列: MKVFKAVIGA ILAATVSIPS VAQENTNNRS PQVGRAPRNT EVEQMTTLSN RAQEFNRRLT QKTDNAPWRR VVYRRVDLME ESNAVLYYP PRPIGDRKNL FSTIFGLINS NSLDVYEYLD GFEAFTDQYK IKFQEFLDRF GIYYQPSTNK NAELFKVADS D IPSAEVKA YYVKEEWYFT PTNSDVDIKI QAICPIMTGQ DEFGEVRNQP LFWIPYENIR PYIARERVML SSLNNTRNST ID DFFRLNL YKGDIVKTEN LHNRALAEYC PTPDSMKMES KRIDKELQGF RDGLFVTQDT TWMKQVETKK SKGKKLEKAR GKN ITSRTR GQGEGAAETE AVEPKKQKAS KNKAATRSVR RRK UniProtKB: Por secretion system protein porN/gldN |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |