EMDB-70851: C32 reconstruction for the PorKN (single) ring complex of Type IX...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-70851

タイトル

C32 reconstruction for the PorKN (single) ring complex of Type IX Secretion System (T9SS)

マップデータ

試料

細胞器官・細胞要素: T9SS PorKN ring complex

キーワード

T9SS / Type IX SECRETION SYSTEM / PORKN RING COMPLEX / PORPHYROMONAS GINGIVALIS / PROTEIN TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN

生物種

Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.4 Å

データ登録者

Liu X / Song L / Hu B

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of the T9SS ring complex reveals conformational plasticity based on the repurposed FGE fold
著者: Liu X / Perpich J / Song L / Cambillau C / Doan T / Zheng L / Lamont RJ / Cascales E / Hu B

履歴

登録	2025年5月27日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年8月6日	-
マップ公開	2025年8月6日	-
更新	2025年8月6日	-
現状	2025年8月6日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_70851.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_70851.map.gz	709.7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-70851-v30.xml emd-70851.xml	14.1 KB 14.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_70851_fsc.xml	24.1 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_70851.png	84.7 KB
マスクデータ	emd_70851_msk_1.map	1.4 GB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-70851.cif.gz	4.1 KB
その他	emd_70851_half_map_1.map.gz emd_70851_half_map_2.map.gz	1.3 GB 1.3 GB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-70851 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-70851	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_70851_validation.pdf.gz	905 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_70851_full_validation.pdf.gz	904.6 KB	表示
XML形式データ	emd_70851_validation.xml.gz	34.1 KB	表示
CIF形式データ	emd_70851_validation.cif.gz	45.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-70851 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-70851	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	70849C 70850C 70853C 70854C 70856C 70857C 9otsC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_70851.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.1 Å/pix. x 720 pix. = 792. Å	1.1 Å/pix. x 720 pix. = 792. Å	1.1 Å/pix. x 720 pix. = 792. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.1 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.21
最小 - 最大	-0.28856587 - 0.6614272
平均 (標準偏差)	0.0008997782 (±0.029238947)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_70851_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_70851_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_70851_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : T9SS PorKN ring complex

全体	名称: T9SS PorKN ring complex
要素	細胞器官・細胞要素: T9SS PorKN ring complex

-
超分子 #1: T9SS PorKN ring complex

超分子	名称: T9SS PorKN ring complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₃₂ (32回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 10300
初期角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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