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- EMDB-70771: Cryo-EM structure of rat TRPM1 in the apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70771
タイトルCryo-EM structure of rat TRPM1 in the apo state
マップデータsharpened main map focusing on the entire protein, refined in C1, Bfactor 31.5
試料
  • 複合体: apo tetrameric TRPM1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Transient receptor potential cation channel subfamily M member 1
キーワードmembrane protein / TRPM1 / ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


new growing cell tip / retinal rod cell development / cellular response to light stimulus / cell tip / TRP channels / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / monoatomic cation transmembrane transporter activity / calcium ion import across plasma membrane / monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic ion channel activity ...new growing cell tip / retinal rod cell development / cellular response to light stimulus / cell tip / TRP channels / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / monoatomic cation transmembrane transporter activity / calcium ion import across plasma membrane / monoatomic cation transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / monoatomic cation channel activity / visual perception / protein tetramerization / calcium channel activity / calcium ion transport / intracellular protein localization / axon / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TRPM, tetramerisation domain / TRPM, tetramerisation domain superfamily / Tetramerisation domain of TRPM / TRPM, SLOG domain / : / : / SLOG in TRPM / TRPM2-like domain / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Fabrizio M / Zhao C
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R24GM154186 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R24GM145964 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R24GM154185 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM structure of TRPM1 reveals a non-canonical architecture with an inverted transmembrane domain.
著者: Michael Fabrizio / Mackenzie Brewer / Nebojša Bogdanović / Chen Zhao /
要旨: Transient receptor potential melastatin 1 (TRPM1) is a membrane protein essential for vision in dim light, and mutations in TRPM1 cause complete congenital stationary night blindness. Although TRPM1 ...Transient receptor potential melastatin 1 (TRPM1) is a membrane protein essential for vision in dim light, and mutations in TRPM1 cause complete congenital stationary night blindness. Although TRPM1 shares sequence similarity to other TRPM ion channels such as TRPM3, whether it independently functions as an ion channel remains controversial. This controversy is largely caused by TRPM1's challenging biochemical behaviors that prevent detailed molecular characterization. In this work, we isolate TRPM1 and determine its structures using cryogenic electron microscopy (cryo-EM). The structures reveal a canonical tetrameric fold in the intracellular domain, consistent with other TRPM family members that are ion channels. Surprisingly, in the transmembrane domain, despite the presence of the conserved voltage sensor-like domain (VSLD) and pore domain (PD) in a domain-swapped fashion, the VSLD and PD are arranged with an opposite handedness compared to other related channels. This inverted transmembrane domain allows the formation of a large pore-like structure that supports the role of TRPM1 as an ion channel. This non-canonical architecture of TRPM1 may also confer unique permeation and pharmacological properties.
履歴
登録2025年5月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月1日-
マップ公開2026年4月1日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70771.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70771.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened main map focusing on the entire protein, refined in C1, Bfactor 31.5
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 416 pix.
= 396.864 Å		0.95 Å/pix.
x 416 pix.
= 396.864 Å		0.95 Å/pix.
x 416 pix.
= 396.864 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.954 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0779
最小 - 最大-0.14365621 - 0.33146086
平均 (標準偏差)0.00018328562 (±0.01315313)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 396.864 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpened main map focusing on the entire protein,...

ファイルemd_70771_additional_1.map
注釈unsharpened main map focusing on the entire protein, refined in C1, Bfactor 31.5
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map focusing on the entire protein, refined...

ファイルemd_70771_additional_2.map
注釈unsharpened map focusing on the entire protein, refined in C2, Bfactor 53.2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map focusing on the intracellular domain, refined...

ファイルemd_70771_additional_3.map
注釈unsharpened map focusing on the intracellular domain, refined in C1, Bfactor 93.8
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: sharpened map focusing on the intracellular domain, refined...

ファイルemd_70771_additional_4.map
注釈sharpened map focusing on the intracellular domain, refined in C1, Bfactor 93.8
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_70771_additional_5.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2 for the main map

ファイルemd_70771_half_map_1.map
注釈half map 2 for the main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1 for the main map

ファイルemd_70771_half_map_2.map
注釈half map 1 for the main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : apo tetrameric TRPM1

全体名称: apo tetrameric TRPM1
要素
  • 複合体: apo tetrameric TRPM1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Transient receptor potential cation channel subfamily M member 1

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超分子 #1: apo tetrameric TRPM1

超分子名称: apo tetrameric TRPM1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

-
分子 #1: Isoform 2 of Transient receptor potential cation channel subfamil...

