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- EMDB-70773: CryoEM structure of 4F11 Fab bound to stabilized MPV-2c HMPV preF -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70773
タイトルCryoEM structure of 4F11 Fab bound to stabilized MPV-2c HMPV preF
マップデータ
試料
  • 複合体: 4F11 Fab bound to MPV-2c
    • 複合体: MPV-2c
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • 複合体: 4F11 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 4F11 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 4F11 Light Chain
  • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
  • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードIMMUNE SYSTEM / HMPV / prefusion F / ANTIBODY / site 0 / glycan dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種human metapneumovirus (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.13 Å
データ登録者McGovern MR / Pancera M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI171186 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: DEVELOPMENT OF A POTENT MONOCLONAL ANTIBODY FOR TREATMENT OF HUMAN METAPNEUMOVIRUS INFECTIONS.
著者: Evelyn D Harris / Morgan McGovern / Sara Pernikoff / Ren Ikeda / Lea Kipnis / William Hannon / Elizabeth B Sobolik / Matthew Gray / Alexander L Greninger / Sijia He / Chen-Ni Chin / Tong-Ming ...著者: Evelyn D Harris / Morgan McGovern / Sara Pernikoff / Ren Ikeda / Lea Kipnis / William Hannon / Elizabeth B Sobolik / Matthew Gray / Alexander L Greninger / Sijia He / Chen-Ni Chin / Tong-Ming Fu / Marie Pancera / Jim Boonyaratanakornkit
要旨: Human metapneumovirus (HMPV) is a major cause of respiratory infections, particularly among vulnerable populations, yet effective therapeutics remain unavailable. Monoclonal antibodies (mAbs) offer a ...Human metapneumovirus (HMPV) is a major cause of respiratory infections, particularly among vulnerable populations, yet effective therapeutics remain unavailable. Monoclonal antibodies (mAbs) offer a promising approach for both treatment and prevention. Here, we describe the discovery and characterization of 4F11, a highly potent and broadly neutralizing mAb with demonstrated in vitro and in vivo efficacy against HMPV. Using cryo-electron microscopy, we defined a unique mechanism of binding HMPV employed by 4F11, which distinguishes it from previously characterized RSV and HMPV mAbs. 4F11 targets an epitope located at the apex of the prefusion F protein (site Ø) with a 1:1 stoichiometry, distinct from the 3:1 stoichiometry observed with other HMPV site Ø antibodies. Unlike other site Ø antibodies, which penetrate the glycan shield between Asn57 and Asn172, 4F11 binds vertically and directly interacts with the Asn172 glycan, representing a unique glycan-dependent mode of recognition. In vitro, 4F11 displayed high potency and broad neutralization across diverse HMPV strains. It also showed a low propensity for resistance development, with only a single escape mutation (K179E) identified, a mutation not found in any published HMPV sequence to date. Viruses rescued with the K179E escape mutation had significantly decreased fitness in vitro compared to wild-type virus. In a hamster challenge model, 4F11 significantly reduced viral loads in both the lungs and nasal turbinates. These findings highlight 4F11 as a promising candidate for therapeutic development, particularly for immunocompromised individuals and other high-risk groups.
履歴
登録2025年5月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70773.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70773.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 360 pix.
= 403.92 Å		1.12 Å/pix.
x 360 pix.
= 403.92 Å		1.12 Å/pix.
x 360 pix.
= 403.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.122 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.812
最小 - 最大-2.3612936 - 4.0242877
平均 (標準偏差)-0.00005531221 (±0.07531574)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 403.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70773_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_70773_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 4F11 Fab bound to MPV-2c

全体名称: 4F11 Fab bound to MPV-2c
要素
  • 複合体: 4F11 Fab bound to MPV-2c
    • 複合体: MPV-2c
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • 複合体: 4F11 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 4F11 Heavy Chain
      • タンパク質・ペプチド: 4F11 Light Chain
  • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
  • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: 4F11 Fab bound to MPV-2c

超分子名称: 4F11 Fab bound to MPV-2c / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #4-#5

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超分子 #2: MPV-2c

超分子名称: MPV-2c / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: human metapneumovirus (ウイルス)

