EMDB-70815: Helical assembly of the IL-17RA/RB/ACT1 complex upper part focused map

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-70815

タイトル

Helical assembly of the IL-17RA/RB/ACT1 complex upper part focused map

マップデータ

試料

複合体: the complex between FAM46C and BCCIPalpha

キーワード

FAM46 / BCCIP / poly-A polymerase / alternative splicing / NUCLEAR PROTEIN

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å

データ登録者

Liu S / Chen H / Yin Y / Bai X / Zhang X

資金援助

米国, 4件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01CA220283	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM143158	米国
Welch Foundation	I-1702	米国
Welch Foundation	I-1944	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Inhibition of FAM46 activity by BCCIPalpha adopting a unique fold
著者: Liu S / Chen H / Yin Y / Bai X / Zhang X

履歴

登録	2025年5月26日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年12月17日	-
マップ公開	2025年12月17日	-
更新	2025年12月17日	-
現状	2025年12月17日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_70815.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_70815.map.gz	13.8 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-70815-v30.xml emd-70815.xml	14.3 KB 14.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_70815_fsc.xml	14.1 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_70815.png	64.4 KB
マスクデータ	emd_70815_msk_1.map	244.1 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-70815.cif.gz	4.1 KB
その他	emd_70815_half_map_1.map.gz emd_70815_half_map_2.map.gz	194.2 MB 194.2 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-70815 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-70815	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ot1

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_70815.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.07 Å/pix. x 400 pix. = 428. Å	1.07 Å/pix. x 400 pix. = 428. Å	1.07 Å/pix. x 400 pix. = 428. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.07 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.007
最小 - 最大	-0.021623556 - 0.051750064
平均 (標準偏差)	0.000030514366 (±0.0006427144)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_70815_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_70815_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_70815_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : the complex between FAM46C and BCCIPalpha

全体	名称: the complex between FAM46C and BCCIPalpha
要素	複合体: the complex between FAM46C and BCCIPalpha

-
超分子 #1: the complex between FAM46C and BCCIPalpha

超分子	名称: the complex between FAM46C and BCCIPalpha / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 300 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: NITROGEN

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS TITAN THEMIS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 157029
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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