分子名称: Isoform 2 of Transient receptor potential cation channel subfamily M member 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 156.695719 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSMRKMSSS FKRGSIKSST SGSQKGQKAW IEKTFCKREC IFVIPSTKDP NRCCCGQLTN QHIPPLPSVT PSSTAEDTKQ GDAQSGKWS VSKHTQSYPT DSYGILEFQG GGYSNKAMYI RVSYDTKPDS LLHLMVKDWQ LELPKLLISV HGGLQSFEMQ P KLKQVFGK ...文字列:
MGSMRKMSSS FKRGSIKSST SGSQKGQKAW IEKTFCKREC IFVIPSTKDP NRCCCGQLTN QHIPPLPSVT PSSTAEDTKQ GDAQSGKWS VSKHTQSYPT DSYGILEFQG GGYSNKAMYI RVSYDTKPDS LLHLMVKDWQ LELPKLLISV HGGLQSFEMQ P KLKQVFGK GLIKAAMTTG AWIFTGGVST GVVSHVGDAL KDHSSKSRGR LCAIGIAPWG MVENKEDLVG KDVTRVYQTM SN PLSKLSV LNNSHTHFIL ADNGTLGKYG AEVKLRRQLE KHISLQKINT RLGQGVPVVG LVVEGGPNVV SIVLEYLRED PPV PVVVCD GSGRASDILS FAHKYCDEGG VINESLRDQL LVTIQKTFNY SKSQSHQLFA IIMECMKKKE LVTVFRMGSE GQQD VEMAI LTALLKGTNV SAPDQLSLAL AWNRVDIARS QIFVFGPHWP PLGSLAPPVD TKVAEKEKKP PTATTKGRGK GKGKK KGKV KEEVEEETDP RKIELLNWVN ALEQAMLDAL VLDRVDFVKL LIENGVNMQH FLTIPRLEEL YNTRLGPPNT LHLLVR DVK KSNLPPDYHI SLIDIGLVLE YLMGGAYRCN YTRKSFRTLY NNLFGPKRPK ALKLLGMEDD EPPAKGKKKK KKKKEEE ID IDVDDPAVSR FQYPFHELMV WAVLMKRQKM AVFLWQRGEE CMAKALVACK LYKAMAHESS ESELVDDISQ DLDNNSKD F GQLAVELLDQ SYKHDEQVAM KLLTYELKNW SNSTCLKLAV AAKHRDFIAH TCSQMLLTDM WMGRLRMRKN PGLKVIMGI LIPPTILFLE FRSYDDFSYQ TSKENEDGKE KEEENVDANA DAGSRKGDEE NEHKKQRSIP IGTKICEFYN APIVKFWFYT ISYLGYLLL FNYVILVRMD GWPSPQEWIV ISYIVSLALE KIREILMSEP GKLSQKIKVW LQEYWNITDL VAISMFMVGA I LRLQNQPY MGYGRVIYCV DIILWYIRVL DIFGVNKYLG PYVMMIGKMM IDMLYFVVIM LVVLMSFGVA RQAILHPEEK PS WKLARNI FYMPYWMIYG EVFADQIDLY AMEINPPCGE NLYDEEGKRL PPCIPGAWLT PALMACYLLV ANILLVNLLI AVF NNTFFE VKSISNQVWK FQRYQLIMTF HDRPVLPPPM IILSHIYIIV MRLSGRCRKK REGDQEERDR GLKLFLSDEE LKKL HEFEE QCVQEHFREK EDEQQSSSDE RIRVTSERVE NMSMRLEEIN ERENFMKASL QTVDLRLSQL EELSGRMVGA LENLA GIDR SDLIQARSRA SSECEATYLL RQSSINSADG YSMYRYHFNG EELLFEEPAL STSPGTVFRK KTCSFRVPSR LEEELR RRL TENSLEVLFQ

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab-initio reconstruction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PHENIX / 使用した粒子像数: 18202
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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