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- EMDB-70794: Mycoplasma penetrans Methionyl tRNA Synthetase is an Asymmetric D... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70794
タイトルMycoplasma penetrans Methionyl tRNA Synthetase is an Asymmetric Dimer fused to N-terminal Ancillary Domains
マップデータ
試料
  • 複合体: Mycoplasma penetrans methionyl tRNA synthetase
    • タンパク質・ペプチド: Methionine--tRNA ligase
  • タンパク質・ペプチド: Methionine--tRNA ligase
キーワードMethionine / tRNA transferase / Mycoplasma pentrans / graphene / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site ...Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Malacoplasma penetrans (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å
データ登録者Ghazi Esfahani B / Bowman M / Alexander R / Stroupe ME
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1856502 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1904612 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mycoplasma penetrans Methionyl tRNA Synthetase is an Asymmetric Dimer fused to N-terminal Ancillary Domains
著者: Ghazi Esfahani B / Bowman M / Alexander R / Stroupe ME
履歴
登録2025年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月25日-
マップ公開2026年2月25日-
更新2026年2月25日-
現状2026年2月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70794.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70794.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 420 pix.
= 361.2 Å		0.86 Å/pix.
x 420 pix.
= 361.2 Å		0.86 Å/pix.
x 420 pix.
= 361.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.3607612 - 2.3258984
平均 (標準偏差)-0.00014581523 (±0.035188787)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 361.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_70794_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_70794_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70794_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70794_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycoplasma penetrans methionyl tRNA synthetase

全体名称: Mycoplasma penetrans methionyl tRNA synthetase
要素
  • 複合体: Mycoplasma penetrans methionyl tRNA synthetase
    • タンパク質・ペプチド: Methionine--tRNA ligase
  • タンパク質・ペプチド: Methionine--tRNA ligase

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超分子 #1: Mycoplasma penetrans methionyl tRNA synthetase

超分子名称: Mycoplasma penetrans methionyl tRNA synthetase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Malacoplasma penetrans (バクテリア)

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分子 #1: Methionine--tRNA ligase

分子名称: Methionine--tRNA ligase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: methionine-tRNA ligase
由来(天然)生物種: Malacoplasma penetrans (バクテリア)
分子量理論値: 63.656805 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: KYMNFNSVII NVNTSKKNKF ILNGFNLNGL FSINEKTIMD NNIELFSEAN LNVYIVIEKQ YSNILKKHLV NIEKVQILLK EDFFNQKNF IKSDEKTLIV DDNFYFNQEI LNNLLTNEKY SNLSTLIKLN YNTHFDYIGI FDSTSINYID FKNNSISDDI K VLSNLVEL ...文字列:
KYMNFNSVII NVNTSKKNKF ILNGFNLNGL FSINEKTIMD NNIELFSEAN LNVYIVIEKQ YSNILKKHLV NIEKVQILLK EDFFNQKNF IKSDEKTLIV DDNFYFNQEI LNNLLTNEKY SNLSTLIKLN YNTHFDYIGI FDSTSINYID FKNNSISDDI K VLSNLVEL KEKQYLPIKI YDYKTLSKMD SKYECDKGFL YFTPGPVQIR EWVKEVLGEY VNHHRSLSIK EIYKEAAENI KW AFNSKKG YPIAMANTGL GAIESTFVNL LEQGDEILIL SNGFFGENLI DIAKRHQLNQ SLLQIKQGES FDLKEVENLI KNK KAVFMV YMDTSCGILN PVKKVGELCK DYGCLFIVDA ISGILNEEFN FDEYGVTAAV STSGKGFEVS PGLAFVCVSE QGMQ ISANI KKRKPKFLDW QTFKVRSLYD GLTPSTYPVN IFASLNKVCE EIKDNGGLTR LIDKKFNLNL YLSESLITLG FRHII ENEN SRSNWVLVME TPNIIKANEL RAYLYAMKNI LIECGIADSS NRIVRLAISA AHDIEDVTQL IEAIKEYIDL K

UniProtKB: Methionine--tRNA ligase

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分子 #2: Methionine--tRNA ligase

分子名称: Methionine--tRNA ligase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: methionine-tRNA ligase
由来(天然)生物種: Malacoplasma penetrans (バクテリア)
分子量理論値: 59.510004 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GNPHIGHAFT TLIADVLTRY KKKLGYETFF ITGMDEHGQK IEEKAKELNL KPQELVDKYA KVFDNLWKLL GIEYSHFIRT TAEYHKNVV QETFSELLKK DFIYLGVWKG LYCVSCEENY TKNIAVRKEN DDKLYCAQLH PLIQKEEESY FLKIKQFKKY I SSFLKDPN ...文字列:
GNPHIGHAFT TLIADVLTRY KKKLGYETFF ITGMDEHGQK IEEKAKELNL KPQELVDKYA KVFDNLWKLL GIEYSHFIRT TAEYHKNVV QETFSELLKK DFIYLGVWKG LYCVSCEENY TKNIAVRKEN DDKLYCAQLH PLIQKEEESY FLKIKQFKKY I SSFLKDPN LVYPITRINE LFNSFLNNDD FDDLSISRSN FSWGIQIKEN PKHVVYVWLD ALLNYLSGLG YRQKDDSNFQ KF WNSQDAE IVQLMSKEIG NPHIGHAFTT LIADVLRTRY KKKLHGWIIT EQGKMSKSLG NVLDPIYFIN TYGRDAFRYY LLK ELSLKE DSVFSEKLLI NTFNKDLANN VGNLFNRSIG MINKYRDGII PKYSKPKLSF NIEFEKQLKQ FDDEITTIIE KLNI QKILS RVIDLINECN FFIEQVKPWD LKKENNEKDL DCFLSLILNA VKRVIYYLEP VLIDGSKEAL KQFNIDSSKF DIKFV TDFS SLDNQKINTP EPIYLRIESE DK

UniProtKB: Methionine--tRNA ligase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON APOLLO (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Alphafold 3
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 60101
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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