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- EMDB-70840: Rabbit 37496 base and gp120-GH epitope polyclonal Fabs in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70840
タイトルRabbit 37496 base and gp120-GH epitope polyclonal Fabs in complex with BG505 MD39.3 SOSIP
マップデータmain map
試料
  • 複合体: Rabbit 37496 base and V1/V3 epitope polyclonal Fabs in complex with BG505 MD39.3 SOSIP
    • 複合体: HIV-1 Env BG505 MD39.3 SOSIP gp140
    • 複合体: rabbit polyclonal Fabs
キーワードHIV-1 / Env / EMPEM / VIRAL PROTEIN
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Ozorowski G / Torres JL / Jackson AM / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1AI144462 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2025
タイトル: Vaccination with an mRNA-encoded membrane-bound HIV envelope trimer induces neutralizing antibodies in animal models.
著者: Parham Ramezani-Rad / Christopher A Cottrell / Ester Marina-Zárate / Alessia Liguori / Elise Landais / Jonathan L Torres / Amber Myers / Jeong Hyun Lee / Sabyasachi Baboo / Claudia Flynn / ...著者: Parham Ramezani-Rad / Christopher A Cottrell / Ester Marina-Zárate / Alessia Liguori / Elise Landais / Jonathan L Torres / Amber Myers / Jeong Hyun Lee / Sabyasachi Baboo / Claudia Flynn / Katherine McKenney / Eugenia Salcedo / Xiaoya Zhou / Oleksandr Kalyuzhniy / Erik Georgeson / Nicole Phelps / Danny Lu / Saman Eskandarzadeh / Sergey Menis / Michael Kubitz / Bettina Groschel / Nushin Alavi / Abigail M Jackson / Wen-Hsin Lee / Andy S Tran / Elana Ben-Akiva / Katarzyna Kaczmarek Michaels / Jolene K Diedrich / Chiamaka A Enemuo / Vanessa Lewis / Arpan Pradhan / Sudhir Pai Kasturi / Torben Schiffner / Jon M Steichen / Diane G Carnathan / Sunny Himansu / John R Yates / James C Paulson / Gabriel Ozorowski / Darrell J Irvine / Guido Silvestri / Devin Sok / Andrew B Ward / Shane Crotty / William R Schief /
要旨: A protective vaccine against human immunodeficiency virus (HIV) will likely need to induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs) that engage relatively conserved epitopes on the HIV envelope ...A protective vaccine against human immunodeficiency virus (HIV) will likely need to induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs) that engage relatively conserved epitopes on the HIV envelope glycoprotein (Env) trimer. Nearly all vaccine strategies to induce bnAbs require the use of complex immunization regimens involving a series of different immunogens, most of which are Env trimers. Producing protein-based clinical material to evaluate such relatively complex regimens in humans presents major challenges in cost and time. Furthermore, immunization with HIV trimers as soluble proteins induces strong nonneutralizing responses to the trimer base, which is normally occluded on the virion. These base responses could potentially detract from the elicitation of nAbs and the eventual induction of bnAbs. mRNA vaccine platforms offer potential advantages over protein delivery for HIV vaccine development, including increased production speed, reduced cost, and the ability to deliver membrane-bound trimers that might facilitate improved immuno-focusing to nonbase epitopes. We report the design of mRNA-delivered soluble and membrane-bound forms of a stabilized native-like Env trimer (BG505 MD39.3); initial immunogenicity evaluation in rabbits that triggered clinical evaluation; and more comprehensive evaluation of B cell, T cell, and antibody responses in nonhuman primates. mRNA-encoded membrane-bound Env immunization elicited reduced off-target base-directed Env responses and stronger nAb responses compared with mRNA-encoded soluble Env. Overall, mRNA delivery of membrane-bound Env appears promising for enhancing B cell responses to subdominant epitopes and facilitating rapid translation to clinical testing, which should assist HIV vaccine development.
履歴
登録2025年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70840.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70840.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.06 Å/pix.
x 192 pix.
= 395.52 Å		2.06 Å/pix.
x 192 pix.
= 395.52 Å		2.06 Å/pix.
x 192 pix.
= 395.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.03514845 - 0.096091904
平均 (標準偏差)0.00029280427 (±0.0051298644)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 395.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_70840_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_70840_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rabbit 37496 base and V1/V3 epitope polyclonal Fabs in complex wi...

全体名称: Rabbit 37496 base and V1/V3 epitope polyclonal Fabs in complex with BG505 MD39.3 SOSIP
要素
  • 複合体: Rabbit 37496 base and V1/V3 epitope polyclonal Fabs in complex with BG505 MD39.3 SOSIP
    • 複合体: HIV-1 Env BG505 MD39.3 SOSIP gp140
    • 複合体: rabbit polyclonal Fabs

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超分子 #1: Rabbit 37496 base and V1/V3 epitope polyclonal Fabs in complex wi...

超分子名称: Rabbit 37496 base and V1/V3 epitope polyclonal Fabs in complex with BG505 MD39.3 SOSIP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: HIV-1 Env BG505 MD39.3 SOSIP gp140

超分子名称: HIV-1 Env BG505 MD39.3 SOSIP gp140 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #3: rabbit polyclonal Fabs

超分子名称: rabbit polyclonal Fabs / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6v0r


詳細: PDB coordinates converted to map using molmap in UCSF Chimera and low pass filtered to 40 A
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 4956
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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