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- EMDB-70808: Structure of Fab HB420 in complex with influenza H3N2 A/Moscow/10... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70808
タイトルStructure of Fab HB420 in complex with influenza H3N2 A/Moscow/10/1999 neuraminidase
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of Fab HB420 in complex with influenza H3N2 A/Moscow/10/1999 neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: Variable domain of the heavy chain of Fab hb420
    • タンパク質・ペプチド: Variable domain of the light chain of Fab HB420
キーワードInfluenza / Neuraminidase / Antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Lv H / Wu NC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Emerging Pathogens Initiative 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Evolution of antibody cross-reactivity to influenza H5N1 neuraminidase from an N2-specific germline
著者: Lv H / Wu NC
履歴
登録2025年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月1日-
マップ公開2025年10月1日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70808.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70808.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 380.88 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 380.88 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 380.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.058 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.095
最小 - 最大-0.0017491005 - 1.6169193
平均 (標準偏差)0.0007444206 (±0.018703492)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 380.87997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70808_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70808_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of Fab HB420 in complex with influenza H3N2 A/Moscow/10...

全体名称: Structure of Fab HB420 in complex with influenza H3N2 A/Moscow/10/1999 neuraminidase
要素
  • 複合体: Structure of Fab HB420 in complex with influenza H3N2 A/Moscow/10/1999 neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
    • タンパク質・ペプチド: Variable domain of the heavy chain of Fab hb420
    • タンパク質・ペプチド: Variable domain of the light chain of Fab HB420

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超分子 #1: Structure of Fab HB420 in complex with influenza H3N2 A/Moscow/10...

超分子名称: Structure of Fab HB420 in complex with influenza H3N2 A/Moscow/10/1999 neuraminidase
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Neuraminidase was expressed recombinantly in SF9 cells. Fab HB420 was expressed recombinantly in Expi293F cells.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 350 KDa

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分子 #1: Neuraminidase

分子名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exo-alpha-sialidase
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 42.767715 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: AEYRNWSKPQ CNITGFAPFS KDNSIRLSAG GDIWVTREPY VSCDPDKCYQ FALGQGTTLN NGHSNDTVHD RTPYRTLLMN ELGVPFHLG TKQVCIAWSS SSCHDGKAWL HVCVTGDDEN ATASFIYNGR LVDSIGSWSK KILRTQESEC VCINGTCTVV M TDGSASGK ...文字列:
AEYRNWSKPQ CNITGFAPFS KDNSIRLSAG GDIWVTREPY VSCDPDKCYQ FALGQGTTLN NGHSNDTVHD RTPYRTLLMN ELGVPFHLG TKQVCIAWSS SSCHDGKAWL HVCVTGDDEN ATASFIYNGR LVDSIGSWSK KILRTQESEC VCINGTCTVV M TDGSASGK ADTKILFIEE GKIVHTSPLS GSAQHVEECS CYPRYPGVRC VCRDNWKGSN RPIVDINVKD YSIVSSYVCS GL VGDTPRK NDSSSSSHCL DPNNEEGGHG VKGWAFDDGN DVWMGRTISE KLRSGYETFK VIEGWSKPNS KLQINRQVIV DRG NRSGYS GIFSVEGKSC INRCFYVELI RGRKQETEVL WTSNSIVVFC GTSGTYGTGS WPDGADINLM PI

UniProtKB: Neuraminidase

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分子 #2: Variable domain of the heavy chain of Fab hb420

分子名称: Variable domain of the heavy chain of Fab hb420 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.544985 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGAE VKKPGSSVKV SCMASGGSFG SYGFSWVRQA PGQGLEWMGG IIPLFDTPNY AQKFQGRVTI TADASTSTVY MELSSLRSE DTAVYYCARD SLPYGDQNYY YGMHVWGQGT TVTVSS

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分子 #3: Variable domain of the light chain of Fab HB420

分子名称: Variable domain of the light chain of Fab HB420 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.460441 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSALTQPASL SGSPGQSITI SCSGSSSDIG DYNYVSWYQQ HPGKAPKLII YDVTNRPSGV SDRLSGSKSG TTASLTISGL QAEDEADYY CSSYGGNYNL VFGGGTKLTV L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 10 mM CaCl2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細The sample was also mixed with octyl glucoside to 0.1% w/v of the detergent final concentration piror to applying on the grid.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.35 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model was built directly into the map using automated model building algorithm ModelAngelo (DOI: 10.1038/s41586-024-07215-4)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 使用した粒子像数: 355667
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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