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- EMDB-70857: Cryo-EM structure of the T9SS PORkN ring complex of P. Gingivalis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70857
タイトルCryo-EM structure of the T9SS PORkN ring complex of P. Gingivalis
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: T9SS PorKN ring complex
  • タンパク質・ペプチド: Por secretion system protein porK/gldK
  • タンパク質・ペプチド: Por secretion system protein porN/gldN
キーワードT9SS / Type IX SECRETION SYSTEM / PORKN RING COMPLEX / PORPHYROMONAS GINGIVALIS / PROTEIN TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


formylglycine-generating oxidase activity
類似検索 - 分子機能
Gliding motility associated protein GldN / Gliding motility associated protein GldN / : / Sulfatase-modifying factor enzyme / Sulfatase-modifying factor enzyme 1-like domain / Sulfatase-modifying factor enzyme superfamily / C-type lectin fold / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Por secretion system protein porN/gldN / Por secretion system protein porK/gldK
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liu X / Song L / Zheng L / Hu B
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of the T9SS ring complex reveals conformational plasticity based on the repurposed FGE fold
著者: Liu X / Perpich J / Song L / Cambillau C / Doan T / Zheng L / Lamont RJ / Cascales E / Hu B
履歴
登録2025年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70857.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 200 pix.
= 220. Å
1.1 Å/pix.
x 200 pix.
= 220. Å
1.1 Å/pix.
x 200 pix.
= 220. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.39
最小 - 最大-1.3330309 - 2.866349
平均 (標準偏差)0.010063049 (±0.10892707)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 220.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_70857_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70857_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70857_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : T9SS PorKN ring complex

全体名称: T9SS PorKN ring complex
要素
  • 細胞器官・細胞要素: T9SS PorKN ring complex
  • タンパク質・ペプチド: Por secretion system protein porK/gldK
  • タンパク質・ペプチド: Por secretion system protein porN/gldN

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超分子 #1: T9SS PorKN ring complex

超分子名称: T9SS PorKN ring complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)

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分子 #1: Por secretion system protein porK/gldK

分子名称: Por secretion system protein porK/gldK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
: ATCC 33277
分子量理論値: 55.979594 KDa
配列文字列: MCRKNRFFAL AGFFLFGVFT ISSCGSSKRA VGGELTGAKL SSWNEPSPFG MIQVPRGSIV LGNKEADSLW GIPAESRPIS VDAFWMDRT EITNAQYRQF VYYVRDSIIR ERLADPAYGG NEEYKITENK FGEPVTPHLD WSKPIPSEKR ATEEEIAAIN S VYYTNPVT ...文字列:
MCRKNRFFAL AGFFLFGVFT ISSCGSSKRA VGGELTGAKL SSWNEPSPFG MIQVPRGSIV LGNKEADSLW GIPAESRPIS VDAFWMDRT EITNAQYRQF VYYVRDSIIR ERLADPAYGG NEEYKITENK FGEPVTPHLD WSKPIPSEKR ATEEEIAAIN S VYYTNPVT HDRKLNPDQM VYRYEVYDYR SAALREHQLK AAKRNLNTDI KVDPNAVVMI SKDTAFVDES GNIISETITR PL SSEYDFL NTYIVPIYPD ETCWVNDFPN ARTEIYTRMY FNHPGYDDYP VVGISWEQAQ AFCAWRSEFF RKGIRLPEGQ IMD DFRLPT EAEWEYAARM GDSNNKYPWS TEDLRTGRGC FLGNFKPGEG DYTADGHLIP SRVSSFSPND FGLYDMAGNV AEWT STAFS ESGLKQMSDI NPELEYKAAL TDPYILKQKV VRGGSWKDVA RFIRSATRSH EYQNVGRSYI GFRCVRTSIA FSSGK APKS SRRSIKK

UniProtKB: Por secretion system protein porK/gldK

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分子 #2: Por secretion system protein porN/gldN

分子名称: Por secretion system protein porN/gldN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
: ATCC 33277
分子量理論値: 41.519016 KDa
配列文字列: MKVFKAVIGA ILAATVSIPS VAQENTNNRS PQVGRAPRNT EVEQMTTLSN RAQEFNRRLT QKTDNAPWRR VVYRRVDLME ESNAVLYYP PRPIGDRKNL FSTIFGLINS NSLDVYEYLD GFEAFTDQYK IKFQEFLDRF GIYYQPSTNK NAELFKVADS D IPSAEVKA ...文字列:
MKVFKAVIGA ILAATVSIPS VAQENTNNRS PQVGRAPRNT EVEQMTTLSN RAQEFNRRLT QKTDNAPWRR VVYRRVDLME ESNAVLYYP PRPIGDRKNL FSTIFGLINS NSLDVYEYLD GFEAFTDQYK IKFQEFLDRF GIYYQPSTNK NAELFKVADS D IPSAEVKA YYVKEEWYFT PTNSDVDIKI QAICPIMTGQ DEFGEVRNQP LFWIPYENIR PYIARERVML SSLNNTRNST ID DFFRLNL YKGDIVKTEN LHNRALAEYC PTPDSMKMES KRIDKELQGF RDGLFVTQDT TWMKQVETKK SKGKKLEKAR GKN ITSRTR GQGEGAAETE AVEPKKQKAS KNKAATRSVR RRK

UniProtKB: Por secretion system protein porN/gldN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 2500000
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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