-
超分子 #3: 4F11 Fab

超分子名称: 4F11 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human metapneumovirus (ウイルス)
分子量理論値: 47.56616 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KESYLEESCS TITEGYLSVL RTGWYTNVFT LEVGDVENLT CSDGPSLIKT ELDLTKSALR ELKTVSADQL RFVLGAIALG RATAAAVTA GVAIAKTIRL ESEVTAIKNA LKTTNEAVST LGNGVRVLAT AVRELKDFVS KNLTRAINKN KCDIDDLKMA V SFSQFNRR ...文字列:
KESYLEESCS TITEGYLSVL RTGWYTNVFT LEVGDVENLT CSDGPSLIKT ELDLTKSALR ELKTVSADQL RFVLGAIALG RATAAAVTA GVAIAKTIRL ESEVTAIKNA LKTTNEAVST LGNGVRVLAT AVRELKDFVS KNLTRAINKN KCDIDDLKMA V SFSQFNRR FLNVVRQFSE NAGITPAISL DLMTDAELAR AISNMPTSAG QIKLMLENRA MVRRKGFGIL IGVYGSSVIY MV QLPIFGV IDTPCWIVKA APSCSEKKGN YACLLREDQG WYCQNAGSTV YYPNEKDCET RGDHVFCDTA AGINVAEQSK ECN INISTT NYPCKVSTGR NPISMVALSP LGALVACYKG VSCSIGSNRV GIIKQLNKGC SYITNQDADT VTIDNTVYQL SKVE GEQHV IKGRPVSSSF DPIKFPPDQF NVALDQVFEN IN

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #2: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human metapneumovirus (ウイルス)
分子量理論値: 47.67932 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LKESYLEESC STITEGYLSV LRTGWYTNVF TLEVGDVENL TCSDGPSLIK TELDLTKSAL RELKTVSADQ LRFVLGAIAL GRATAAAVT AGVAIAKTIR LESEVTAIKN ALKTTNEAVS TLGNGVRVLA TAVRELKDFV SKNLTRAINK NKCDIDDLKM A VSFSQFNR ...文字列:
LKESYLEESC STITEGYLSV LRTGWYTNVF TLEVGDVENL TCSDGPSLIK TELDLTKSAL RELKTVSADQ LRFVLGAIAL GRATAAAVT AGVAIAKTIR LESEVTAIKN ALKTTNEAVS TLGNGVRVLA TAVRELKDFV SKNLTRAINK NKCDIDDLKM A VSFSQFNR RFLNVVRQFS ENAGITPAIS LDLMTDAELA RAISNMPTSA GQIKLMLENR AMVRRKGFGI LIGVYGSSVI YM VQLPIFG VIDTPCWIVK AAPSCSEKKG NYACLLREDQ GWYCQNAGST VYYPNEKDCE TRGDHVFCDT AAGINVAEQS KEC NINIST TNYPCKVSTG RNPISMVALS PLGALVACYK GVSCSIGSNR VGIIKQLNKG CSYITNQDAD TVTIDNTVYQ LSKV EGEQH VIKGRPVSSS FDPIKFPPDQ FNVALDQVFE NIN

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #3: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human metapneumovirus (ウイルス)
分子量理論値: 47.836512 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LKESYLEESC STITEGYLSV LRTGWYTNVF TLEVGDVENL TCSDGPSLIK TELDLTKSAL RELKTVSADQ LRRFVLGAIA LGRATAAAV TAGVAIAKTI RLESEVTAIK NALKTTNEAV STLGNGVRVL ATAVRELKDF VSKNLTRAIN KNKCDIDDLK M AVSFSQFN ...文字列:
LKESYLEESC STITEGYLSV LRTGWYTNVF TLEVGDVENL TCSDGPSLIK TELDLTKSAL RELKTVSADQ LRRFVLGAIA LGRATAAAV TAGVAIAKTI RLESEVTAIK NALKTTNEAV STLGNGVRVL ATAVRELKDF VSKNLTRAIN KNKCDIDDLK M AVSFSQFN RRFLNVVRQF SENAGITPAI SLDLMTDAEL ARAISNMPTS AGQIKLMLEN RAMVRRKGFG ILIGVYGSSV IY MVQLPIF GVIDTPCWIV KAAPSCSEKK GNYACLLRED QGWYCQNAGS TVYYPNEKDC ETRGDHVFCD TAAGINVAEQ SKE CNINIS TTNYPCKVST GRNPISMVAL SPLGALVACY KGVSCSIGSN RVGIIKQLNK GCSYITNQDA DTVTIDNTVY QLSK VEGEQ HVIKGRPVSS SFDPIKFPPD QFNVALDQVF ENIN

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #4: 4F11 Heavy Chain

分子名称: 4F11 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.72836 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVQSGAE VKKPGDSLKI SCKGSGYKFA TYWIGWVRQM PGKGLEWMGV IYPDDSDTRY SPSFQGQVSI SVDKSITTAY LQWSSLKAS DTAIYYCARC YDFWSGYQFG MDVWGQGTTV TVSS

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分子 #5: 4F11 Light Chain

分子名称: 4F11 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.38795 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIVMTQSPLS LPVTPGETAS ISCRSSQSLR HDNGYNYLDW YLQKPGQSPQ LLIYLGSKRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQTLQT LMFTFGGGTK VEIK

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8vt2

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 276088
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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